Locus 4771

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 13,388,789 – 13,388,989
Length 200
Max. P 0.776521
window7509 window7510 window7511

overview

Window 9

Location 13,388,789 – 13,388,909
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.83
Mean single sequence MFE -49.15
Consensus MFE -32.77
Energy contribution -32.25
Covariance contribution -0.52
Combinations/Pair 1.28
Mean z-score -1.64
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.15
SVM RNA-class probability 0.606377
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13388789 120 + 23771897
UGGGCGAAUUUGGAUCUCCUGCCCACAAGGGCGGCGUUUACGCAUUGGCCUGGAAACCAGACAGCACCCAACUGCUAACCUGCUCCGGCGACAAGACGUGCCGCCUUUGGACAGUGGAGU
((((((.....((....))))))))((((((((((....(((..(((.((((((...(((..((((......))))...))).))))).).)))..)))))))))))))........... ( -43.50)
>DroVir_CAF1 1996 120 + 1
UGGGCGAAUUUGGUUCGCCAGCACACAAGGGUGGCGUUUAUGCGGUCGCAUGGAAGCCAGACGGCACACAGCUACUUACCUGCUCGGGUGAUAAGACCUGCCGUCUCUGGCAGGUUGAGU
..(((((((...)))))))....(((..(((((((.(((((((....))))))).(((....))).....))))))).((.....)))))....(((((((((....))))))))).... ( -47.40)
>DroGri_CAF1 1851 120 + 1
UGGGUGAAUUUGGUUCACCGGCGCACAAGGGUGGCGUCUAUGCGGUCGCCUGGAAGCCAGAUGGCACUCAGCUGUUGACCUGCUCCGGUGACAAGACCUGCCGCCUGUGGCAGGUUGAGU
..(((((((...)))))))(((((((....)).)))))......((((((.(((.((..((((((.....)))))).....)))))))))))..(((((((((....))))))))).... ( -50.90)
>DroWil_CAF1 2755 120 + 1
UUGGUGAAUUUGGUUCACCAGCCCAUAAGGGUGGCGUCUAUGCUGUGGCAUGGAAGCCAGAUGGCACACAAUUGUUAACCUGCUCGGGCGAUAAAACUUGCCGCUUGUGGCAAGUGGAGA
.((((((((...))))))))((((....(((((((.(((((((....))))))).)))...(((((......)))))))))....))))......((((((((....))))))))..... ( -51.10)
>DroMoj_CAF1 1846 120 + 1
UGGGCGAAUUCGGCUCGCCAGCGCACAAGGGUGGCGUCUAUGCGGUCGCAUGGAAGCCGGACAGCACUCAGCUGCUCACCUGCUCGGGCGACAAGACCUGCCGUCUCUGGCAGGUUGAGU
..(((((.......))))).((.(....(((((((.(((((((....))))))).)))(..((((.....))))..)))))....).)).((..(((((((((....)))))))))..)) ( -54.10)
>DroAna_CAF1 9831 120 + 1
UGGGCGAAUUUGGGUCGCCAGCUCAUAAAGGCGGCGUCUAUGCCUUGGCCUGGAAGCCAGACAGUACCCAGCUGCUGACCUGCUCCGGCGAUAAGACCUGUCGCUUGUGGCAGGUGGAAU
..(((...((..(((((((..........)))((((....))))..))))..)).)))...(((((......)))))((((((..((((((((.....)))))).))..))))))..... ( -47.90)
>consensus
UGGGCGAAUUUGGUUCGCCAGCCCACAAGGGUGGCGUCUAUGCGGUCGCAUGGAAGCCAGACAGCACACAGCUGCUAACCUGCUCCGGCGACAAGACCUGCCGCCUGUGGCAGGUGGAGU
..(((((.......))))).((......(((((((.((((.((....)).)))).)))....((((......)))).))))......))......((((((((....))))))))..... (-32.77 = -32.25 +  -0.52)

alignment

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secondary structure

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Window 0

Location 13,388,869 – 13,388,989
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.67
Mean single sequence MFE -50.28
Consensus MFE -28.02
Energy contribution -27.25
Covariance contribution -0.77
Combinations/Pair 1.35
Mean z-score -2.33
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.54
SVM RNA-class probability 0.776521
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13388869 120 + 23771897
UGCUCCGGCGACAAGACGUGCCGCCUUUGGACAGUGGAGUCGCGCGAGCUGGUUAGCGAGUUUGUGAUGGGCACCACUGUGGACGACCAGCAGGUGUCCUGCUUGUGGCAAGGAGACAAC
(((((((((.((.....)))))(((...(((((((((.(((.((((((((.(....).))))))))...))).)))))))((((.(((....)))))))..))...)))..)))).)).. ( -53.20)
>DroVir_CAF1 2076 120 + 1
UGCUCGGGUGAUAAGACCUGCCGUCUCUGGCAGGUUGAGUCUCGUGAGCUGAUCAGCGAGUUUGUUAUGGGCAGCACCGUGGAUGAUCAGCAGGUGUCGUGUCUGUGGCAAGGGGAGCAU
.(((((.(.(((..(((((((((....)))))))))..))).).)))))......((...((((((((((((((((((((.(.....).)).)))))..)))))))))))))....)).. ( -50.40)
>DroGri_CAF1 1931 120 + 1
UGCUCCGGUGACAAGACCUGCCGCCUGUGGCAGGUUGAGUCCCGUGAGCUGAUCAGUGAAUUUGUAAUGGGCACCACUGUGGAUGAUCAGCAGGUGUCGUGCCUGUGGCAGGGAGAGCAU
.(((((((.(((..(((((((((....)))))))))..)))))).))))......((...(((((.((((((((((((((.(.....).))).)))..)))))))).)))))....)).. ( -52.90)
>DroWil_CAF1 2835 120 + 1
UGCUCGGGCGAUAAAACUUGCCGCUUGUGGCAAGUGGAGACACGUGAAUUGAUCUCGGAAUUUGUUAUGGGAAACACCGUUGACGAUCAGCAGGUGUCGUGUUUGUGGCAAGGAGAACAC
..(((..((.(((((((((((((....))))))))...(((((.((...(((((((((....((((......))))...)))).))))).)).)))))...))))).))...)))..... ( -40.40)
>DroMoj_CAF1 1926 120 + 1
UGCUCGGGCGACAAGACCUGCCGUCUCUGGCAGGUUGAGUCGCGCGAACUGAUCAGCGAGUUUGUCAUGGGCAAUACCGUGGAUGAUCAGCAGGUGUCGUGCCUGUGGCAGGGGGAGCAC
((((((.(((((..(((((((((....)))))))))..))))).)...............((((((((((((((((((((.(.....).)).)))))..)))))))))))))..))))). ( -56.40)
>DroAna_CAF1 9911 120 + 1
UGCUCCGGCGAUAAGACCUGUCGCUUGUGGCAGGUGGAAUCGCGUGAACUUGUUGCAGAGUUCGUAAUGGGAGCCACCGUGGACGAUCAGCAAGUGUCCUGCCUGUGGCAGGGAGACAAC
((((((.(((((...((((((((....))))))))...)))))....((((((((......((((.((((......))))..)))).))))))))...(((((...))))))))).)).. ( -48.40)
>consensus
UGCUCCGGCGACAAGACCUGCCGCCUGUGGCAGGUGGAGUCGCGUGAACUGAUCAGCGAGUUUGUAAUGGGCACCACCGUGGACGAUCAGCAGGUGUCGUGCCUGUGGCAAGGAGAGCAC
..(((....(((...((((((((....))))))))...)))...................(((((.(..((((.((((((.(.....).)).))))...))))..).))))))))..... (-28.02 = -27.25 +  -0.77)

alignment

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secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 1

Location 13,388,869 – 13,388,989
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.67
Mean single sequence MFE -37.74
Consensus MFE -22.40
Energy contribution -23.82
Covariance contribution 1.42
Combinations/Pair 1.36
Mean z-score -1.84
Structure conservation index 0.59
SVM decision value 0.19
SVM RNA-class probability 0.626380
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13388869 120 - 23771897
GUUGUCUCCUUGCCACAAGCAGGACACCUGCUGGUCGUCCACAGUGGUGCCCAUCACAAACUCGCUAACCAGCUCGCGCGACUCCACUGUCCAAAGGCGGCACGUCUUGUCGCCGGAGCA
..((.((((.(((.....)))(((((..((..((((((.(...(((((....)))))......(((....)))..).)))))).)).)))))...(((((((.....))))))))))))) ( -40.10)
>DroVir_CAF1 2076 120 - 1
AUGCUCCCCUUGCCACAGACACGACACCUGCUGAUCAUCCACGGUGCUGCCCAUAACAAACUCGCUGAUCAGCUCACGAGACUCAACCUGCCAGAGACGGCAGGUCUUAUCACCCGAGCA
.(((((.......................((((((((....((((..((.......)).)).)).))))))))......((....(((((((......)))))))....))....))))) ( -31.50)
>DroGri_CAF1 1931 120 - 1
AUGCUCUCCCUGCCACAGGCACGACACCUGCUGAUCAUCCACAGUGGUGCCCAUUACAAAUUCACUGAUCAGCUCACGGGACUCAACCUGCCACAGGCGGCAGGUCUUGUCACCGGAGCA
.(((((..(.((((...)))).)......((((((((......(((((....)))))........))))))))...((((((...(((((((......)))))))...))).)))))))) ( -44.44)
>DroWil_CAF1 2835 120 - 1
GUGUUCUCCUUGCCACAAACACGACACCUGCUGAUCGUCAACGGUGUUUCCCAUAACAAAUUCCGAGAUCAAUUCACGUGUCUCCACUUGCCACAAGCGGCAAGUUUUAUCGCCCGAGCA
.(((((................(((((.((.(((((.....(((.((((........)))).))).)))))...)).)))))...(((((((......)))))))..........))))) ( -29.60)
>DroMoj_CAF1 1926 120 - 1
GUGCUCCCCCUGCCACAGGCACGACACCUGCUGAUCAUCCACGGUAUUGCCCAUGACAAACUCGCUGAUCAGUUCGCGCGACUCAACCUGCCAGAGACGGCAGGUCUUGUCGCCCGAGCA
.(((((....((((...))))(((.....((((((((....((((.(((.......))))).)).))))))))))).(((((...(((((((......)))))))...)))))..))))) ( -41.80)
>DroAna_CAF1 9911 120 - 1
GUUGUCUCCCUGCCACAGGCAGGACACUUGCUGAUCGUCCACGGUGGCUCCCAUUACGAACUCUGCAACAAGUUCACGCGAUUCCACCUGCCACAAGCGACAGGUCUUAUCGCCGGAGCA
........((((((...)))))).((((.(.((......)))))))(((((......(((((........)))))..(((((...(((((.(......).)))))...))))).))))). ( -39.00)
>consensus
GUGCUCUCCCUGCCACAGGCACGACACCUGCUGAUCAUCCACGGUGGUGCCCAUAACAAACUCGCUGAUCAGCUCACGCGACUCAACCUGCCACAGGCGGCAGGUCUUAUCGCCCGAGCA
.(((((.......................((((((((.....(((..............)))...))))))))....(((((...(((((((......)))))))...)))))..))))) (-22.40 = -23.82 +   1.42)

alignment

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