Locus 4718

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	13,297,483 – 13,297,627
Length	144
Max. P	0.556829

overview

Window 3

Location	13,297,483 – 13,297,592
Length	109
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	82.31
Mean single sequence MFE	-30.55
Consensus MFE	-19.02
Energy contribution	-19.55
Covariance contribution	0.53
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-1.78
Structure conservation index	0.62
SVM decision value	-0.04
SVM RNA-class probability	0.513826
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13297483 109 - 23771897
CUAACUCUUUUUGUUUUAUUUACUAAGGCAGGAAGAGGUGGGCCAGCCGGAGAUACUUUUCC-----CUGGCUUUAGUUUCGGUC-----ACUUAAUGGAUUUAUUCG-AUUUGAAAGAA
(((.((((((((((((((.....)))))))))))))).)))(((((..(((((....)))))-----)))))......(((..((-----(...(((.((.....)).-))))))..))) ( -32.60)
>DroSec_CAF1 59602 109 - 1
CUAACUCUUUUUGUUUUAUUUACUAAGGCAGGAAGAGGUGGGCCAGCCGGAGAUACUUUCCC-----CUGGCUUUAGUUUAGGUC-----ACUUAAUGGAUUUAUUCG-AUUGGAAAGAA
(((.((((((((((((((.....)))))))))))))).)))(((((..(((((...))))).-----)))))(((((((((((((-----.(.....)))))))...)-))))))..... ( -31.20)
>DroSim_CAF1 60238 109 - 1
CUAACUCUUUUUGUUUUAUUUACUAAAGCAGGAAGAGGUGGGCCAGCCGGAGAUACUUUCCC-----CUGGCUUAAGUUUCGGUC-----ACUUAAUGGAUUUAUUCG-AUUUGAAAGAA
....((((((((((((((.....)))))))))))))).((((((((..(((((...))))).-----))))))))...(((..((-----(...(((.((.....)).-))))))..))) ( -33.00)
>DroEre_CAF1 60295 109 - 1
CUAACUCUUUUUGUUUUAUUAACUCAGGCAGGAAGAGGUGGGCCAGCCGGAGAUACUUUCCC-----CUGGCUUUAGUUUCGGUC-----AGUUAAUGGAUUUGUUCA-GCUUGAAAGAA
(((.((((((((((((.........)))))))))))).)))(((((..(((((...))))).-----)))))......(((..((-----((....((((....))))-..))))..))) ( -28.50)
>DroYak_CAF1 63002 109 - 1
CUAACUCUUUUUGUUUUAUUAACUGAGGCAGGAAGAGGUGGGCCAGCCGGAGAUACUUUCGC-----CUGGCUUUAGUUUCGGUC-----AGUUAAUAGAUUUGUUUG-GUUUGAAAGAA
(((.((((((((((((((.....)))))))))))))).)))(((((.(((((....))))).-----)))))......(((..((-----((....((((....))))-..))))..))) ( -31.90)
>DroAna_CAF1 57462 120 - 1
CUAAUUCUGUUUGUUUUAUUUACGGAUUCAGGAUGAGGUGAACCUGUCGAAGAUCCUUUUCUAGUUUUUGGCAUUACUGUGGAUCUGAGUAACCAGUAGAUUAAAUAGCAUUUACCAGAU
.....((((..((((..(((((((((((((((...(((....)))(((((((((.........)))))))))...........)))))))..)).)))))).....)))).....)))). ( -26.10)
>consensus
CUAACUCUUUUUGUUUUAUUUACUAAGGCAGGAAGAGGUGGGCCAGCCGGAGAUACUUUCCC_____CUGGCUUUAGUUUCGGUC_____ACUUAAUGGAUUUAUUCG_AUUUGAAAGAA
(((.((((((((((((((.....))))))))))))))..(((((((..(((((...)))))......)))))))......................)))..................... (-19.02 = -19.55 +   0.53)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 4

Location	13,297,517 – 13,297,627
Length	110
Sequences	6
Columns	117
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	88.07
Mean single sequence MFE	-37.80
Consensus MFE	-28.50
Energy contribution	-28.82
Covariance contribution	0.31
Combinations/Pair	1.24
Mean z-score	-2.70
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	0.05
SVM RNA-class probability	0.556829
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13297517 110 - 23771897
AUUUAUGCGCAUGGGAGUGUCUGGCCA--AGUGGAUCCUAACUCUUUUUGUUUUAUUUACUAAGGCAGGAAGAGGUGGGCCAGCCGGAGAUACUUUUCC-----CUGGCUUUAGUUU
......((.((.((((((.((((((..--..(((.(((...((((((((((((((.....))))))))))))))..)))))))))))).)).....)))-----)))))........ ( -39.70)
>DroSec_CAF1 59636 110 - 1
AUUUAUGCGCAUGGGAGUGUCUGGCCA--AGUGGAUCCUAACUCUUUUUGUUUUAUUUACUAAGGCAGGAAGAGGUGGGCCAGCCGGAGAUACUUUCCC-----CUGGCUUUAGUUU
......((.((.((((((.((((((..--..(((.(((...((((((((((((((.....))))))))))))))..)))))))))))).))....))))-----.))))........ ( -40.70)
>DroSim_CAF1 60272 110 - 1
AUUUAUGCGCAUGGGAGUGUCUGGCCA--AGUGGAUCCUAACUCUUUUUGUUUUAUUUACUAAAGCAGGAAGAGGUGGGCCAGCCGGAGAUACUUUCCC-----CUGGCUUAAGUUU
(((((.((.((.((((((.((((((..--..(((.(((...((((((((((((((.....))))))))))))))..)))))))))))).))....))))-----.)))).))))).. ( -42.60)
>DroEre_CAF1 60329 110 - 1
AUUUAUGCGCAUGGGAGUGUCUGGCCA--AGUGGAUCCUAACUCUUUUUGUUUUAUUAACUCAGGCAGGAAGAGGUGGGCCAGCCGGAGAUACUUUCCC-----CUGGCUUUAGUUU
......((.((.((((((.((((((..--..(((.(((...((((((((((((.........))))))))))))..)))))))))))).))....))))-----.))))........ ( -37.50)
>DroYak_CAF1 63036 110 - 1
AUUUAUGCGCAUGGGAGUGUCUGGCCA--AGUGGAUCCUAACUCUUUUUGUUUUAUUAACUGAGGCAGGAAGAGGUGGGCCAGCCGGAGAUACUUUCGC-----CUGGCUUUAGUUU
......((.((((..((((((((((..--..(((.(((...((((((((((((((.....))))))))))))))..)))))))))..)))))))..)).-----.))))........ ( -38.80)
>DroAna_CAF1 57502 117 - 1
AUUUAUGCACAUCGGAGUGUCUGGUCCACAGAGAACUCUAAUUCUGUUUGUUUUAUUUACGGAUUCAGGAUGAGGUGAACCUGUCGAAGAUCCUUUUCUAGUUUUUGGCAUUACUGU
.........(((((((((.((((.....))))..)))))...(((((...........))))).....))))(((....)))(((((((((.........)))))))))........ ( -27.50)
>consensus
AUUUAUGCGCAUGGGAGUGUCUGGCCA__AGUGGAUCCUAACUCUUUUUGUUUUAUUUACUAAGGCAGGAAGAGGUGGGCCAGCCGGAGAUACUUUCCC_____CUGGCUUUAGUUU
............(((((((((((((......(((.(((...((((((((((((((.....))))))))))))))..)))))))))..)))))))))).................... (-28.50 = -28.82 +   0.31)

alignment

secondary structure

dotplot

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