| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 13,254,584 – 13,254,679 |
| Length | 95 |
| Max. P | 0.990742 |
| Location | 13,254,584 – 13,254,679 |
|---|---|
| Length | 95 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 101 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 89.76 |
| Mean single sequence MFE | -33.77 |
| Consensus MFE | -26.28 |
| Energy contribution | -27.23 |
| Covariance contribution | 0.95 |
| Combinations/Pair | 1.22 |
| Mean z-score | -4.65 |
| Structure conservation index | 0.78 |
| SVM decision value | 2.23 |
| SVM RNA-class probability | 0.990742 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 13254584 95 - 23771897 GUGUUGUUGUUGCCUUAACUACUGUUAAUUCUUCUAAUUGUGUGUACGUUGUUUGCGUGCACUAAUGUCGCAUAUGC---ACAGGCAGCAACAACAUC--- (((((((((((((((((((....))))).............((((((((.....))))))))...(((.((....))---))))))))))))))))).--- ( -37.80) >DroGri_CAF1 6602 93 - 1 --GUUGCUGCCAGCUUAACUACUGUUAAUUCUUCUAAUUGUGUGCACGUUGUUUGCGUGCGCUAAUGUCGCAUAUGC---AGAAACAAGAAGAACAAG--- --((((....))))(((((....)))))(((((((.((((.((((((((.....))))))))))))...((....))---.......)))))))....--- ( -25.50) >DroSim_CAF1 17798 95 - 1 GUGUUGUUGUUGCCUUAACUACUGUUAAUUCUUCUAAUUGUGUGUACGUUGUUUGCGUGCACUAAUGUCGCAUAUGC---ACAAGCAACAACAACAUC--- (((((((((((((.(((((....))))).........((((((((((((.....)))))))).......((....))---))))))))))))))))).--- ( -35.00) >DroEre_CAF1 16713 95 - 1 GUGUUGUUGUUGCCUUAACUACUGUUAAUUCUUCUAAUUGUGUGUACGUUGUUUGGGUGCACUAAUGUCGCAUAUGC---ACAAGCAGCAACAACAUC--- (((((((((((((.(((((....))))).........(((((((((.((...((((.....))))....)).)))))---))))))))))))))))).--- ( -32.00) >DroYak_CAF1 17505 95 - 1 GUGUUGUUGUUGCCUUAACUACUGUUAAUUCUUCUAAUUGUGUGUACGUUGUUUGCGUGCACUAAUGUCGCAUAUGC---ACAAGCAGCAACAACAUC--- (((((((((((((.(((((....))))).........((((((((((((.....)))))))).......((....))---))))))))))))))))).--- ( -35.00) >DroAna_CAF1 9271 101 - 1 GUGUUGUUGCUACCUUAACUAUUGUUAAUUCUUCUAAUUGUGUGUACGUUGUUUGCGUGUGCUAAUGUCGCAUAUGCAGCACAGGCAGCAACAACACCAGA (((((((((((.(((((((....)))))............(((((........(((((((((.......)))))))))))))))).))))))))))).... ( -37.30) >consensus GUGUUGUUGUUGCCUUAACUACUGUUAAUUCUUCUAAUUGUGUGUACGUUGUUUGCGUGCACUAAUGUCGCAUAUGC___ACAAGCAGCAACAACAUC___ (((((((((((((.(((((....))))).........((((((((((((.....)))))))).......((....))...))))))))))))))))).... (-26.28 = -27.23 + 0.95)
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