Locus 4702

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 13,251,706 – 13,251,861
Length 155
Max. P 0.908771
window7414 window7415 window7416

overview

Window 4

Location 13,251,706 – 13,251,826
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.83
Mean single sequence MFE -49.57
Consensus MFE -35.38
Energy contribution -34.42
Covariance contribution -0.97
Combinations/Pair 1.43
Mean z-score -1.98
Structure conservation index 0.71
SVM decision value 0.80
SVM RNA-class probability 0.853812
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13251706 120 - 23771897
GGAUCAGGGCCAUGCCCACUCCAUUCCUCAGCGGCAGGGCUGGGGGUGGUGGUGUGGGCGUUGGACUGGGUGGCAAAUCAUGAUCCAAUGGCAGCGAGUAAUGCGAAUUGUUGUGAAUAU
((((((.((((((((((((.((((((((((((......))))))))..)))).))))))).))).)).(((.....))).))))))..(.(((((((..........))))))).).... ( -51.90)
>DroVir_CAF1 2081 120 - 1
GCACCAGAGCCAUGCCCAUGCCAUUGCGCAACGGCAGCGCUGGCGGCGGCGGUGUGGGUGUCGGACUGGGCGGCAUAUCAUGAUCCAGCGGCAACGAAUAGUGCGAAUUGUUGUGUAUAU
((.((((..(((((((((((((...((((....)).))((((....))))))))))))))).)).)))))).(((((.((...((((.((....)).....)).))..)).))))).... ( -44.10)
>DroGri_CAF1 2043 120 - 1
GCACCAGAGCCAUGCCUAAUCCAUUGCGCAACGGCAACGCCGGCGGCGGCGGAGUGGGCGUGGGACUGGGCGGCAUAUCGUGAUCCAGCGGCAGCGAAUAGUGCGAAUUAUUGUGGAUAU
((.((((..(((((((((.(((.((((......)))).((((....))))))).)))))))))..))))))...........(((((((....)).((((((....)))))).))))).. ( -49.20)
>DroWil_CAF1 18190 120 - 1
GUAUCAUGGCCAUACCGACACCAUUGCGUAGUGGUAGAGCCGGCGGUGGUGGUGUCGGUGUGGGACUUGGUGGCAUAUCGUGAUCCAGGGGCAGCGAGUAAUGGGAAUUGUUGUGUAUGU
....((((.(((((((((((((((..(((...((.....)).)).)..)))))))))))))))..((((((.((.....)).).))))).(((((((..........))))))).)))). ( -48.60)
>DroMoj_CAF1 2126 120 - 1
GCACCAAAGCCAUGCCCAUGCCGUUGCGCAACGGCAGCGCCGGCGGCGGCGGUGUGGGCGUCGGACUCGGCGGCAUAUCAUGGUCCAGCGGCAGCGAAUAAUGCGAAUUGUUAUGUAUAU
((((((..(((..((((((((((((((.(..((((...))))..)))))))))))))))((((....)))))))......))))...)).(((...((((((....)))))).))).... ( -50.20)
>DroAna_CAF1 6500 120 - 1
GGAUGAGGGCCAUGCCCACGCCGUUGCGGAGCGGCAAGGCCGGGGGCGGGGGAGUGGGCGUGGGGCUGGGCGGCAGGUCGUGGUCCAGGGGCAGCGAGUAGUGGGAGUUGUUGUGGAUGU
.........((((((((((.((.((((....((((...))))...)))).)).))))))))))..((((((.((.....)).))))))..(((((((.(......).)))))))...... ( -53.40)
>consensus
GCACCAGAGCCAUGCCCACGCCAUUGCGCAACGGCAGCGCCGGCGGCGGCGGUGUGGGCGUGGGACUGGGCGGCAUAUCAUGAUCCAGCGGCAGCGAAUAAUGCGAAUUGUUGUGUAUAU
........((((((((((((((.((((....((((...))))...)))).)))))))))))....((((((.(.......).)))))).))).((((.((((....))))))))...... (-35.38 = -34.42 +  -0.97)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 5

Location 13,251,746 – 13,251,861
Length 115
Sequences 6
Columns 118
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.48
Mean single sequence MFE -43.92
Consensus MFE -24.40
Energy contribution -24.57
Covariance contribution 0.17
Combinations/Pair 1.27
Mean z-score -2.04
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.23
SVM RNA-class probability 0.642184
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13251746 115 + 23771897
UGAUUUGCCACCCAGUCCAACGCCCACACCACCACCCCCAGCCCUGCCGCUGAGGAAUGGAGUGGGCAUGGCCCUGAUCCAUGGCAACACCACUGGGCGCAGAUCCUUCAACAAC---
.(((((((..((((((.....((((((.(((....((.((((......)))).))..))).))))))...(((.((...)).)))......)))))).)))))))..........--- ( -45.20)
>DroVir_CAF1 2121 114 + 1
UGAUAUGCCGCCCAGUCCGACACCCACACCGCCGCCGCCAGCGCUGCCGUUGCGCAAUGGCAUGGGCAUGGCUCUGGUGCAUGGCAAUACGACUGGCAGGCGUUCCUUUAAUAG----
.((.(((((..((((((......(((...(((((..((((((.((((((((....))))))).).)).))))..)))))..)))......))))))..))))))).........---- ( -45.90)
>DroPse_CAF1 16489 118 + 1
CGAUCUGCCGCCCAGUCCCACGCCCACACCACCACCGCCGGCCCUGCCCCUGCGCAAUGGGGUGGGCAUGGCCCUCAUCCAUGGCAACACAACCGGACGGCGAUCCUUCAACAGCAAC
.((((.((((.((((..(((.((((((.(((....(((.(((...)))...)))...))).)))))).)))..))......((....)).....)).))))))))............. ( -43.00)
>DroMoj_CAF1 2166 114 + 1
UGAUAUGCCGCCGAGUCCGACGCCCACACCGCCGCCGCCGGCGCUGCCGUUGCGCAACGGCAUGGGCAUGGCUUUGGUGCAUGGCAAUACGACCGGCAGGCGUUCCUUCAAUGC----
(((.(((((((((.(((....(((..(((((..((((...((.((((((((....))))))).).)).))))..)))))...))).....))))))).)))))....)))....---- ( -50.60)
>DroAna_CAF1 6540 117 + 1
CGACCUGCCGCCCAGCCCCACGCCCACUCCCCCGCCCCCGGCCUUGCCGCUCCGCAACGGCGUGGGCAUGGCCCUCAUCCACGGCAAUACCACCGGACGCCGAUCCUUCAACAGCAG-
....((((.(((..((((.(((((.........(((...))).((((......)))).)))))))))..))).........((((.............))))...........))))- ( -35.82)
>DroPer_CAF1 15428 118 + 1
CGAUCUGCCGCCCAGUCCCACGCCCACACCACCACCGCCGGCCCUGCCCCUGCGCAAUGGGGUGGGCAUGGCCCUCAUCCAUGGCAACACAACCGGACGGCGAUCCUUCAACAGCAAC
.((((.((((.((((..(((.((((((.(((....(((.(((...)))...)))...))).)))))).)))..))......((....)).....)).))))))))............. ( -43.00)
>consensus
CGAUCUGCCGCCCAGUCCCACGCCCACACCACCACCGCCGGCCCUGCCGCUGCGCAAUGGCGUGGGCAUGGCCCUCAUCCAUGGCAACACAACCGGACGGCGAUCCUUCAACAGC___
.((.....((((....((...((((((....(((..((((((......)))).))..))).))))))...(((.........))).........))..)))).....))......... (-24.40 = -24.57 +   0.17)

alignment

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secondary structure

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Window 6

Location 13,251,746 – 13,251,861
Length 115
Sequences 6
Columns 118
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 80.48
Mean single sequence MFE -56.02
Consensus MFE -40.87
Energy contribution -42.27
Covariance contribution 1.39
Combinations/Pair 1.31
Mean z-score -2.17
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 1.06
SVM RNA-class probability 0.908771
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13251746 115 - 23771897
---GUUGUUGAAGGAUCUGCGCCCAGUGGUGUUGCCAUGGAUCAGGGCCAUGCCCACUCCAUUCCUCAGCGGCAGGGCUGGGGGUGGUGGUGUGGGCGUUGGACUGGGUGGCAAAUCA
---..........(((.(((((((((((((.(((........))).)))((((((((.((((((((((((......))))))))..)))).))))))))...))))))).))).))). ( -56.10)
>DroVir_CAF1 2121 114 - 1
----CUAUUAAAGGAACGCCUGCCAGUCGUAUUGCCAUGCACCAGAGCCAUGCCCAUGCCAUUGCGCAACGGCAGCGCUGGCGGCGGCGGUGUGGGUGUCGGACUGGGCGGCAUAUCA
----.............(((..((((((....((((.((((((...(((..(((...((((..((((.......))))))))))))))))))))))))...))))))..)))...... ( -44.50)
>DroPse_CAF1 16489 118 - 1
GUUGCUGUUGAAGGAUCGCCGUCCGGUUGUGUUGCCAUGGAUGAGGGCCAUGCCCACCCCAUUGCGCAGGGGCAGGGCCGGCGGUGGUGGUGUGGGCGUGGGACUGGGCGGCAGAUCG
.............(((((((((((((((......((........)).((((((((((.((((..(((...(((...))).)).)..)))).))))))))))))))))))))).)))). ( -61.90)
>DroMoj_CAF1 2166 114 - 1
----GCAUUGAAGGAACGCCUGCCGGUCGUAUUGCCAUGCACCAAAGCCAUGCCCAUGCCGUUGCGCAACGGCAGCGCCGGCGGCGGCGGUGUGGGCGUCGGACUCGGCGGCAUAUCA
----.............(((.((((((.((((....)))))))..((((((((((((((((((((.(..((((...))))..))))))))))))))))).)).)).))))))...... ( -54.30)
>DroAna_CAF1 6540 117 - 1
-CUGCUGUUGAAGGAUCGGCGUCCGGUGGUAUUGCCGUGGAUGAGGGCCAUGCCCACGCCGUUGCGGAGCGGCAAGGCCGGGGGCGGGGGAGUGGGCGUGGGGCUGGGCGGCAGGUCG
-((((((((((....)))))(((((((((.....))...........((((((((((.((.((((....((((...))))...)))).)).)))))))))).)))))))))))).... ( -57.40)
>DroPer_CAF1 15428 118 - 1
GUUGCUGUUGAAGGAUCGCCGUCCGGUUGUGUUGCCAUGGAUGAGGGCCAUGCCCACCCCAUUGCGCAGGGGCAGGGCCGGCGGUGGUGGUGUGGGCGUGGGACUGGGCGGCAGAUCG
.............(((((((((((((((......((........)).((((((((((.((((..(((...(((...))).)).)..)))).))))))))))))))))))))).)))). ( -61.90)
>consensus
___GCUGUUGAAGGAUCGCCGUCCGGUCGUAUUGCCAUGGAUCAGGGCCAUGCCCACGCCAUUGCGCAGCGGCAGGGCCGGCGGCGGUGGUGUGGGCGUGGGACUGGGCGGCAGAUCA
.................(((((((((((.....(((.........))).((((((((.(((((((((..((((...)))))).))))))).))))))))..)))))))))))...... (-40.87 = -42.27 +   1.39)

alignment

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