Locus 4696

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 13,243,991 – 13,244,148
Length 157
Max. P 0.985005
window7401 window7402 window7403

overview

Window 1

Location 13,243,991 – 13,244,108
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.78
Mean single sequence MFE -42.43
Consensus MFE -27.21
Energy contribution -28.60
Covariance contribution 1.39
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -3.72
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 1.93
SVM RNA-class probability 0.982987
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13243991 117 + 23771897
UAUGGGCAGAAAGCCAAUGGA--GAAAAGCCACCACGGC-AACGAGAUGGCUAGAAAAUUAUGGCUAAAAUGGCGACGUCGUCUGGGGCCGAGGAGAAAACCUCCACGACGACGUCGUCU
...........(((((.....--....(((((.(.((..-..)).).))))).........))))).....((((((((((((((....)).((((.....))))..)))))))))))). ( -45.77)
>DroPse_CAF1 7102 96 + 1
UCUGGGGCUUAGGC--AGGGA--GCCAAGCCC---CAGAAAAAAAGA-----AGAAAAUUAUGGCUAAAAUGGCGACGUCGUCUGGGGC------------CUCCACUACGACAUCGGCU
((((((((((.(((--.....--)))))))))---))))........-----...................(.(((.(((((.(((...------------..)))..))))).))).). ( -37.60)
>DroSim_CAF1 7357 115 + 1
UCUGGGCAGAAAGCCAAGGGA--GAAAAGCCA---CGGCAAACGAGAUGGCUAGGAAAUUAUGGCUAAAAUGGCGACGUCGUCUGGGGCCGAGGAGAAAACCUCCACGACGACGUCGUCU
(((....))).(((((..(..--....(((((---((.....))...)))))......)..))))).....((((((((((((((....)).((((.....))))..)))))))))))). ( -42.00)
>DroEre_CAF1 6418 113 + 1
UCUGGGCAGAAAGCCAAGGGA--GCAAAGCCA---CGGC-AACGAGAUGGCUGGAAAAUUAUGGCUAAAAUGGCGACGUCGUCUGGGGGCGAGGAAAAAC-CUCCACGACGACGUCGUCU
(((....))).(((((..(..--....(((((---((..-..))...)))))......)..))))).....((((((((((((((((((..........)-))))).)))))))))))). ( -49.20)
>DroYak_CAF1 7011 116 + 1
UCUGGGCAGAAAGCCAAGGGAGAGAAAAGCCA---CGGC-AACGAGAUGGCUAGAAAAUUAUGGCUAAAAUGGCGACGUCGUCUGGGGCCGAGGAAAAAUGCUCCACGACGACGUCGUCU
(((....))).(((((...((......(((((---((..-..))...)))))......)).))))).....((((((((((((((((((...........)))))).)))))))))))). ( -47.10)
>DroPer_CAF1 7101 96 + 1
UCUGGGGCUUAGGC--AGGGA--GCCAAGCCC---CACAAAAAAAGA-----AGAAAAUUAUGGCUAAAAUGGCGACGUCGUCUGGGGC------------CUCCACUACGACAUCGGCU
..((((((((.(((--.....--)))))))))---))..........-----...................(.(((.(((((.(((...------------..)))..))))).))).). ( -32.90)
>consensus
UCUGGGCAGAAAGCCAAGGGA__GAAAAGCCA___CGGC_AACGAGAUGGCUAGAAAAUUAUGGCUAAAAUGGCGACGUCGUCUGGGGCCGAGGA_AAA__CUCCACGACGACGUCGUCU
(((.(((.....))).)))........((((...............................)))).....(((((((((((((((((.............))))).)))))))))))). (-27.21 = -28.60 +   1.39)

alignment

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secondary structure

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Window 2

Location 13,243,991 – 13,244,108
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.78
Mean single sequence MFE -40.08
Consensus MFE -22.66
Energy contribution -23.16
Covariance contribution 0.50
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -3.65
Structure conservation index 0.57
SVM decision value 1.99
SVM RNA-class probability 0.985005
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13243991 117 - 23771897
AGACGACGUCGUCGUGGAGGUUUUCUCCUCGGCCCCAGACGACGUCGCCAUUUUAGCCAUAAUUUUCUAGCCAUCUCGUU-GCCGUGGUGGCUUUUC--UCCAUUGGCUUUCUGCCCAUA
.(.((((((((((.(((.((((........))))))))))))))))).).....(((((.........(((((((.((..-..)).)))))))....--.....)))))........... ( -45.97)
>DroPse_CAF1 7102 96 - 1
AGCCGAUGUCGUAGUGGAG------------GCCCCAGACGACGUCGCCAUUUUAGCCAUAAUUUUCU-----UCUUUUUUUCUG---GGGCUUGGC--UCCCU--GCCUAAGCCCCAGA
.(.(((((((((..(((..------------...))).))))))))).)...................-----........((((---(((((((((--.....--))).)))))))))) ( -41.30)
>DroSim_CAF1 7357 115 - 1
AGACGACGUCGUCGUGGAGGUUUUCUCCUCGGCCCCAGACGACGUCGCCAUUUUAGCCAUAAUUUCCUAGCCAUCUCGUUUGCCG---UGGCUUUUC--UCCCUUGGCUUUCUGCCCAGA
.(.((((((((((.(((.((((........))))))))))))))))).).....(((((.........((((((..........)---)))))....--.....)))))........... ( -39.97)
>DroEre_CAF1 6418 113 - 1
AGACGACGUCGUCGUGGAG-GUUUUUCCUCGCCCCCAGACGACGUCGCCAUUUUAGCCAUAAUUUUCCAGCCAUCUCGUU-GCCG---UGGCUUUGC--UCCCUUGGCUUUCUGCCCAGA
.(.((((((((((.(((.(-((........))).))))))))))))).).....(((((.........((((((......-...)---)))))....--.....)))))........... ( -39.07)
>DroYak_CAF1 7011 116 - 1
AGACGACGUCGUCGUGGAGCAUUUUUCCUCGGCCCCAGACGACGUCGCCAUUUUAGCCAUAAUUUUCUAGCCAUCUCGUU-GCCG---UGGCUUUUCUCUCCCUUGGCUUUCUGCCCAGA
.(.((((((((((.(((.((...........)).))))))))))))).).....(((((.........((((((......-...)---)))))...........)))))........... ( -36.55)
>DroPer_CAF1 7101 96 - 1
AGCCGAUGUCGUAGUGGAG------------GCCCCAGACGACGUCGCCAUUUUAGCCAUAAUUUUCU-----UCUUUUUUUGUG---GGGCUUGGC--UCCCU--GCCUAAGCCCCAGA
.(.(((((((((..(((..------------...))).))))))))).)...................-----..........((---(((((((((--.....--))).)))))))).. ( -37.60)
>consensus
AGACGACGUCGUCGUGGAG__UUU_UCCUCGGCCCCAGACGACGUCGCCAUUUUAGCCAUAAUUUUCUAGCCAUCUCGUU_GCCG___UGGCUUUGC__UCCCUUGGCUUUCUGCCCAGA
.(.((((((((((.(((.................))))))))))))).).....((((...............................)))).........((.(((.....))).)). (-22.66 = -23.16 +   0.50)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 3

Location 13,244,028 – 13,244,148
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.60
Mean single sequence MFE -33.73
Consensus MFE -29.74
Energy contribution -30.74
Covariance contribution 1.00
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.86
Structure conservation index 0.88
SVM decision value 0.94
SVM RNA-class probability 0.885246
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13244028 120 + 23771897
AACGAGAUGGCUAGAAAAUUAUGGCUAAAAUGGCGACGUCGUCUGGGGCCGAGGAGAAAACCUCCACGACGACGUCGUCUUGCGGUCGUUUAUAUGUAAAAUAUUUGGUUUACUUUAUGA
(((((..((((((........))))))....((((((((((((((....)).((((.....))))..))))))))))))......)))))((((.(((((........)))))..)))). ( -38.80)
>DroPse_CAF1 7135 103 + 1
AAAAAGA-----AGAAAAUUAUGGCUAAAAUGGCGACGUCGUCUGGGGC------------CUCCACUACGACAUCGGCUUGCGGUCGUUUAUAUGUAAAAUAUUUGGUUUACUUUAUGA
.....((-----((.(((((((((((..((.(.(((.(((((.(((...------------..)))..))))).))).)))..)))))...((((.....)))).)))))).)))).... ( -20.90)
>DroSim_CAF1 7392 120 + 1
AACGAGAUGGCUAGGAAAUUAUGGCUAAAAUGGCGACGUCGUCUGGGGCCGAGGAGAAAACCUCCACGACGACGUCGUCUUGCGGUCGUUUAUAUGUAAAAUAUUUGGUUUACUUUAUGA
(((((..((((((........))))))....((((((((((((((....)).((((.....))))..))))))))))))......)))))((((.(((((........)))))..)))). ( -38.80)
>DroEre_CAF1 6452 119 + 1
AACGAGAUGGCUGGAAAAUUAUGGCUAAAAUGGCGACGUCGUCUGGGGGCGAGGAAAAAC-CUCCACGACGACGUCGUCUUGCGGUCGUUUAUAUGUAAAAUAUUUGGUUUACUUUAUGA
(((((..((((((........))))))....((((((((((((((((((..........)-))))).))))))))))))......)))))((((.(((((........)))))..)))). ( -40.90)
>DroYak_CAF1 7047 120 + 1
AACGAGAUGGCUAGAAAAUUAUGGCUAAAAUGGCGACGUCGUCUGGGGCCGAGGAAAAAUGCUCCACGACGACGUCGUCUUGCGGUCGUUUAUAUGUAAAAUAUUUGGUUUACUUUAUGA
(((((..((((((........))))))....((((((((((((((((((...........)))))).))))))))))))......)))))((((.(((((........)))))..)))). ( -42.10)
>DroPer_CAF1 7134 103 + 1
AAAAAGA-----AGAAAAUUAUGGCUAAAAUGGCGACGUCGUCUGGGGC------------CUCCACUACGACAUCGGCUUGCGGUCGUUUAUAUGUAAAAUAUUUGGUUUACUUUAUGA
.....((-----((.(((((((((((..((.(.(((.(((((.(((...------------..)))..))))).))).)))..)))))...((((.....)))).)))))).)))).... ( -20.90)
>consensus
AACGAGAUGGCUAGAAAAUUAUGGCUAAAAUGGCGACGUCGUCUGGGGCCGAGGA_AAA__CUCCACGACGACGUCGUCUUGCGGUCGUUUAUAUGUAAAAUAUUUGGUUUACUUUAUGA
....................((((((..((.(((((((((((((((((.............))))).))))))))))))))..))))))(((((.(((((........)))))..))))) (-29.74 = -30.74 +   1.00)

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