Locus 4655

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	13,190,041 – 13,190,155
Length	114
Max. P	0.996453

overview

Window 1

Location	13,190,041 – 13,190,155
Length	114
Sequences	5
Columns	114
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	97.19
Mean single sequence MFE	-34.64
Consensus MFE	-34.38
Energy contribution	-33.94
Covariance contribution	-0.44
Combinations/Pair	1.11
Mean z-score	-1.23
Structure conservation index	0.99
SVM decision value	0.70
SVM RNA-class probability	0.827022
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13190041 114 + 23771897
CGUUUGAGCCGUCGCUGCUGCUAAGUCCCUUGACAUAUGGACUUUCAUUGACAACGACCACAGUACAGCAACGGCCAUAACCGACAUGACCGGCGGCAUGUUCCCAACAGCCAG
....((.(((((.((((.((((((((((..........))))))...(((....)))....)))))))).)))))))...(((.......))).(((.(((.....)))))).. ( -31.30)
>DroSec_CAF1 41404 114 + 1
CGUUUGAGCCGUUGCUGCUGCUAAGUCCCUUGACAUAUGGACUUUCAUUGACAACGACCACAGUACAGCAACGGCCAUAACCGACAUGACCGGCGGCAUGUUACCAACAGCCAG
....((.((((((((((.((((((((((..........))))))...(((....)))....))))))))))))))))...(((.......))).(((.(((.....)))))).. ( -35.40)
>DroSim_CAF1 39779 114 + 1
CGUUUGAGCCGUUGCUGCUGCUAAGUCCCUUGACAUAUGGACUUUCAUUGACAACGACCACAGUACAGCAACGGCCAUAACCGACAUGACCGGCGGCAUGUUACCAACAGCCAG
....((.((((((((((.((((((((((..........))))))...(((....)))....))))))))))))))))...(((.......))).(((.(((.....)))))).. ( -35.40)
>DroEre_CAF1 45027 114 + 1
CGUUUGAGCCGUUGCUGCUGCUAAGUCCCUUGACAUAUGGACCUUCAUUGACAGCGACCACAGUACAGCAACGGCCAUAACCGACAUGACCGGCGGCAUGUUACCAGCAGCCAG
....((.((((((((((.((((..(((.((.(.((.((((....)))))).))).)))...))))))))))))))))...(((.......))).(((.(((.....)))))).. ( -35.90)
>DroYak_CAF1 40925 114 + 1
CGUUUGAGCCGUUGUUGCUGCUAAGUCCCUUGACAUAUGGACUUUCAUUGACAACGACCGCAGUACAGCAACGGCCAUAACCGACAUGACCGGCGGCAUGUUACCAACGGCCAG
((((((.((((((((((((((.((((((..........))))))...(((....)))..))))..)))))))))))).....((((((.((...))))))))...))))..... ( -35.20)
>consensus
CGUUUGAGCCGUUGCUGCUGCUAAGUCCCUUGACAUAUGGACUUUCAUUGACAACGACCACAGUACAGCAACGGCCAUAACCGACAUGACCGGCGGCAUGUUACCAACAGCCAG
....((.((((((((((.((((..(((..(((.((.((((....)))))).))).)))...))))))))))))))))...(((.......))).(((.(((.....)))))).. (-34.38 = -33.94 +  -0.44)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	13,190,041 – 13,190,155
Length	114
Sequences	5
Columns	114
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	97.19
Mean single sequence MFE	-42.84
Consensus MFE	-42.04
Energy contribution	-41.80
Covariance contribution	-0.24
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-1.81
Structure conservation index	0.98
SVM decision value	2.70
SVM RNA-class probability	0.996453
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13190041 114 - 23771897
CUGGCUGUUGGGAACAUGCCGCCGGUCAUGUCGGUUAUGGCCGUUGCUGUACUGUGGUCGUUGUCAAUGAAAGUCCAUAUGUCAAGGGACUUAGCAGCAGCGACGGCUCAAACG
..(((...((....)).)))((((((((((.....)))))))(((((((..((((..((((.....))))((((((..........)))))).))))))))))))))....... ( -42.40)
>DroSec_CAF1 41404 114 - 1
CUGGCUGUUGGUAACAUGCCGCCGGUCAUGUCGGUUAUGGCCGUUGCUGUACUGUGGUCGUUGUCAAUGAAAGUCCAUAUGUCAAGGGACUUAGCAGCAGCAACGGCUCAAACG
.((((((.((((.....)))).)))))).....(((..(((((((((((..((((..((((.....))))((((((..........)))))).)))))))))))))))..))). ( -43.00)
>DroSim_CAF1 39779 114 - 1
CUGGCUGUUGGUAACAUGCCGCCGGUCAUGUCGGUUAUGGCCGUUGCUGUACUGUGGUCGUUGUCAAUGAAAGUCCAUAUGUCAAGGGACUUAGCAGCAGCAACGGCUCAAACG
.((((((.((((.....)))).)))))).....(((..(((((((((((..((((..((((.....))))((((((..........)))))).)))))))))))))))..))). ( -43.00)
>DroEre_CAF1 45027 114 - 1
CUGGCUGCUGGUAACAUGCCGCCGGUCAUGUCGGUUAUGGCCGUUGCUGUACUGUGGUCGCUGUCAAUGAAGGUCCAUAUGUCAAGGGACUUAGCAGCAGCAACGGCUCAAACG
(((((.((((....)).)).)))))........(((..(((((((((((..((((((((.(((.(((((......))).)).).)).))))..)))))))))))))))..))). ( -44.80)
>DroYak_CAF1 40925 114 - 1
CUGGCCGUUGGUAACAUGCCGCCGGUCAUGUCGGUUAUGGCCGUUGCUGUACUGCGGUCGUUGUCAAUGAAAGUCCAUAUGUCAAGGGACUUAGCAGCAACAACGGCUCAAACG
.(((((((((((.....)))...(((((((.....)))))))((((((((.......((((.....))))((((((..........)))))).)))))))))))))).)).... ( -41.00)
>consensus
CUGGCUGUUGGUAACAUGCCGCCGGUCAUGUCGGUUAUGGCCGUUGCUGUACUGUGGUCGUUGUCAAUGAAAGUCCAUAUGUCAAGGGACUUAGCAGCAGCAACGGCUCAAACG
.((((((.((((.....)))).)))))).....(((..(((((((((((..((((((((.(((.(((((......))).)).).)).))))..)))))))))))))))..))). (-42.04 = -41.80 +  -0.24)

alignment

secondary structure

dotplot

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