Locus 458

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 1,332,743 – 1,332,861
Length 118
Max. P 0.998757
window668

overview

Window 8

Location 1,332,743 – 1,332,861
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 94.22
Mean single sequence MFE -37.98
Consensus MFE -33.06
Energy contribution -33.58
Covariance contribution 0.52
Combinations/Pair 1.05
Mean z-score -2.46
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 3.21
SVM RNA-class probability 0.998757
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 1332743 118 + 23771897
GAUCGUCUUAGUCAAGUUGCACUGUAUUUCAGUGGAAAUGGCUGGUAGCUA--UUUUCCAGUCAGUUUCGACGCACAAUUGCGGGCUGCCUUCCAGUUAGCUGGAAAAUUAGAUUAUCCU
(((.((((.(((((..((.(((((.....))))).)).)))))(((((((.--.......(((......)))(((....))).)))))))((((((....))))))....)))).))).. ( -39.20)
>DroSec_CAF1 4917 120 + 1
GAUCGACUUAGUCAAGUUGCACUGUAUUUCAGUGGAAAUGGCUGGUAGCUAUAUUUUCCAGUCGGUUUCGACGCACAAUUGCGGGCUGUCUUCCAGUUAGCUGGAAAAUUAGAUUAUCCU
(((((((..((((......(((((.....)))))(((((((((((............)))))).)))))..((((....)))))))))))((((((....)))))).....))))..... ( -37.10)
>DroSim_CAF1 4959 118 + 1
GAUCGACUUAGUCAAGUUGCACUGUAUUUCAGUGGAAAUGGCUGGUAGCUA--UUUUCCAGUCCGUUUCGACGCACAAUUGCGGGCUGCCUUCCAGUUAGCUGGUAAAUUAGAUUAUCCU
((((......(((......(((((.....)))))(((((((((((......--....)))).))))))))))......((((.(((((.(.....).))))).))))....))))..... ( -35.80)
>DroEre_CAF1 5087 119 + 1
GAUCGACUUAGUCAAGUCGCACUGUAUUUCAGUAGAAAUGGCUGGUAGCUGU-UUUUCCAGCCAGUUUCGACGCACAAUUGCGUGCUGCUUUCCAGUUAGCUGGAAAAUUAGAUUAUCCU
(((((((((....)))))((((((.....)))).(((((((((((.......-....))))))).)))).(((((....)))))))...(((((((....)))))))....))))..... ( -39.20)
>DroYak_CAF1 5076 119 + 1
GAUCGACUUAGUCAAGUCGCACUGUAUUUCAGUGGAAAUGGCUGCUAGCUGU-UUUUCCAGCCAGCUUCGACGCACAAUUGCGGGCUGCUUUCCAGUUAGCUGGAAAAUUAGAUUAUCCU
..((((...(((((..((.(((((.....)))))))..)))))(((.((((.-.....)))).))).))))((((....))))..(((.(((((((....)))))))..)))........ ( -38.60)
>consensus
GAUCGACUUAGUCAAGUUGCACUGUAUUUCAGUGGAAAUGGCUGGUAGCUAU_UUUUCCAGUCAGUUUCGACGCACAAUUGCGGGCUGCCUUCCAGUUAGCUGGAAAAUUAGAUUAUCCU
((((....(((((..(((.(((((.....)))))(((((((((((............)))))).))))))))(((....))).)))))..((((((....)))))).....))))..... (-33.06 = -33.58 +   0.52)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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