Locus 4578

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 13,124,869 – 13,125,029
Length 160
Max. P 0.966671
window7170 window7171

overview

Window 0

Location 13,124,869 – 13,124,989
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 93.57
Mean single sequence MFE -55.00
Consensus MFE -45.54
Energy contribution -45.98
Covariance contribution 0.44
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -1.44
Structure conservation index 0.83
SVM decision value 0.34
SVM RNA-class probability 0.695293
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13124869 120 + 23771897
CAACAGCCCGGCAUCUAAGCGCUUGACACGCUCCGGCGGCGACGCCUUCGACCAGCAGCGGGUGACAUAUGUCAGCCAGUGGCGUAUGUACUCACCGUCGGAGGCGGGGGGCGUGGCGGA
.......(((((......))......((((((((...(....)((((((((((......)((((((((((((((.....)))))))))...))))))))))))))..)))))))).))). ( -52.20)
>DroSec_CAF1 112755 117 + 1
CAACAGCCCGGCAUCUAAGCGCUUGACACGCUCCGGCGGCGACGCCUUCGACCA---GCGGGUGACAUAUGUCAGCCAGUGGCGUAUGUACUCACCGUCGUAGGUGGGGGGCGUCGCGGA
.......((((......((((.......))))))))(.(((((((((((.(((.---(((((((((((((((((.....)))))))))...)))))..))).))).))))))))))).). ( -56.00)
>DroSim_CAF1 110988 117 + 1
CAACAGCCCGGCAUCUAAGCGCUUGACACGCUCCGGCGGCGACGCCUUCGACCA---GCGGGUGACAUAUGUCAGCCAGUGGCGUAUGUACUCACCGUCGUAGGUGGGGGGCGUGGCGUA
..((.(((.((......((((.......))))))))).((.((((((((.(((.---(((((((((((((((((.....)))))))))...)))))..))).))).)))))))).)))). ( -52.10)
>DroEre_CAF1 109411 117 + 1
CAACAGCCCGGCAUCUAAGCGCUUGACACGCUCCGGCGGCGACGCCUUCGACCA---GCGGGUGACAUAUGUCAGCCGGCGUCGUAUGUGCUCGGCGUCGGAGGCGGGGGGCGUGGCGAA
.....((((.((......))((((..(.(.((((((((.((((((...((((..---.(((.((((....)))).)))..))))...))).))).))))))))).)..))))).)))... ( -53.90)
>DroYak_CAF1 113028 117 + 1
CAACAGCCCGGCAUCUAAGCGCUUGACACGCUCCGCCGGCGACGCCUUCGACCA---GCGGGUGACAUAUGUCGCCCAGCGACGUAUGUACUCACCGUCGGAGGCGGGGGGCGUGGCGGA
.......(((((......))......((((((((.(((....)(((((((((..---(.(((((.((((((((((...))))))))))))))).).))))))))))))))))))).))). ( -60.80)
>consensus
CAACAGCCCGGCAUCUAAGCGCUUGACACGCUCCGGCGGCGACGCCUUCGACCA___GCGGGUGACAUAUGUCAGCCAGUGGCGUAUGUACUCACCGUCGGAGGCGGGGGGCGUGGCGGA
.....(((.(((........))).).(((((((((....)..((((((((((.....(.((((.((((((((((.....)))))))))))))).).)))))))))).))))))))))... (-45.54 = -45.98 +   0.44)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 13,124,909 – 13,125,029
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 92.72
Mean single sequence MFE -47.02
Consensus MFE -40.42
Energy contribution -40.94
Covariance contribution 0.52
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.78
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 1.60
SVM RNA-class probability 0.966671
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13124909 120 + 23771897
GACGCCUUCGACCAGCAGCGGGUGACAUAUGUCAGCCAGUGGCGUAUGUACUCACCGUCGGAGGCGGGGGGCGUGGCGGAUCGGGUGCAACCCUUUCGAUAAAAAUCUUCACUAUGUGUA
..(((((((((((......)((((((((((((((.....)))))))))...)))))))))))))))..(.((((((.(((..(((.....)))....(((....)))))).)))))).). ( -45.50)
>DroSec_CAF1 112795 117 + 1
GACGCCUUCGACCA---GCGGGUGACAUAUGUCAGCCAGUGGCGUAUGUACUCACCGUCGUAGGUGGGGGGCGUCGCGGAUCGGGUGCAACCCUUUUGAUAAAAAUCUUCACUAUGUGUA
(((((((((.(((.---(((((((((((((((((.....)))))))))...)))))..))).))).)))))))))(((.((.(((.....)))....(((....)))......)).))). ( -46.40)
>DroSim_CAF1 111028 117 + 1
GACGCCUUCGACCA---GCGGGUGACAUAUGUCAGCCAGUGGCGUAUGUACUCACCGUCGUAGGUGGGGGGCGUGGCGUAUCGGGUGCAACCCUUUUGAUAAAAAUCUUCACUAUGUGUA
.((((((((.(((.---(((((((((((((((((.....)))))))))...)))))..))).))).)))))))).(((((..(((.....)))....(((....))).....)))))... ( -44.60)
>DroEre_CAF1 109451 117 + 1
GACGCCUUCGACCA---GCGGGUGACAUAUGUCAGCCGGCGUCGUAUGUGCUCGGCGUCGGAGGCGGGGGGCGUGGCGAAUUGGGUGCAACCCUUUCGAUAAAAAUCUUCACUAUGUGUA
..((((((((((..---((.((((((....)))).)).))((((........))))))))))))))..(.((((((.(((..(((.....)))....(((....)))))).)))))).). ( -47.60)
>DroYak_CAF1 113068 117 + 1
GACGCCUUCGACCA---GCGGGUGACAUAUGUCGCCCAGCGACGUAUGUACUCACCGUCGGAGGCGGGGGGCGUGGCGGAUCGGGUGCAACCCUUUCGAUAAAAAUCUUCACUAUGUGUG
..((((((((((..---(.(((((.((((((((((...))))))))))))))).).))))))))))..(.((((((.(((..(((.....)))....(((....)))))).)))))).). ( -51.00)
>consensus
GACGCCUUCGACCA___GCGGGUGACAUAUGUCAGCCAGUGGCGUAUGUACUCACCGUCGGAGGCGGGGGGCGUGGCGGAUCGGGUGCAACCCUUUCGAUAAAAAUCUUCACUAUGUGUA
..((((((((((.....(.((((.((((((((((.....)))))))))))))).).))))))))))..(.((((((.(((..(((.....)))....(((....)))))).)))))).). (-40.42 = -40.94 +   0.52)

alignment

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secondary structure

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