Locus 4532

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	13,052,229 – 13,052,371
Length	142
Max. P	0.985793

overview

Window 7

Location	13,052,229 – 13,052,348
Length	119
Sequences	5
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	93.78
Mean single sequence MFE	-34.70
Consensus MFE	-29.82
Energy contribution	-29.98
Covariance contribution	0.16
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-1.57
Structure conservation index	0.86
SVM decision value	1.02
SVM RNA-class probability	0.900714
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13052229 119 + 23771897
GAUUGGCGUGGCGUAGGUUGUGGCAACAAUUUACGCUACGAGCUACAAAUUGUCAUACAGCAUGAUGCUCCACAAGCUAUUGGGUUAACUAUGCGUUUUGAAUAGUGAUAUUAUGUUCG
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>DroSec_CAF1 39971 119 + 1
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.......((((((((((((((....))))))))))))))((((.....(((((((....(((((.....((.(((....))))).....)))))....)).)))))........)))). ( -34.02)
>DroSim_CAF1 35820 119 + 1
GAUUGGCGUGGCGUAGGUGGUGGCAACAAUUUACGCUACGAGCUACAAAUUGUCGUACAGCAUGAUGCUCCACAAGCUAUUGUGUUAACUAUGCGUUUUGAAUAGUGAUAUUAUGUUCG
.......(((((((((((..((....)))))))))))))((((..((((.((.((((.((((..(((((.....))).))..))))...)))))).))))((((....))))..)))). ( -33.70)
>DroEre_CAF1 36426 117 + 1
GAUUGGCGUGGCGUAGGUUGUGGCCACAAUUUACGCUACGAGCUACAAAUUGUCGUACAGCACGAUUCUCC--AAGUUAUUGGGUUAAGUAUGCGUUUUGCAUAGUGAUAUUAUGUUCG
.......((((((((((((((....))))))))))))))((((........(((((.....)))))...((--((....))))((((..(((((.....))))).)))).....)))). ( -35.10)
>DroYak_CAF1 38036 119 + 1
GAUUGGCGUGGCGUAGGUUGUGGCUGCAAUUUGCGCUACGAGCUACAAAUUGUCGUACAGCAUGAUUCUCCAUAAGUUAGUGGGUUAACUAUGUGUUUUGAAUAGUGAUAUUGUGUUCG
.......((((((((((((((....))))))))))))))((((.((((.(((.....)))(((.((((..((((((((((....)))))).))))....)))).)))...)))))))). ( -34.70)
>consensus
GAUUGGCGUGGCGUAGGUUGUGGCAACAAUUUACGCUACGAGCUACAAAUUGUCGUACAGCAUGAUGCUCCACAAGCUAUUGGGUUAACUAUGCGUUUUGAAUAGUGAUAUUAUGUUCG
.......((((((((((((((....))))))))))))))((((.....(((((((....(((((....((((........)))).....)))))....)).)))))........)))). (-29.82 = -29.98 +   0.16)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 8

Location	13,052,269 – 13,052,371
Length	102
Sequences	5
Columns	102
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	93.53
Mean single sequence MFE	-22.82
Consensus MFE	-18.52
Energy contribution	-19.04
Covariance contribution	0.52
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-2.41
Structure conservation index	0.81
SVM decision value	2.02
SVM RNA-class probability	0.985793
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13052269 102 - 23771897
UUAAAUCUAUAGACUGCAGAUGUCGAACAUAAUAUCACUAUUCAAAACGCAUAGUUAACCCAAUAGCUUGUGGAGCAUCAUGCUGUAUGACAAUUUGUAGCU
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>DroSec_CAF1 40011 102 - 1
UUAAAUCUAUAGACUGCAGAUGUCGAACAUAAUAUCACUAUUCAAAACGCAUAGUUAACCCAAUAGCUUGUGGAGCAUCAUGCUGUACGACAAUUUGUAGCU
..........((.((((((((((((.((...................((((.(((((......))))))))).(((.....))))).)))).)))))))))) ( -24.20)
>DroSim_CAF1 35860 102 - 1
UUAAAUCUAUAGACUGCAGAUGUCGAACAUAAUAUCACUAUUCAAAACGCAUAGUUAACACAAUAGCUUGUGGAGCAUCAUGCUGUACGACAAUUUGUAGCU
..........((.((((((((((((.((...................((((.(((((......))))))))).(((.....))))).)))).)))))))))) ( -24.20)
>DroEre_CAF1 36466 100 - 1
UUAAAUCUACGGACUGCAGAUGUCGAACAUAAUAUCACUAUGCAAAACGCAUACUUAACCCAAUAACUU--GGAGAAUCGUGCUGUACGACAAUUUGUAGCU
.....((....))((((((((((((.(((......((((((((.....)))))......((((....))--))......))).))).)))).)))))))).. ( -23.60)
>DroYak_CAF1 38076 102 - 1
UUAAAUCUAAAGACUGCAGAUGUCGAACACAAUAUCACUAUUCAAAACACAUAGUUAACCCACUAACUUAUGGAGAAUCAUGCUGUACGACAAUUUGUAGCU
..........((.((((((((((((.(((((..................((((((((......)))).))))(.....).)).))).)))).)))))))))) ( -19.50)
>consensus
UUAAAUCUAUAGACUGCAGAUGUCGAACAUAAUAUCACUAUUCAAAACGCAUAGUUAACCCAAUAGCUUGUGGAGCAUCAUGCUGUACGACAAUUUGUAGCU
..........((.((((((((((((.((...................((((.(((((......))))))))).(((.....))))).)))).)))))))))) (-18.52 = -19.04 +   0.52)

alignment

secondary structure

dotplot

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