| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 13,017,349 – 13,017,456 |
| Length | 107 |
| Max. P | 0.704932 |
| Location | 13,017,349 – 13,017,456 |
|---|---|
| Length | 107 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 82.18 |
| Mean single sequence MFE | -25.97 |
| Consensus MFE | -18.13 |
| Energy contribution | -17.72 |
| Covariance contribution | -0.41 |
| Combinations/Pair | 1.11 |
| Mean z-score | -1.86 |
| Structure conservation index | 0.70 |
| SVM decision value | 0.36 |
| SVM RNA-class probability | 0.704932 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 13017349 107 + 23771897 -G--AAAGUUGCGUGGUUCAAAAACAAUAAGCCAAAAGCAAUUUUUGUCACGACGGUCUCUGAU-GC-G-GCAUUC-CAAAGUCGCUUCAGUAACUUUUACGUGCAAUGACA------GU -(--((((((((.(((((...........)))))...)))))))))(.((((..(((..((((.-((-(-((....-....))))).))))..)))....))))).......------.. ( -31.70) >DroVir_CAF1 852 108 + 1 AU--UAAGUUGCGUGGUUCAAAUACG--AAGCCAAUAGCAAUUUUUGAUACGACGGUCUCUGAU-UU-GUGCAUUUAGCCAGCAAUUUCAGUAACUUUAACGUGCAAUUACA------UU ..--.(((((((.((((((......)--.)))))...)))))))(((.((((..(((..((((.-((-((((.....))..))))..))))..)))....))))))).....------.. ( -24.00) >DroGri_CAF1 1055 110 + 1 AAUUCAAGUUGCGUGGUUCAAAAACA--AAGCCCAAAGCAAUUUUUGAUACGACGGUCUCUGAU-UU-GUGCAUUUUAUCAGCCAUUUCAGUAACUUUUACGUGCAAUUACA------UU ......((((((((.(((((((((..--..((.....))..))))))).)).))(((..((((.-.(-(.((.........))))..))))..))).......))))))...------.. ( -23.30) >DroWil_CAF1 1160 106 + 1 -U--CAAGUUGCGUGGUUCAAAUACA--AAGCCAAAAGCAAUUUUUGUUACGACGGUCACUGAU-UUUG-GUAAAC-UCUAGCCAUUUCAGUAACUUUUACGUGCAAUUACA------UC -.--.(((((((.(((((........--.)))))...)))))))((((.(((..(((.(((((.-..((-((....-....))))..))))).)))....))))))).....------.. ( -26.10) >DroMoj_CAF1 865 114 + 1 AA--CAAGUUGCGUGGUUCAAAUACA--AAGCCAAAAGCAAUUUUUGAUACGACGGUCUCUGAUCUU-GAGCAUUC-UCCAGCCAUUUCAGUAACUUUUACGUGCAAUUACAAAGUUCUU ..--.(((((((.(((((........--.)))))...)))))))(((.((((..(((..((((...(-(.((....-....))))..))))..)))....)))))))............. ( -23.00) >DroAna_CAF1 1071 105 + 1 ----UAAGUUGCGUGGUUCAAAAACA-CAAGCCAAGAGCAAUUUUUGUCACGACGGUCUCUGAU-UC-G-GCACAC-CACAGUCGUCUCAGUAACUUUUACGUGCAAUUACA------AU ----.(((((((.(((((........-..)))))...)))))))(((.((((..(((..((((.-.(-(-((....-....))))..))))..)))....))))))).....------.. ( -27.70) >consensus _A__CAAGUUGCGUGGUUCAAAAACA__AAGCCAAAAGCAAUUUUUGAUACGACGGUCUCUGAU_UU_G_GCAUUC_CCCAGCCAUUUCAGUAACUUUUACGUGCAAUUACA______UU .....(((((((.(((((...........)))))...)))))))(((.((((..(((..((((.......((.........))....))))..)))....)))))))............. (-18.13 = -17.72 + -0.41)
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