Locus 4508

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 13,003,450 – 13,003,575
Length 125
Max. P 0.926351
window7042 window7043 window7044

overview

Window 2

Location 13,003,450 – 13,003,541
Length 91
Sequences 5
Columns 104
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.36
Mean single sequence MFE -27.60
Consensus MFE -19.08
Energy contribution -20.76
Covariance contribution 1.68
Combinations/Pair 1.07
Mean z-score -2.16
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 1.10
SVM RNA-class probability 0.915040
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13003450 91 - 23771897
CCGAAGGUGUUGCCUGUGGGCUGCGGGAUGCACAUGU----AUGUACAUCUGUGUACUACAUAUAUAGCCAUAUUAUAUGCGUUUUUUAUGCCAU---------
.((.(((.....))).))(((((..((((((..((((----(.(((((....))))))))))((((((.....))))))))))))..)).)))..--------- ( -24.00)
>DroSec_CAF1 10473 92 - 1
CCGAAGGUGUUGCCUGUGGGCUGCGGGAUGCACAUGUACAUAUGUACAUGUGUGC---ACAUAUAUAGCCAUAUUAUAUGCGUUCUUUAUGCCAU---------
.((.(((.....))).))(((...((((.((((((((((....))))))))))((---.((((((.........)))))).))))))...)))..--------- ( -29.10)
>DroSim_CAF1 13001 92 - 1
CCGAAGGUGUUGCCUGUGGGCUGCGGGAUGCACAUGUACAUAUGUACAUGUGUGC---ACAUAUAUAGCCAUAUUAUAUGCGUUCUUUAUGCCAU---------
.((.(((.....))).))(((...((((.((((((((((....))))))))))((---.((((((.........)))))).))))))...)))..--------- ( -29.10)
>DroEre_CAF1 10398 81 - 1
CCGAAGGUGUUGCCU---GGCUGCGGGAUGCACAC----------ACAUGUGUGCACU-CGUAUAUGGCCAUAUUAUAUGCGUUCUGUAUGCCAU---------
....(((.....)))---(((((((((((((((((----------....)))))))..-(((((((((.....)))))))))))))))).)))..--------- ( -31.40)
>DroYak_CAF1 10880 84 - 1
CCGAAGGUGUUGCCU---GGCUGCGGGAUGCACAC----------ACAUGUGUG-------UAUAUAGCCAUAUUAUAUGCGUUCUUUAUGCCAUACUAUACUG
.....(((((.(..(---(((((.(((((((((((----------(....))))-------)((((((.....))))))))))))).)).))))..).))))). ( -24.40)
>consensus
CCGAAGGUGUUGCCUGUGGGCUGCGGGAUGCACAUGU____AUGUACAUGUGUGC___ACAUAUAUAGCCAUAUUAUAUGCGUUCUUUAUGCCAU_________
.....(((((.(((....))).))(((((((((((((((....))))))))...........((((((.....)))))))))))))....)))........... (-19.08 = -20.76 +   1.68)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 13,003,465 – 13,003,575
Length 110
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.01
Mean single sequence MFE -36.34
Consensus MFE -23.36
Energy contribution -25.88
Covariance contribution 2.52
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.43
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 1.07
SVM RNA-class probability 0.909737
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13003465 110 + 23771897
CAUAUAAUAUGGCUAUAUAUGUAGUACACAGAUGUACAU----ACAUGUGCAUCCCGCAGCCCACAGGCAACACCUUCGGUGGUGGUCCACUAAGUGCCUG------GCGUGGAGUAAUG
...........(((.(((((((((((((....))))).)----)))))))....((((.(((...(((((....(((.(((((....))))))))))))))------))))))))).... ( -35.00)
>DroSec_CAF1 10488 111 + 1
CAUAUAAUAUGGCUAUAUAUGU---GCACACAUGUACAUAUGUACAUGUGCAUCCCGCAGCCCACAGGCAACACCUUCGGUGGUGGUCCACUAAGUGCCUG------GCGUGGAGUAAUG
((((((.........))))))(---((.(((((((((....)))))))))....((((.(((...(((((....(((.(((((....))))))))))))))------)))))).)))... ( -37.90)
>DroSim_CAF1 13016 111 + 1
CAUAUAAUAUGGCUAUAUAUGU---GCACACAUGUACAUAUGUACAUGUGCAUCCCGCAGCCCACAGGCAACACCUUCGGUGGUGGUCCACUAAGUGCCUG------GCAUGGAGCAAUG
...........(((((((((((---(((....))))))))))).(((((((.....))......((((((....(((.(((((....))))))))))))))------))))).))).... ( -37.00)
>DroEre_CAF1 10413 97 + 1
CAUAUAAUAUGGCCAUAUACG-AGUGCACACAUGU----------GUGUGCAUCCCGCAGCC---AGGCAACACCUUCGGU---GGUCCACUAAGUGCCUG------GCGCGGAGCAAUG
...........((........-.((((((((....----------)))))))).((((.(((---(((((.((((...)))---)..........))))))------)))))).)).... ( -39.70)
>DroYak_CAF1 10904 97 + 1
CAUAUAAUAUGGCUAUAUA-------CACACAUGU----------GUGUGCAUCCCGCAGCC---AGGCAACACCUUCGGU---GGUCCACUAAGUGCCUGCCUGGAGCGCGGAGUAAUG
...........(((.((((-------(((....))----------)))))....((((..((---(((((.(((.((.(((---(...)))))))))..)))))))...))))))).... ( -32.10)
>consensus
CAUAUAAUAUGGCUAUAUAUGU___GCACACAUGUACAU____ACAUGUGCAUCCCGCAGCCCACAGGCAACACCUUCGGUGGUGGUCCACUAAGUGCCUG______GCGUGGAGUAAUG
...........((...............(((((((((....)))))))))..((((((......((((((....(((.(((((....))))))))))))))......))).))))).... (-23.36 = -25.88 +   2.52)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 13,003,465 – 13,003,575
Length 110
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.01
Mean single sequence MFE -37.18
Consensus MFE -24.60
Energy contribution -26.72
Covariance contribution 2.12
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.43
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 1.18
SVM RNA-class probability 0.926351
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 13003465 110 - 23771897
CAUUACUCCACGC------CAGGCACUUAGUGGACCACCACCGAAGGUGUUGCCUGUGGGCUGCGGGAUGCACAUGU----AUGUACAUCUGUGUACUACAUAUAUAGCCAUAUUAUAUG
.............------..(((.(((.((((....))))..)))((((..(((((.....)))))..))))((((----(.(((((....)))))))))).....))).......... ( -30.50)
>DroSec_CAF1 10488 111 - 1
CAUUACUCCACGC------CAGGCACUUAGUGGACCACCACCGAAGGUGUUGCCUGUGGGCUGCGGGAUGCACAUGUACAUAUGUACAUGUGUGC---ACAUAUAUAGCCAUAUUAUAUG
......(((.(((------..(((((((.((((....))))...)))))))(((....))).)))))).((((((((((....))))))))))..---.((((((.........)))))) ( -38.20)
>DroSim_CAF1 13016 111 - 1
CAUUGCUCCAUGC------CAGGCACUUAGUGGACCACCACCGAAGGUGUUGCCUGUGGGCUGCGGGAUGCACAUGUACAUAUGUACAUGUGUGC---ACAUAUAUAGCCAUAUUAUAUG
...((((((.(((------..(((((((.((((....))))...)))))))(((....))).)))))).((((((((((....))))))))))))---)((((((.........)))))) ( -38.30)
>DroEre_CAF1 10413 97 - 1
CAUUGCUCCGCGC------CAGGCACUUAGUGGACC---ACCGAAGGUGUUGCCU---GGCUGCGGGAUGCACAC----------ACAUGUGUGCACU-CGUAUAUGGCCAUAUUAUAUG
((((((.((((((------((((((((....))..(---(((...)))).)))))---))).))))(((((((((----------....))))))).)-)))).)))............. ( -39.80)
>DroYak_CAF1 10904 97 - 1
CAUUACUCCGCGCUCCAGGCAGGCACUUAGUGGACC---ACCGAAGGUGUUGCCU---GGCUGCGGGAUGCACAC----------ACAUGUGUG-------UAUAUAGCCAUAUUAUAUG
......((((((..((((((((.(((((..(((...---.))).)))))))))))---)).))))))((((((((----------....)))))-------)))................ ( -39.10)
>consensus
CAUUACUCCACGC______CAGGCACUUAGUGGACCACCACCGAAGGUGUUGCCUGUGGGCUGCGGGAUGCACAUGU____AUGUACAUGUGUGC___ACAUAUAUAGCCAUAUUAUAUG
......(((.(((........(((((((..(((.......))).)))))))(((....))).)))))).((((((((((....))))))))))......((((((.........)))))) (-24.60 = -26.72 +   2.12)

alignment

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