Locus 4500

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 12,994,435 – 12,994,669
Length 234
Max. P 0.972319
window7028 window7029 window7030 window7031

overview

Window 8

Location 12,994,435 – 12,994,552
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.36
Mean single sequence MFE -46.25
Consensus MFE -25.86
Energy contribution -26.76
Covariance contribution 0.89
Combinations/Pair 1.25
Mean z-score -2.22
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 1.02
SVM RNA-class probability 0.901250
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12994435 117 - 23771897
CGAGAUUGGCAAGCGACUGGUGGCGAUGGAGAAGAAAAACCCGACGCGGCCGCGCAUUGCCAUUCUCACGCAGGGCUGCGAUCCUGUACUGCUUAUACAGCAGGAU---UCGGUGCAGGA
.((((.(((((((((...(((.(((.(((.(........)))).))).))).))).)))))).)))).((((....)))).(((((((((((((.......)))..---.)))))))))) ( -51.10)
>DroVir_CAF1 1677 117 - 1
UGAGAUUGGCAAGCGCCUGGUCGCGCUGAAUAAACUCAAUACGGGGCGACCACGCAUUGCCAUACUCACGCAGGGCUGUGACCCCGUGCUGCUUAUACAGCACGAU---UCGGUCCAGGA
((((..((((((..((.(((((((.(((.((.......)).))).))))))).)).))))))..)))).......(((.((((.(((((((......)))))))..---..))))))).. ( -52.70)
>DroGri_CAF1 1527 120 - 1
UGAGAUUGGCAGGCGUCUGGUUGCACUGGACAAAUUGAAUUCAGCGCGACCACGCAUUGCGAUACUCACGCAGGGCUGUGAUCCCGUGCUGCUCAUCCAGCACGACGCUCCGGUCCAGGA
((((..(.((((((((..((((((.(((((.........))))).)))))))))).)))).)..))))....((((((.((.(.(((((((......)))))))..).)))))))).... ( -48.30)
>DroWil_CAF1 2357 117 - 1
CGAGAUUGGCAAACGUAUAGUCGGUCUGGAGAAACUAAAUCCAAGUCGGCCACGCAUUGCCAUACUAACGCAGGGCUGUGAUCCGGUGUUGCUCAUUCAAAAAGAU---UCGGUUGAAGA
((((..((((((.(((...(((((..((((.........))))..))))).)))..)))))).......((((.((((.....)))).)))).............)---)))........ ( -32.70)
>DroMoj_CAF1 1595 117 - 1
UGAGAUUGGCAAACGUUUGGUGGCACUGCCCAAAAUCAAUUCAGAGCGACCACGCAUUGCCAUACUCACGCAGGGCUGUGACCCCGUGCUGCUCAUCCAGCACGAC---AAGGUCCAGGA
((((..((((((..((.((((.((.(((.............))).)).)))).)).))))))..)))).......(((.((((.(((((((......)))))))..---..))))))).. ( -43.12)
>DroAna_CAF1 1509 117 - 1
AGAGAUUGGCAAGCGGCUGGUGGCGUUCGACAAGCUGAACUCGUCGAGGCCGCGCAUUGCCAUUCUCACGCAGGGCUGUGAUCCCGUGCUGCUCUUCCAGCAGGAC---UCGGUGCAGGA
.((((.((((((...((..(((((.((((((.((.....)).))))))))))))).)))))).))))..((((((.......)))((.(((((.....))))).))---....))).... ( -49.60)
>consensus
UGAGAUUGGCAAGCGUCUGGUGGCGCUGGACAAACUAAAUUCAGCGCGACCACGCAUUGCCAUACUCACGCAGGGCUGUGAUCCCGUGCUGCUCAUCCAGCACGAC___UCGGUCCAGGA
.(((..(((((((((..((((.((..(((...........)))..)).))))))).))))))..))).....((((((........(((((......)))))........)))))).... (-25.86 = -26.76 +   0.89)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

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Window 9

Location 12,994,472 – 12,994,589
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.72
Mean single sequence MFE -52.65
Consensus MFE -33.10
Energy contribution -35.43
Covariance contribution 2.34
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -3.00
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 1.66
SVM RNA-class probability 0.970445
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12994472 117 + 23771897
CGCAGCCCUGCGUGAGAAUGGCAAUGCGCGGCCGCGUCGGGUUUUUCUUCUCCAUCGCCACCAGUCGCUUGCCAAUCUCGCGCAGGUCCC---CGCUAGGCCACUGCUGGGCCUCGGCGA
......(((((((((((.((((((.((((((..(((..(((.........)))..)))..)).).))))))))).)))))))))))....---(((((((((.(....)))))).)))). ( -58.40)
>DroVir_CAF1 1714 120 + 1
CACAGCCCUGCGUGAGUAUGGCAAUGCGUGGUCGCCCCGUAUUGAGUUUAUUCAGCGCGACCAGGCGCUUGCCAAUCUCACGCAGAUCAUUGUCGGCGGGCCAACCUUGCGCAGUGGCAA
....((((((((((((..(((((((((.(((((((...((..((((....))))))))))))).))).))))))..)))))))))...(((((..(((((.....))))))))))))).. ( -55.50)
>DroPse_CAF1 1301 117 + 1
CACAGCCCUGCGUUAGUAUGGCAAUGCGAGGUCGCGCCGGAUUCAGUUUGUCCAGCGCCACCAGACGCUUGCCAAUCUCGCGCAGAUCUU---CGGUCGGCCAGCCCUGGGCCGUAGCAA
....((.((((((.((..((((((.(((.(((.((((.((((.......)))).)))).)))...)))))))))..)).)))))).....---....(((((.......)))))..)).. ( -50.90)
>DroWil_CAF1 2394 117 + 1
CACAGCCCUGCGUUAGUAUGGCAAUGCGUGGCCGACUUGGAUUUAGUUUCUCCAGACCGACUAUACGUUUGCCAAUCUCGCGCAGAUCAU---CCGUUGGCCAGCCCUGGCCAGUGGCAA
....(((((((((.((..((((((.(((((..((..(((((.........)))))..))....)))))))))))..)).)))))).....---...(((((((....))))))).))).. ( -44.80)
>DroAna_CAF1 1546 117 + 1
CACAGCCCUGCGUGAGAAUGGCAAUGCGCGGCCUCGACGAGUUCAGCUUGUCGAACGCCACCAGCCGCUUGCCAAUCUCUCGCAGAUCCC---CACUCGGCCAGCUCUGGGCCUCGGCGA
....((((((((.((((.((((((.(((((((.((((((((.....))))))))..)))....).))))))))).)))).))))).....---.....((((.......))))..))).. ( -55.40)
>DroPer_CAF1 1301 117 + 1
CACAGCCCUGCGUUAGUAUGGCAAUGCGAGGUCGCGCCGGAUUCAGUUUGUCCAGCGCCACCAGACGCUUGCCAAUCUCGCGCAGAUCUU---CGGUCGGCCAGCCCUGGGCCGUAGCAA
....((.((((((.((..((((((.(((.(((.((((.((((.......)))).)))).)))...)))))))))..)).)))))).....---....(((((.......)))))..)).. ( -50.90)
>consensus
CACAGCCCUGCGUGAGUAUGGCAAUGCGAGGCCGCGCCGGAUUCAGUUUGUCCAGCGCCACCAGACGCUUGCCAAUCUCGCGCAGAUCAU___CGGUCGGCCAGCCCUGGGCCGUGGCAA
....(((((((((.((..((((((.(((.((..((((.((((.......)))).))))..))...)))))))))..)).))))))............(((((.......))))).))).. (-33.10 = -35.43 +   2.34)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 0

Location 12,994,472 – 12,994,589
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 79.72
Mean single sequence MFE -55.87
Consensus MFE -35.85
Energy contribution -36.30
Covariance contribution 0.45
Combinations/Pair 1.19
Mean z-score -3.06
Structure conservation index 0.64
SVM decision value 1.69
SVM RNA-class probability 0.972319
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12994472 117 - 23771897
UCGCCGAGGCCCAGCAGUGGCCUAGCG---GGGACCUGCGCGAGAUUGGCAAGCGACUGGUGGCGAUGGAGAAGAAAAACCCGACGCGGCCGCGCAUUGCCAUUCUCACGCAGGGCUGCG
((.(((((((((....).)))))..))---).))((((((.((((.(((((((((...(((.(((.(((.(........)))).))).))).))).)))))).)))).))))))...... ( -60.70)
>DroVir_CAF1 1714 120 - 1
UUGCCACUGCGCAAGGUUGGCCCGCCGACAAUGAUCUGCGUGAGAUUGGCAAGCGCCUGGUCGCGCUGAAUAAACUCAAUACGGGGCGACCACGCAUUGCCAUACUCACGCAGGGCUGUG
....(((.((.((..(((((....)))))..)).((((((((((..((((((..((.(((((((.(((.((.......)).))).))))))).)).))))))..)))))))))))).))) ( -59.30)
>DroPse_CAF1 1301 117 - 1
UUGCUACGGCCCAGGGCUGGCCGACCG---AAGAUCUGCGCGAGAUUGGCAAGCGUCUGGUGGCGCUGGACAAACUGAAUCCGGCGCGACCUCGCAUUGCCAUACUAACGCAGGGCUGUG
....((((((((..((....)).....---......((((..((..(((((((((...(((.((((((((.........)))))))).))).))).))))))..))..)))))))))))) ( -56.20)
>DroWil_CAF1 2394 117 - 1
UUGCCACUGGCCAGGGCUGGCCAACGG---AUGAUCUGCGCGAGAUUGGCAAACGUAUAGUCGGUCUGGAGAAACUAAAUCCAAGUCGGCCACGCAUUGCCAUACUAACGCAGGGCUGUG
..(((..((((((....))))))....---.....(((((..((..((((((.(((...(((((..((((.........))))..))))).)))..))))))..))..)))))))).... ( -46.20)
>DroAna_CAF1 1546 117 - 1
UCGCCGAGGCCCAGAGCUGGCCGAGUG---GGGAUCUGCGAGAGAUUGGCAAGCGGCUGGUGGCGUUCGACAAGCUGAACUCGUCGAGGCCGCGCAUUGCCAUUCUCACGCAGGGCUGUG
((.(((.((((.......))))...))---).))((((((.((((.((((((...((..(((((.((((((.((.....)).))))))))))))).)))))).)))).))))))...... ( -56.60)
>DroPer_CAF1 1301 117 - 1
UUGCUACGGCCCAGGGCUGGCCGACCG---AAGAUCUGCGCGAGAUUGGCAAGCGUCUGGUGGCGCUGGACAAACUGAAUCCGGCGCGACCUCGCAUUGCCAUACUAACGCAGGGCUGUG
....((((((((..((....)).....---......((((..((..(((((((((...(((.((((((((.........)))))))).))).))).))))))..))..)))))))))))) ( -56.20)
>consensus
UUGCCACGGCCCAGGGCUGGCCGACCG___AAGAUCUGCGCGAGAUUGGCAAGCGUCUGGUGGCGCUGGACAAACUGAAUCCGGCGCGACCACGCAUUGCCAUACUAACGCAGGGCUGUG
..(((..((((.......)))).............(((((..((..(((((((((...(((.(((.(((...........))).))).))).))).))))))..))..)))))))).... (-35.85 = -36.30 +   0.45)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 12,994,552 – 12,994,669
Length 117
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 78.78
Mean single sequence MFE -48.50
Consensus MFE -27.32
Energy contribution -28.80
Covariance contribution 1.48
Combinations/Pair 1.23
Mean z-score -2.07
Structure conservation index 0.56
SVM decision value 0.70
SVM RNA-class probability 0.826698
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12994552 117 - 23771897
GCAAUUCUACAUGGCACCGCUGCUGGCCGCCCUGCCUUACGUGGACAUCAUCUUUGGCAACGAGGCGGAGGCUCAGGCGUUCGCCGAGGCCCAGCAGUGGCCUAGCG---GGGACCUGCG
(((.((((...(((..(((((((((((((((((((((..(((...((.......))...))))))))).)))...(((....)))..)).)))))))))).)))...---))))..))). ( -54.20)
>DroVir_CAF1 1794 120 - 1
GCAAUAUUUCAUGACACCGCUGCUGGAUGUUAUGCCCUAUGUUGAUAUCAUUUUUGGCAACGAGGCGGAGGCGCACGCCUUUGCCACUGCGCAAGGUUGGCCCGCCGACAAUGAUCUGCG
.((((((..((((((((((....))).)))))))....))))))..((((((.(((((.....(((((((((....)))))))))....(....)........))))).))))))..... ( -42.90)
>DroPse_CAF1 1381 117 - 1
ACAAUUCUACAUGGCACCGCUACUGGCCGUCAUGCCCUAUGUGGACAUCAUCUUUGGUAAUGAGGCGGAGGCGCAUGCCUUUGCUACGGCCCAGGGCUGGCCGACCG---AAGAUCUGCG
.....(((((((((((..((........))..))))..)))))))....(((((((((.....(((((((((....))))))))).(((((.......)))))))))---)))))..... ( -45.40)
>DroGri_CAF1 1647 120 - 1
GCAAUUAUUCAUGCAACCGCUGCUGGAUGUUAUGCCCUAUGUGGAUAUCAUAUUCGGCAAUGAGGCGGAGGCGAAGGCUUUUGCCACGGCACAAGGCUGGGCCGCCGAUGAGGAUCUGCG
(((..((((((.(((.....)))))))))...))).....(..(((.((((...((((.....(((((((((....))))))))).((((.....)))).))))...))))..)))..). ( -47.80)
>DroWil_CAF1 2474 117 - 1
GCAAUUUUUCAUGGCACCGCUAAUGGCCGCUAUGCCCUAUGUGGAUAUCAUAUUUGGCAAUGAGGCGGAGGCUCAUGCCUUUGCCACUGGCCAGGGCUGGCCAACGG---AUGAUCUGCG
(((..((.((.((((.(.(((..(((((....((((..(((((.....)))))..))))....(((((((((....)))))))))...))))).))).)))))...)---).))..))). ( -51.20)
>DroMoj_CAF1 1712 120 - 1
GCAAUACUUCAUGGAGCCGCUUAUGGCGGUUAUGCCUUAUGUGGAUAUCAUUUUUGGCAACGAAGCAGAGGCCCAUGCCUUUGCCACGGCGCAAGGCUGGCCCGCCGAUGCGGAUCUGCG
(((...(((....)))((((...(((((((((.(((((.(((.(........((((....))))((((((((....))))))))..).))).)))))))).))))))..))))...))). ( -49.50)
>consensus
GCAAUUCUUCAUGGCACCGCUGCUGGCCGUUAUGCCCUAUGUGGAUAUCAUAUUUGGCAACGAGGCGGAGGCGCAUGCCUUUGCCACGGCCCAAGGCUGGCCCACCG___AGGAUCUGCG
(((.......((((..((((....(((......)))....))))...))))....(((.....(((((((((....))))))))).((((.....)))))))..............))). (-27.32 = -28.80 +   1.48)

alignment

Postscript

secondary structure

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