Locus 4464

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 12,959,999 – 12,960,157
Length 158
Max. P 0.999943
window6960 window6961 window6962

overview

Window 0

Location 12,959,999 – 12,960,119
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.41
Mean single sequence MFE -27.83
Consensus MFE -25.44
Energy contribution -25.16
Covariance contribution -0.28
Combinations/Pair 1.08
Mean z-score -1.28
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 0.47
SVM RNA-class probability 0.750879
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12959999 120 + 23771897
CUGAAACAACCCACUCCGUGUGAUAUAAAAAUCAUAUACACACGUUUCUGGCUGUGGCAUUUUAUUGGCAGCUCUUUUAUUUGCAAAGCGUGAGACGCACAACAAAAUGUUUUGUUUCUC
..(((((((.(((...((((((((((.......)))).))))))....)))....((((((((.(((((((.........))))...(((.....))).))).))))))))))))))).. ( -29.20)
>DroSec_CAF1 77231 120 + 1
CUGAAACAACCCACUCCGUGUGGUAUAAAAAUCAUAUACACACGUUUCUGGCUGUGGCAUUUUAUUGGCAGCUCUUUUAUUUGCAAAGCGUGAGAGGCACAACAAAAUGUUUUGUUUUUC
..(((((((.((((.((((((((((((.......))))).))))....)))..))))((((((.(((...((.(((((((..((...))))))))))).))).))))))..))))))).. ( -27.50)
>DroSim_CAF1 81982 120 + 1
CUGAAACAACCCACUCCGUGUGGUAUAAAAAUCAUAUACACACGUUUCUGGCUGUGGCAUUUUAUUGGCAGCUCUUUUAUUUGCAAAGCGUGAGACGCACAACAAAAUGUUUUGUUUUUC
..(((((((.((((.((((((((((((.......))))).))))....)))..))))((((((.(((((((.........))))...(((.....))).))).))))))..))))))).. ( -26.90)
>DroEre_CAF1 83220 119 + 1
CAGAAACAACCCACUCCGCGUGGUAUAAAAAUCAUAUACACACGUUUCUGGCUGCGGCAUUUUAUUGGCAGCUCUUUUAUUUGCAAAGCGUGAGAUGCACAACAAAAUGUUUUGUUUU-C
..(((((((.(((....((((((((((.......))))).)))))...)))....((((((((.((((((.(((.................))).))).))).)))))))))))))))-. ( -28.23)
>DroYak_CAF1 81080 119 + 1
CAGGAACAACCCACUCCGUGUGGUAUAAAAAUCAUAUACACACGUUUCUGGCUGUGGCAUUUUAUUGGCAGCUCUUUUAUUCGCAAAGCGUGAGACGCACAACAAAAUGUUUUGUUUU-C
(((((((....(((.....)))(((((.......)))))....)))))))((...((((((((.(((((..(((.......(((...))).)))..)).))).))))))))..))...-. ( -27.30)
>consensus
CUGAAACAACCCACUCCGUGUGGUAUAAAAAUCAUAUACACACGUUUCUGGCUGUGGCAUUUUAUUGGCAGCUCUUUUAUUUGCAAAGCGUGAGACGCACAACAAAAUGUUUUGUUUUUC
..(((((((.(((...((((((.((((.......))))))))))....)))....((((((((.(((((..(((.......(((...))).)))..)).))).))))))))))))))).. (-25.44 = -25.16 +  -0.28)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 1

Location 12,959,999 – 12,960,119
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.41
Mean single sequence MFE -33.81
Consensus MFE -33.01
Energy contribution -32.77
Covariance contribution -0.24
Combinations/Pair 1.09
Mean z-score -2.61
Structure conservation index 0.98
SVM decision value 4.72
SVM RNA-class probability 0.999943
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12959999 120 - 23771897
GAGAAACAAAACAUUUUGUUGUGCGUCUCACGCUUUGCAAAUAAAAGAGCUGCCAAUAAAAUGCCACAGCCAGAAACGUGUGUAUAUGAUUUUUAUAUCACACGGAGUGGGUUGUUUCAG
..(((((....((((((((((.(((.....)(((((.........))))).))))))))))))....((((.....((((((.((((((...)))))))))))).....))))))))).. ( -35.60)
>DroSec_CAF1 77231 120 - 1
GAAAAACAAAACAUUUUGUUGUGCCUCUCACGCUUUGCAAAUAAAAGAGCUGCCAAUAAAAUGCCACAGCCAGAAACGUGUGUAUAUGAUUUUUAUACCACACGGAGUGGGUUGUUUCAG
(((........((((((((((.((..(((.................)))..))))))))))))..((((((.....((((((((((.......)))).)))))).....))))))))).. ( -32.33)
>DroSim_CAF1 81982 120 - 1
GAAAAACAAAACAUUUUGUUGUGCGUCUCACGCUUUGCAAAUAAAAGAGCUGCCAAUAAAAUGCCACAGCCAGAAACGUGUGUAUAUGAUUUUUAUACCACACGGAGUGGGUUGUUUCAG
(((........((((((((((.(((.....)(((((.........))))).))))))))))))..((((((.....((((((((((.......)))).)))))).....))))))))).. ( -33.90)
>DroEre_CAF1 83220 119 - 1
G-AAAACAAAACAUUUUGUUGUGCAUCUCACGCUUUGCAAAUAAAAGAGCUGCCAAUAAAAUGCCGCAGCCAGAAACGUGUGUAUAUGAUUUUUAUACCACGCGGAGUGGGUUGUUUCUG
(-((.......((((((((((.(((.(((.................))).)))))))))))))..((((((.....((((((((((.......)))).)))))).....))))))))).. ( -33.93)
>DroYak_CAF1 81080 119 - 1
G-AAAACAAAACAUUUUGUUGUGCGUCUCACGCUUUGCGAAUAAAAGAGCUGCCAAUAAAAUGCCACAGCCAGAAACGUGUGUAUAUGAUUUUUAUACCACACGGAGUGGGUUGUUCCUG
.-.........((((((((((.(((.(((.(((...))).......))).)))))))))))))..((((((.....((((((((((.......)))).)))))).....))))))..... ( -33.30)
>consensus
GAAAAACAAAACAUUUUGUUGUGCGUCUCACGCUUUGCAAAUAAAAGAGCUGCCAAUAAAAUGCCACAGCCAGAAACGUGUGUAUAUGAUUUUUAUACCACACGGAGUGGGUUGUUUCAG
...........((((((((((.(((.(((.................))).)))))))))))))..((((((.....((((((((((.......)))).)))))).....))))))..... (-33.01 = -32.77 +  -0.24)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 2

Location 12,960,039 – 12,960,157
Length 118
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.62
Mean single sequence MFE -28.82
Consensus MFE -19.28
Energy contribution -19.40
Covariance contribution 0.12
Combinations/Pair 1.10
Mean z-score -2.04
Structure conservation index 0.67
SVM decision value -0.07
SVM RNA-class probability 0.500000
Prediction OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12960039 118 + 23771897
CACGUUUCUGGCUGUGGCAUUUUAUUGGCAGCUCUUUUAUUUGCAAAGCGUGAGACGCACAACAAAAUGUUUUGUUUCUCAUGUUUUGCCUUAUGUUUAU--AUUUAGUGAAGGAAAAAA
..........(((((.(........).)))))(((((((((.(((((((((((((.(((.(((.....))).))).)))))))))))))...........--....)))))))))..... ( -33.69)
>DroSec_CAF1 77271 105 + 1
CACGUUUCUGGCUGUGGCAUUUUAUUGGCAGCUCUUUUAUUUGCAAAGCGUGAGAGGCACAACAAAAUGUUUUGUUUUUCAUG------------UUUAU--AUUUAGUGAAGGAA-AAA
..........(((((.(........).)))))(((((((((....((((((((((((((.(((.....))).)))))))))))------------)))..--....))))))))).-... ( -29.30)
>DroSim_CAF1 82022 105 + 1
CACGUUUCUGGCUGUGGCAUUUUAUUGGCAGCUCUUUUAUUUGCAAAGCGUGAGACGCACAACAAAAUGUUUUGUUUUUCAUG------------UUUAU--AUUUAGUGAAGGAA-AAA
..........(((((.(........).)))))(((((((((....((((((((((.(((.(((.....))).))).)))))))------------)))..--....))))))))).-... ( -26.50)
>DroEre_CAF1 83260 116 + 1
CACGUUUCUGGCUGCGGCAUUUUAUUGGCAGCUCUUUUAUUUGCAAAGCGUGAGAUGCACAACAAAAUGUUUUGUUUU-CAUGUUUCGCUUCAUGUUUAU--AUUUAGUAAAGGAA-AAA
..........(((((.(........).)))))(((((((((.((.((((((((((.(((.(((.....))).))))))-))))))).))...........--....))))))))).-... ( -27.59)
>DroYak_CAF1 81120 118 + 1
CACGUUUCUGGCUGUGGCAUUUUAUUGGCAGCUCUUUUAUUCGCAAAGCGUGAGACGCACAACAAAAUGUUUUGUUUU-CAUGUCUUGCUUCAUGUUUAUAAAUUUAGUGAAGGCA-UAG
(((......((((((.(........).)))))).........((((..(((((((.(((.(((.....))).))))))-))))..))))..................)))......-... ( -27.00)
>consensus
CACGUUUCUGGCUGUGGCAUUUUAUUGGCAGCUCUUUUAUUUGCAAAGCGUGAGACGCACAACAAAAUGUUUUGUUUUUCAUGU_U_GC_U_AUGUUUAU__AUUUAGUGAAGGAA_AAA
..........(((((.(........).)))))(((((((((.((...))((((((.(((.(((.....))).))).))))))........................)))))))))..... (-19.28 = -19.40 +   0.12)

alignment

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