Locus 4457

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 12,954,909 – 12,955,029
Length 120
Max. P 0.681673
window6939

overview

Window 9

Location 12,954,909 – 12,955,029
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.26
Mean single sequence MFE -28.38
Consensus MFE -25.77
Energy contribution -25.53
Covariance contribution -0.24
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.24
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 0.31
SVM RNA-class probability 0.681673
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12954909 120 - 23771897
UGGGAAAAAUAACUAUUUUAUUCACUAUGUAAGUGGAUUACCAUGGAUAGUAGAUGUAUGUAUAUAUGGGUCAUAUAGUACGCUUUGUUAGCGGGCGAGUCAAAAUAUUUGCCCUUUGCC
.((.(((....(((((((.(((((((.....)))))))......))))))).(((.((((....)))).))).........(((.....)))((((((((......))))))))))).)) ( -28.00)
>DroSec_CAF1 72098 116 - 1
UGGGAAAAAUAACUAUUUUAUUCACUAUGUAAGUGGAUUACCAUGGAUAGUAGAUG----UAUAUAUGGGUCAUAUAGUACGCUUUGUUAGCGGGCGAGUCAAAAUAUUUGCCCUUUGCC
.((.(((....(((((((.(((((((.....)))))))......)))))))....(----((((((((...))))).))))(((.....)))((((((((......))))))))))).)) ( -27.80)
>DroSim_CAF1 76932 116 - 1
UGGGAAAAAUAACUAUUUUAUUCACUAUGUAAGUGGAUUACCAUGGAUAGUAGAUG----UAUAUAUGGGUCAUAUAGUACGCUUUGUUAGCGGGCGAGUCAAAAUAUUUGCCCUUUGCC
.((.(((....(((((((.(((((((.....)))))))......)))))))....(----((((((((...))))).))))(((.....)))((((((((......))))))))))).)) ( -27.80)
>DroEre_CAF1 78245 116 - 1
UGGGAAAAAUAACUAUAUUAUUCACUAUGUAAGUGGAUUACCAUGGAUAGUACAUG----CAUAUAUGGGUCAUAUAGUGCGCUUUGUUGGCGGGCGAGUCAAAAUAUUUGCCCUUUGCC
.((.(((....(((((((.(((((.(((((..(((.(((((....).)))).))).----.)))))))))).)))))))..(((.....)))((((((((......))))))))))).)) ( -30.20)
>DroYak_CAF1 76059 116 - 1
UGGGAAAAAUAACUAUUUUAUUCACUAUAUAAGUGGAUUACCAUGGAUAGUACAUG----UAUAUAUGGGUCAUAUAGUACGCUUUGUUGGCGGGCGAGUCAAAAUAUUUGCCCUUUGCC
.((.(((....(((((...(((((.((((((.(((.(((((....).)))).))).----)))))))))))...)))))..(((.....)))((((((((......))))))))))).)) ( -28.10)
>consensus
UGGGAAAAAUAACUAUUUUAUUCACUAUGUAAGUGGAUUACCAUGGAUAGUAGAUG____UAUAUAUGGGUCAUAUAGUACGCUUUGUUAGCGGGCGAGUCAAAAUAUUUGCCCUUUGCC
.((.(((....(((((...(((((((.....)))))))..(((((...................))))).....)))))..(((.....)))((((((((......))))))))))).)) (-25.77 = -25.53 +  -0.24)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:23:35 2006