Locus 4449

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 12,950,887 – 12,951,032
Length 145
Max. P 0.984788
window6918 window6919 window6920

overview

Window 8

Location 12,950,887 – 12,951,004
Length 117
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.79
Mean single sequence MFE -35.64
Consensus MFE -31.04
Energy contribution -31.64
Covariance contribution 0.60
Combinations/Pair 1.00
Mean z-score -1.58
Structure conservation index 0.87
SVM decision value 0.84
SVM RNA-class probability 0.863054
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12950887 117 + 23771897
AGCUGUCGCCUUCAUCUU-UAAACUUUAAUGGCCAGCCAAAAGUUUUGGGCCAUGUCUAAGCUUUAGUCAACAAAGACUUGGGCACGUCGUGGCCACA--GCCAGAUGCUUCCGCUCUAG
.(((((............-.(((((((..(((....))))))))))..(((((((.(...(((..((((......))))..)))..).))))))))))--)).(((.((....))))).. ( -37.10)
>DroSec_CAF1 68111 117 + 1
AGCUGUCGCCUUCAUCUU-UAAACUUUAAUGGCCAGCCAAAAGUUUUGGGCCGUGUCUAAGCUUUAGUCAACAAAGACUUGGGCACGUCGUGGCCACA--ACCAGAUGCUUCCGCUCUAG
...(((.(((.....((.-.(((((((..(((....))))))))))..)).((((((((((((((.(....))))).))))))))))....))).)))--...(((.((....))))).. ( -33.20)
>DroSim_CAF1 72956 118 + 1
AGCUGUCGCCUUCAUCUUUUAAACUUUAAUGGCCAGCCAAAAGUUUUGGGCCGUGUCUAAGCUUUAGUCAACAAAGACUUGGGCACGUCGUGGCCACA--GCCAGAUGCUUCCGCUCUAG
.(((((.(((.....((...(((((((..(((....)))))))))).))(.((((((((((((((.(....))))).)))))))))).)..))).)))--)).(((.((....))))).. ( -38.80)
>DroEre_CAF1 74211 119 + 1
AGCUGUCGCCUUCAUCUU-UAAACUUUAAUGGCCAGCCAAAAGUUUUGGGCCGUGUCUAAGCUUUAGUCAACAAAGACUUGGGCACGUCGUGGCCACAGAGCCAGAUGCUUCCGUUCUAG
(((.(((((((.......-.(((((((..(((....)))))))))).))))((((((((((((((.(....))))).))))))))))...((((......)))))))))).......... ( -34.90)
>DroYak_CAF1 71984 117 + 1
AGCUGUCGCCUUCAUCUU-UAAACUUUAAUGGCCAGCCAAAAGUUUUGGGCCGUAUCUAAGCUUUAGUCAACAAAGACUUGGGCACGUCGUGGCCACA--GCCAGAUGCCUCCGUUCUGG
.(((((.(((.....((.-.(((((((..(((....))))))))))..)).(((..(((((((((.(....))))).)))))..)))....))).)))--))((((.........)))). ( -34.20)
>consensus
AGCUGUCGCCUUCAUCUU_UAAACUUUAAUGGCCAGCCAAAAGUUUUGGGCCGUGUCUAAGCUUUAGUCAACAAAGACUUGGGCACGUCGUGGCCACA__GCCAGAUGCUUCCGCUCUAG
.((.(((((((.........(((((((..(((....)))))))))).))))((((((((((((((.(....))))).))))))))))...((((......)))))))))........... (-31.04 = -31.64 +   0.60)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 9

Location 12,950,887 – 12,951,004
Length 117
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.79
Mean single sequence MFE -38.50
Consensus MFE -34.32
Energy contribution -34.40
Covariance contribution 0.08
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.91
Structure conservation index 0.89
SVM decision value 1.99
SVM RNA-class probability 0.984788
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12950887 117 - 23771897
CUAGAGCGGAAGCAUCUGGC--UGUGGCCACGACGUGCCCAAGUCUUUGUUGACUAAAGCUUAGACAUGGCCCAAAACUUUUGGCUGGCCAUUAAAGUUUA-AAGAUGAAGGCGACAGCU
.((((((....)).))))((--(((.(((.....(.(((...((((..(((......)))..))))..))).).((((((((((....)))..))))))).-........))).))))). ( -41.40)
>DroSec_CAF1 68111 117 - 1
CUAGAGCGGAAGCAUCUGGU--UGUGGCCACGACGUGCCCAAGUCUUUGUUGACUAAAGCUUAGACACGGCCCAAAACUUUUGGCUGGCCAUUAAAGUUUA-AAGAUGAAGGCGACAGCU
.((((((....)).))))((--(((.(((.....(.(((...((((..(((......)))..))))..))).).((((((((((....)))..))))))).-........))).))))). ( -39.00)
>DroSim_CAF1 72956 118 - 1
CUAGAGCGGAAGCAUCUGGC--UGUGGCCACGACGUGCCCAAGUCUUUGUUGACUAAAGCUUAGACACGGCCCAAAACUUUUGGCUGGCCAUUAAAGUUUAAAAGAUGAAGGCGACAGCU
.((((((....)).))))((--(((.(((.....(.(((...((((..(((......)))..))))..))).).((((((((((....)))..)))))))..........))).))))). ( -41.40)
>DroEre_CAF1 74211 119 - 1
CUAGAACGGAAGCAUCUGGCUCUGUGGCCACGACGUGCCCAAGUCUUUGUUGACUAAAGCUUAGACACGGCCCAAAACUUUUGGCUGGCCAUUAAAGUUUA-AAGAUGAAGGCGACAGCU
(((((.(....)..)))))..((((.(((.....(.(((...((((..(((......)))..))))..))).).((((((((((....)))..))))))).-........))).)))).. ( -34.80)
>DroYak_CAF1 71984 117 - 1
CCAGAACGGAGGCAUCUGGC--UGUGGCCACGACGUGCCCAAGUCUUUGUUGACUAAAGCUUAGAUACGGCCCAAAACUUUUGGCUGGCCAUUAAAGUUUA-AAGAUGAAGGCGACAGCU
......((((....))))((--(((.(((.....(.(((...((((..(((......)))..))))..))).).((((((((((....)))..))))))).-........))).))))). ( -35.90)
>consensus
CUAGAGCGGAAGCAUCUGGC__UGUGGCCACGACGUGCCCAAGUCUUUGUUGACUAAAGCUUAGACACGGCCCAAAACUUUUGGCUGGCCAUUAAAGUUUA_AAGAUGAAGGCGACAGCU
(((((((....)).)))))...(((.(((.....(.(((...((((..(((......)))..))))..))).).((((((((((....)))..)))))))..........))).)))... (-34.32 = -34.40 +   0.08)

alignment

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secondary structure

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Window 0

Location 12,950,926 – 12,951,032
Length 106
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 88.89
Mean single sequence MFE -33.64
Consensus MFE -27.16
Energy contribution -27.36
Covariance contribution 0.20
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.70
Structure conservation index 0.81
SVM decision value 0.67
SVM RNA-class probability 0.816855
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12950926 106 + 23771897
AAGUUUUGGGCCAUGUCUAAGCUUUAGUCAACAAAGACUUGGGCACGUCGUGGCCACA--GCCAGAUGCUUCCGCUCUAGCAGAAAACAUCGUUCUUAUCCCCACU------------CC
..(((((.(((((((.(...(((..((((......))))..)))..).)))))))...--((.(((.((....))))).))..)))))..................------------.. ( -31.40)
>DroSec_CAF1 68150 106 + 1
AAGUUUUGGGCCGUGUCUAAGCUUUAGUCAACAAAGACUUGGGCACGUCGUGGCCACA--ACCAGAUGCUUCCGCUCUAGCGGAAAACGUCGUUCUUAUCCCCACU------------CC
......((((.((((((((((((((.(....))))).))))))))))...(((.....--.)))((((.((((((....))))))..)))).........))))..------------.. ( -34.50)
>DroSim_CAF1 72996 106 + 1
AAGUUUUGGGCCGUGUCUAAGCUUUAGUCAACAAAGACUUGGGCACGUCGUGGCCACA--GCCAGAUGCUUCCGCUCUAGCGGAAAACGUCGUUCUUAUCCCCACU------------CC
......((((.((((((((((((((.(....))))).))))))))))...((((....--))))((((.((((((....))))))..)))).........))))..------------.. ( -37.60)
>DroEre_CAF1 74250 120 + 1
AAGUUUUGGGCCGUGUCUAAGCUUUAGUCAACAAAGACUUGGGCACGUCGUGGCCACAGAGCCAGAUGCUUCCGUUCUAGCAGAAAACGUCGUCCUUAUCCCCACUCCCGCAUCCACUCC
..(((((((((((((((((((((((.(....))))).))))))))).....)))).))))))..(((((....((....)).((.....))..................)))))...... ( -31.50)
>DroYak_CAF1 72023 118 + 1
AAGUUUUGGGCCGUAUCUAAGCUUUAGUCAACAAAGACUUGGGCACGUCGUGGCCACA--GCCAGAUGCCUCCGUUCUGGCAGAAAACGUCGUCCUUAUUCCCACUGCCGCACCCACUCC
......((((.(((..(((((((((.(....))))).)))))..)))..(((((....--((((((.........)))))).((.....))...............))))).)))).... ( -33.20)
>consensus
AAGUUUUGGGCCGUGUCUAAGCUUUAGUCAACAAAGACUUGGGCACGUCGUGGCCACA__GCCAGAUGCUUCCGCUCUAGCAGAAAACGUCGUUCUUAUCCCCACU____________CC
......((((.((((((((((((((.(....))))).))))))))))...((((......))))((((..((.((....)).))...)))).........))))................ (-27.16 = -27.36 +   0.20)

alignment

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