Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,950,570 – 12,950,730 |
Length | 160 |
Max. P | 0.975504 |
Location | 12,950,570 – 12,950,690 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 98.58 |
Mean single sequence MFE | -36.84 |
Consensus MFE | -36.66 |
Energy contribution | -36.50 |
Covariance contribution | -0.16 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -1.44 |
Structure conservation index | 1.00 |
SVM decision value | 1.14 |
SVM RNA-class probability | 0.921255 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 12950570 120 + 23771897 CAAGUGACCCAUAAAAUAUCACGUAUACGCAGGCCACAUGGCCGCAGGAGGGCGCUGGAUGAUGAACUAACACGGACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAG ...(((..((((((...((((.....(((((..((((...(((.......)))................((((((((....)))))))))))).))))).....)))))))))))))... ( -36.40) >DroSec_CAF1 67796 120 + 1 CAAGUGACCCAUAAAAUAUCACGUAUACGCAGGCCACAUGGCCGCAGGAGGGCGCUGGAUGAUGAACUAACACGGACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAG ...(((..((((((...((((.....(((((..((((...(((.......)))................((((((((....)))))))))))).))))).....)))))))))))))... ( -36.40) >DroSim_CAF1 72642 120 + 1 CAAGUGACCCAUAAAAUAUCACGUAUACGCAGGCCACAUGGCCGCAGGAGGGCGCUGGAUGAUGAACUAACACGGACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAG ...(((..((((((...((((.....(((((..((((...(((.......)))................((((((((....)))))))))))).))))).....)))))))))))))... ( -36.40) >DroEre_CAF1 73896 120 + 1 CAAGUGACCCAUAAAAUAUCACGUAUACGCAGGCCACAUGGCCGCAGGAGGGCGCACGAUGAUGAACUAACACGGACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAG ...(((..((((((...((((.....(((((..((((.(((((.......))).)).............((((((((....)))))))))))).))))).....)))))))))))))... ( -36.60) >DroYak_CAF1 71673 120 + 1 CAAGUGACCCAUAAAAUAUCACGUAUACGCAGGCCACAUGGCCGCAGGAGGGCGCAUGAUGAUGAACUAACACGAACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAG ...(((..((((((...((((.....(((((..((((((((((.......))).)))............((((((((....)))))))))))).))))).....)))))))))))))... ( -38.40) >consensus CAAGUGACCCAUAAAAUAUCACGUAUACGCAGGCCACAUGGCCGCAGGAGGGCGCUGGAUGAUGAACUAACACGGACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAG ...(((..((((((...((((.....(((((..((((...(((.......)))................((((((((....)))))))))))).))))).....)))))))))))))... (-36.66 = -36.50 + -0.16)
Location | 12,950,610 – 12,950,730 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 97.08 |
Mean single sequence MFE | -39.50 |
Consensus MFE | -36.84 |
Energy contribution | -36.84 |
Covariance contribution | -0.00 |
Combinations/Pair | 1.05 |
Mean z-score | -1.65 |
Structure conservation index | 0.93 |
SVM decision value | 1.75 |
SVM RNA-class probability | 0.975504 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 12950610 120 + 23771897 GCCGCAGGAGGGCGCUGGAUGAUGAACUAACACGGACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAGGCCCGAAUACCAGCUGAUUGUAAAUCUAUGCGGGCCUCAA ((((((((((((((((((........)))((((((((....))))))))......)))))))).....)))))))...(((((((.(((...((.....)).....))).)))))))... ( -40.60) >DroSec_CAF1 67836 120 + 1 GCCGCAGGAGGGCGCUGGAUGAUGAACUAACACGGACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAGGCCCGAAUACCAGCUGAUUGUAAAUCUAUGCGGGCCUCAA ((((((((((((((((((........)))((((((((....))))))))......)))))))).....)))))))...(((((((.(((...((.....)).....))).)))))))... ( -40.60) >DroSim_CAF1 72682 120 + 1 GCCGCAGGAGGGCGCUGGAUGAUGAACUAACACGGACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAGGCCCGAAUACCAGCUGAUUGUAAAUCUAUGCUGGCCUCAA (((((((((..(((((((..((((..(((((((((((....)))))))).)))...))))......(((((.(((.....)))))))).))))).....))...))).))).)))..... ( -38.10) >DroEre_CAF1 73936 120 + 1 GCCGCAGGAGGGCGCACGAUGAUGAACUAACACGGACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAGGCCCAAAUACCGGCUGAUUGUAAAUCUAUGCGGGCUUCAA .(((((.((((((((((.((.........((((((((....)))))))))).).)))))))))..((((((..(.....((((........))))..)..))))))..)))))....... ( -37.80) >DroYak_CAF1 71713 120 + 1 GCCGCAGGAGGGCGCAUGAUGAUGAACUAACACGAACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAGGCCCGAAUACCAGCUGAUUGUAAAUCUAUGCGGGCUUCAA (((((((((((((((((.........(((((((((((....)))))))).))))))))))))).....)))))))...(((((((.(((...((.....)).....))).)))))))... ( -40.40) >consensus GCCGCAGGAGGGCGCUGGAUGAUGAACUAACACGGACAUAUGUUCGUGUGUGGAUGCGUUUUUAUGAUUUGUGGCAUAAGGCCCGAAUACCAGCUGAUUGUAAAUCUAUGCGGGCCUCAA (((((((((((((((...........(((((((((((....)))))))).)))..)))))))).....)))))))...(((((((.(((...((.....)).....))).)))))))... (-36.84 = -36.84 + -0.00)
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