Locus 4421

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 12,912,108 – 12,912,297
Length 189
Max. P 0.995526
window6850 window6851 window6852 window6853

overview

Window 0

Location 12,912,108 – 12,912,207
Length 99
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.34
Mean single sequence MFE -23.68
Consensus MFE -18.76
Energy contribution -18.68
Covariance contribution -0.08
Combinations/Pair 1.12
Mean z-score -1.58
Structure conservation index 0.79
SVM decision value 0.15
SVM RNA-class probability 0.607207
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12912108 99 - 23771897
UCUCGUGCAUCUAGUG--CAUGUAGGCUUAAUUGCUGCUUUUGCUUUUGAUAUGCAAAAUUAUGCACAGUUUAUCAACGCUGCGAUGCGUGCCU-------------UU------CCCAU
....((((((....((--(((((.(((......)))((....)).....))))))).....)))))).........((((......))))....-------------..------..... ( -25.50)
>DroPse_CAF1 41630 98 - 1
UCUCAUGCAUCUCCUGCCCAUGCUGACUUAAUUGCUGCUUUUGCUUUUGAUAUGCAAAAUUAUGCACAGUUUAUCAACGCUGCGAUGCGUG----------------UU------ACCGA
...((((((((.(..((....(.(((...(((((.(((((((((.........))))))....))))))))..))).))).).))))))))----------------..------..... ( -22.10)
>DroEre_CAF1 38115 107 - 1
UCUCGUGCAUCUAGUG--CAUGUAGGCUUAAUUGCUGCAUUUGCUUUUGAUAUGCAAAAUUAUGCACAGUUUAUCAACGCUGCGAUGCGUGCCUUUUC-----CACUUU------CCCAC
...(((((((...)))--)))).((((..(((((.(((((((((.........))))....)))))))))).....((((......))))))))....-----......------..... ( -25.90)
>DroYak_CAF1 35389 107 - 1
UCUCGUGCAUCUAGUG--CAUGUAGGCUUAAUUGCUGCUUUUGCUUUUGAUAUGCAAAAUUAUGCACAGUUUAUCAACGCUGCGAUGCGUGCUUUUCC-----CACUUU------CCCAC
....((((((....((--(((((.(((......)))((....)).....))))))).....)))))).........((((......))))........-----......------..... ( -25.50)
>DroAna_CAF1 59165 118 - 1
UCUCGUGCAUCUCCUA--CAUGUAGGCUUAAUUGCUGCUUUUGCUUUUGAUAUGCAAAAUUAUGCACAGUUUAUCAACGCUGCGAAGCAUGCUUUUUCCUCACCACUUCCAUCCACCCAC
....(((.....((((--....)))).......((((((((.((..((((((((((......)))).....))))))....)))))))).))...........))).............. ( -21.00)
>DroPer_CAF1 37248 98 - 1
UCUCAUGCAUCUCCUGCCCAUGCUGACUUAAUUGCUGCUUUUGCUUUUGAUAUGCAAAAUUAUGCACAGUUUAUCAACGCUGCGAUGCGUG----------------UU------ACCGA
...((((((((.(..((....(.(((...(((((.(((((((((.........))))))....))))))))..))).))).).))))))))----------------..------..... ( -22.10)
>consensus
UCUCGUGCAUCUACUG__CAUGUAGGCUUAAUUGCUGCUUUUGCUUUUGAUAUGCAAAAUUAUGCACAGUUUAUCAACGCUGCGAUGCGUGC_U_____________UU______CCCAC
...((((((((..........((((.(......)))))....((..((((((((((......)))).....))))))....))))))))))............................. (-18.76 = -18.68 +  -0.08)

alignment

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secondary structure

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Window 1

Location 12,912,169 – 12,912,267
Length 98
Sequences 6
Columns 98
Reading direction forward
Mean pairwise identity 89.25
Mean single sequence MFE -26.85
Consensus MFE -22.83
Energy contribution -23.02
Covariance contribution 0.19
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -1.68
Structure conservation index 0.85
SVM decision value 0.22
SVM RNA-class probability 0.639948
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12912169 98 + 23771897
AAGCAGCAAUUAAGCCUACAUGCACUAGAUGCACGAGAGCUGCAUCAUACAACAAUUGCUUUUGAUAGAUAAUUGCUGCAGAUGUGCGGGUGUAUGGG
..((((((((((.((......)).((((((((((....).))))))......(((......))).))).))))))))))....((((....))))... ( -28.00)
>DroSec_CAF1 32947 94 + 1
AUGCAGCAAUUAAGUCUACAUGCACUAGAUGCACGAGAGCGGC----UACAACAAUUGCUUUUGAUAGAUAAUUGCUGCAGAUGUGUGGGUGUAUGGG
.((((((((((..(((((..((((.....))))(((((((((.----........))))))))).))))))))))))))).................. ( -27.50)
>DroSim_CAF1 30721 98 + 1
AUGCAGCAAUUAAGCCUACAUGCACUAGAUGCACGAGAGCGGCAUCAUACAACAAUUGCUUUUGAUAGAUAAUUGCUGCAGAUGUGUGGGUGUAUGUG
.....((......)).((((((((((.(((((.((....))))))).((((.((.((((..................)))).)))))))))))))))) ( -26.57)
>DroEre_CAF1 38184 90 + 1
AUGCAGCAAUUAAGCCUACAUGCACUAGAUGCACGAGAGCGGCUUCGUACAACAAUUGCUUUUGAUAGAUAAUUGCUGCAGAUGUGUGGG--------
.(((((((((((........((((.....))))(((((((((.............))))))))).....)))))))))))..........-------- ( -25.32)
>DroYak_CAF1 35458 98 + 1
AAGCAGCAAUUAAGCCUACAUGCACUAGAUGCACGAGAGCGGCAUCAUACAACAAUUGCUUUUGAUAGAUAAUUGCUGCAGAUGUGUGGGUGUGUGCG
.....(((.....(((((((((((...(((((.((....)))))))......((((((((......)).)))))).))))....)))))))...))). ( -28.20)
>DroAna_CAF1 59245 98 + 1
AAGCAGCAAUUAAGCCUACAUGUAGGAGAUGCACGAGAGCGGCAUCAUACAACAAUUGCUUUUGAUAGAUAAUUGCUACAAAUGCAUGUGCCUGUGCA
..(((((((((...((((....)))).(((((.((....))))))).......)))))))....((((.((..(((.......)))..)).)))))). ( -25.50)
>consensus
AAGCAGCAAUUAAGCCUACAUGCACUAGAUGCACGAGAGCGGCAUCAUACAACAAUUGCUUUUGAUAGAUAAUUGCUGCAGAUGUGUGGGUGUAUGCG
..((((((((((........((((.....))))(((((((((.............))))))))).....))))))))))................... (-22.83 = -23.02 +   0.19)

alignment

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secondary structure

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Window 2

Location 12,912,169 – 12,912,267
Length 98
Sequences 6
Columns 98
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 89.25
Mean single sequence MFE -28.18
Consensus MFE -24.25
Energy contribution -25.45
Covariance contribution 1.20
Combinations/Pair 1.04
Mean z-score -3.53
Structure conservation index 0.86
SVM decision value 2.59
SVM RNA-class probability 0.995526
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12912169 98 - 23771897
CCCAUACACCCGCACAUCUGCAGCAAUUAUCUAUCAAAAGCAAUUGUUGUAUGAUGCAGCUCUCGUGCAUCUAGUGCAUGUAGGCUUAAUUGCUGCUU
...................((((((((((..(((((..(((....)))...))))).((((..(((((((...)))))))..)))))))))))))).. ( -30.00)
>DroSec_CAF1 32947 94 - 1
CCCAUACACCCACACAUCUGCAGCAAUUAUCUAUCAAAAGCAAUUGUUGUA----GCCGCUCUCGUGCAUCUAGUGCAUGUAGACUUAAUUGCUGCAU
..................(((((((((((.((((...((....))...)))----)....((((((((((...))))))).)))..))))))))))). ( -25.00)
>DroSim_CAF1 30721 98 - 1
CACAUACACCCACACAUCUGCAGCAAUUAUCUAUCAAAAGCAAUUGUUGUAUGAUGCCGCUCUCGUGCAUCUAGUGCAUGUAGGCUUAAUUGCUGCAU
..................(((((((((((..(((((..(((....)))...)))))..(((..(((((((...)))))))..))).))))))))))). ( -30.60)
>DroEre_CAF1 38184 90 - 1
--------CCCACACAUCUGCAGCAAUUAUCUAUCAAAAGCAAUUGUUGUACGAAGCCGCUCUCGUGCAUCUAGUGCAUGUAGGCUUAAUUGCUGCAU
--------..........(((((((((((((((.((...(((...(.(((((((........))))))).)...))).))))))..))))))))))). ( -28.90)
>DroYak_CAF1 35458 98 - 1
CGCACACACCCACACAUCUGCAGCAAUUAUCUAUCAAAAGCAAUUGUUGUAUGAUGCCGCUCUCGUGCAUCUAGUGCAUGUAGGCUUAAUUGCUGCUU
...................((((((((((..(((((..(((....)))...)))))..(((..(((((((...)))))))..))).)))))))))).. ( -29.50)
>DroAna_CAF1 59245 98 - 1
UGCACAGGCACAUGCAUUUGUAGCAAUUAUCUAUCAAAAGCAAUUGUUGUAUGAUGCCGCUCUCGUGCAUCUCCUACAUGUAGGCUUAAUUGCUGCUU
((((........))))...((((((((((.........(((......((((.(((((((....)).)))))...)))).....))))))))))))).. ( -25.10)
>consensus
CCCAUACACCCACACAUCUGCAGCAAUUAUCUAUCAAAAGCAAUUGUUGUAUGAUGCCGCUCUCGUGCAUCUAGUGCAUGUAGGCUUAAUUGCUGCAU
...................((((((((((..(((((..(((....)))...)))))..(((..((((((.....))))))..))).)))))))))).. (-24.25 = -25.45 +   1.20)

alignment

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Window 3

Location 12,912,207 – 12,912,297
Length 90
Sequences 6
Columns 92
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.18
Mean single sequence MFE -23.38
Consensus MFE -12.86
Energy contribution -13.92
Covariance contribution 1.06
Combinations/Pair 1.20
Mean z-score -2.13
Structure conservation index 0.55
SVM decision value 0.12
SVM RNA-class probability 0.591103
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12912207 90 - 23771897
--UAUGUAUGUGUGAAAGGGACGAGCAUUUCACCCAUACACCCGCACAUCUGCAGCAAUUAUCUAUCAAAAGCAAUUGUUGUAUGAUGCAGC
--..((((((.((((((.(......).)))))).))))))...((.((((((((((((((..((......)).)))))))))).))))..)) ( -25.40)
>DroSec_CAF1 32985 82 - 1
--U----AUGUGUGAAAGGGACGAGCAUUCCACCCAUACACCCACACAUCUGCAGCAAUUAUCUAUCAAAAGCAAUUGUUGUA----GCCGC
--.----(((((((...(((..(......)..))).......)))))))(((((((((((..((......)).))))))))))----).... ( -18.70)
>DroSim_CAF1 30759 86 - 1
--U----AUGUGUGAAAGGGACGAGCAUUCCACACAUACACCCACACAUCUGCAGCAAUUAUCUAUCAAAAGCAAUUGUUGUAUGAUGCCGC
--(----(((((((....(......)....))))))))........((((((((((((((..((......)).)))))))))).)))).... ( -20.60)
>DroEre_CAF1 38222 84 - 1
AGUAUGUGUGUGUGAAAGGGACGAGCAUUCCA--------CCCACACAUCUGCAGCAAUUAUCUAUCAAAAGCAAUUGUUGUACGAAGCCGC
.....(((((((((...((((......)))).--------..))))))((((((((((((..((......)).)))))))))).))...))) ( -19.20)
>DroYak_CAF1 35496 91 - 1
-GUGUGUGUGUGUAAAAGGGACAAGCAUUCCACGCACACACCCACACAUCUGCAGCAAUUAUCUAUCAAAAGCAAUUGUUGUAUGAUGCCGC
-(((.((((((((....((((......))))..)))))))).))).((((((((((((((..((......)).)))))))))).)))).... ( -30.70)
>DroAna_CAF1 59283 86 - 1
-GU----GGUUGUGCCAGGAAUGGCCAUCCC-UGCACAGGCACAUGCAUUUGUAGCAAUUAUCUAUCAAAAGCAAUUGUUGUAUGAUGCCGC
-((----(.((((((.(((.((....)).))-))))))).)))..(((((..((((((((..((......)).))))))))...)))))... ( -25.70)
>consensus
__U____AUGUGUGAAAGGGACGAGCAUUCCACCCAUACACCCACACAUCUGCAGCAAUUAUCUAUCAAAAGCAAUUGUUGUAUGAUGCCGC
.........(((((...((((......))))...))))).......((((((((((((((..((......)).)))))))))).)))).... (-12.86 = -13.92 +   1.06)

alignment

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