Locus 4374

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	12,830,196 – 12,830,295
Length	99
Max. P	0.732133

overview

Window 1

Location	12,830,196 – 12,830,295
Length	99
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	79.05
Mean single sequence MFE	-36.82
Consensus MFE	-19.88
Energy contribution	-20.93
Covariance contribution	1.06
Combinations/Pair	1.14
Mean z-score	-1.80
Structure conservation index	0.54
SVM decision value	0.02
SVM RNA-class probability	0.543268
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12830196 99 + 23771897
GCUUAGUAGCUC------UAGCUCCACCACCAGCACCG---CCAGUCCGGCACUGGCCACCGUUAUCACAACCACAGCUCUGGCGCUCGCCAGUACGGUGGCCAGCGG
(((....)))..------..(((........))).(((---((.....))).(((((((((((................(((((....))))).))))))))))).)) ( -38.83)
>DroVir_CAF1 92585 108 + 1
CAUUAGCAGCACGGAGAGCAGCUCCACCAGCAGCGCUGUGCCUGGACCUGCACUGGCCACAGUCAUCACCACCACGGCCCUGGCCCUCUACAGCACCGUGGCGAGCAC
........((..((.((((((.(((((((((...)))).)..)))).))))((((....))))..)).)).((((((..(((........)))..))))))...)).. ( -37.50)
>DroSec_CAF1 71331 99 + 1
GCUUAGUAGCUC------UAGCUCCACCACCAGCACCG---CCAGUCCGGCACUGGCCACCGUUAUCACCACCACAGCUCUGGCGCUCGCCAGCACGGUGGCCAGCGG
(((....)))..------..(((........))).(((---((.....))).(((((((((((................(((((....))))).))))))))))).)) ( -37.43)
>DroSim_CAF1 71150 99 + 1
GCUUAGUAGCUC------UAGCUCCACCACCAGCACCG---CCAGUCCGGCGCUGGCCACCGUUAUCACCACCACAGCUCUGGCGCUCGCCAGCACGGUGGCCAGCGG
(((....)))..------..(((........))).(((---((.....)))((((((((((((................(((((....))))).)))))))))))))) ( -41.93)
>DroYak_CAF1 81131 99 + 1
CCUUAGUAGCUC------CAGUUCCACCACCAGCACCG---CCAGUCCGGCACUGGCCACCGUGAUCACCACCACAGCUCUGGCGCUCUACAGCACGGUGGCCAGCGG
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>DroMoj_CAF1 82703 105 + 1
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>consensus
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.....(.((((........)))).)...........................(((((((((((.............((....))(((....))))))))))))))... (-19.88 = -20.93 +   1.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	12,830,196 – 12,830,295
Length	99
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	79.05
Mean single sequence MFE	-46.68
Consensus MFE	-31.05
Energy contribution	-30.92
Covariance contribution	-0.13
Combinations/Pair	1.28
Mean z-score	-1.49
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	0.43
SVM RNA-class probability	0.732133
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12830196 99 - 23771897
CCGCUGGCCACCGUACUGGCGAGCGCCAGAGCUGUGGUUGUGAUAACGGUGGCCAGUGCCGGACUGG---CGGUGCUGGUGGUGGAGCUA------GAGCUACUAAGC
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>DroVir_CAF1 92585 108 - 1
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....(((((((((((((((.....(((.((((((((.((((.((....)).)))).))).))))).)))))))))))).))))))(((.((.......)).))).... ( -49.70)
>DroSec_CAF1 71331 99 - 1
CCGCUGGCCACCGUGCUGGCGAGCGCCAGAGCUGUGGUGGUGAUAACGGUGGCCAGUGCCGGACUGG---CGGUGCUGGUGGUGGAGCUA------GAGCUACUAAGC
((((((((((((((.(((((....))))).(((.....)))....)))))))))((..(((......---)))..)))))))((((((..------..))).)))... ( -47.30)
>DroSim_CAF1 71150 99 - 1
CCGCUGGCCACCGUGCUGGCGAGCGCCAGAGCUGUGGUGGUGAUAACGGUGGCCAGCGCCGGACUGG---CGGUGCUGGUGGUGGAGCUA------GAGCUACUAAGC
((((((((((((((.(((((....))))).(((.....)))....)))))))))(((((((......---))))))))))))((((((..------..))).)))... ( -49.70)
>DroYak_CAF1 81131 99 - 1
CCGCUGGCCACCGUGCUGUAGAGCGCCAGAGCUGUGGUGGUGAUCACGGUGGCCAGUGCCGGACUGG---CGGUGCUGGUGGUGGAACUG------GAGCUACUAAGG
.((((((((((((((..((..(.(((((......))))).).))))))))))))))))((..(.(((---(....(..((......))..------).)))).)..)) ( -43.60)
>DroMoj_CAF1 82703 105 - 1
GUGGUUGCUACAGUGCUAUACAGGGCCAGAGCCGUGGUGGUGAUCACUGUGGCCAGGGCGGGCACGGACACGGCGC---UGGUGGAGCUUGUCUCUGUGCUGCUGAUG
......(((((((((((((.((.(((....))).))))))....)))))))))...(((((.((((((.((((.((---(.....))))))).))))))))))).... ( -42.50)
>consensus
CCGCUGGCCACCGUGCUGGAGAGCGCCAGAGCUGUGGUGGUGAUAACGGUGGCCAGUGCCGGACUGG___CGGUGCUGGUGGUGGAGCUA______GAGCUACUAAGC
..((((((((((((.(((........))).(((.....)))....))))))))))))((((.........)))).....((((((..(........)..))))))... (-31.05 = -30.92 +  -0.13)

alignment

secondary structure

dotplot

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