Locus 4372

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 12,824,835 – 12,825,067
Length 232
Max. P 0.774021
window6766 window6767 window6768 window6769

overview

Window 6

Location 12,824,835 – 12,824,947
Length 112
Sequences 6
Columns 112
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 68.47
Mean single sequence MFE -34.63
Consensus MFE -21.82
Energy contribution -20.74
Covariance contribution -1.08
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -1.23
Structure conservation index 0.63
SVM decision value 0.54
SVM RNA-class probability 0.774021
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12824835 112 - 23771897
AUGGUGGCGGAUCAUCACCAGCCAGACCACCGCGGUGGUAGUUGUUCAUCGCCGUCUUGGCGGAGCGCAGUAGAGCUUGACCAUAUCUAUAAGAAAUGGACUUGUUAAUCAG
.((((((.......))))))(((((((....(((((((.......))))))).))).)))).((((........))))..((((.((.....)).))))............. ( -32.70)
>DroVir_CAF1 82647 84 - 1
ACGGUGGCGGAUCAUCGCCAGCAAGUCCGCCGCGAUGGAAGUUGCUUUGCGCCGUUUUAGCGGCGCGCAGCAACGCUUGUCCAU----------------------------
...(((((((((...(....)...))))))))).(((((.((((((.((((((((....)))))))).)))))).....)))))---------------------------- ( -44.80)
>DroPse_CAF1 93486 84 - 1
ACGGCGGCGGAUCGUCGCCGGCAAUGCCCCCGCGAUGGUAGUUGUUCAUUGCGGUCUUGGCCGACCGCAGCAGGGCCUGUCCAU----------------------------
..(((((((...)))))))((((..((((..(((((((.......)))))((((((......)))))).)).)))).))))...---------------------------- ( -38.10)
>DroWil_CAF1 95536 84 - 1
AUGGCGGCGGAUCAUCCCCAACAAGACCACCGCGAUGAUAGUUAUUCAUGGCCGUCUUGGCGGCCCGCAACAAGGCCUGUCCAU----------------------------
..(((((.((.((...........)))).))(((((((.......))))((((((....)))))))))......))).......---------------------------- ( -27.50)
>DroAna_CAF1 60593 109 - 1
ACGGUGGCGGAUCAUCGCCAAUCAGUCCACCGCGAUGGUAGUUGUUCAUGGCUGUCUUAGCAGAGCGCAGCAAUGCCUGGCCAUACCUGUAA---AUUCAUUUUAAGUUUAA
.(((((((.(((........))).).))))))..(((((....((((...((((...)))).))))(((....)))...)))))........---................. ( -26.60)
>DroPer_CAF1 91731 84 - 1
ACGGCGGCGGAUCGUCGCCGGCAAUGCCCCCGCGAUGGUAGUUGUUCAUUGCGGUCUUGGCCGACCGCAGCAGGGCCUGUCCAU----------------------------
..(((((((...)))))))((((..((((..(((((((.......)))))((((((......)))))).)).)))).))))...---------------------------- ( -38.10)
>consensus
ACGGCGGCGGAUCAUCGCCAGCAAGACCACCGCGAUGGUAGUUGUUCAUCGCCGUCUUGGCGGACCGCAGCAAGGCCUGUCCAU____________________________
..((.(((..((((((((.............)))))))).(((((......((((....))))...)))))...)))...)).............................. (-21.82 = -20.74 +  -1.08)

alignment

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secondary structure

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Window 7

Location 12,824,907 – 12,825,027
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.11
Mean single sequence MFE -51.22
Consensus MFE -38.07
Energy contribution -38.13
Covariance contribution 0.06
Combinations/Pair 1.41
Mean z-score -2.10
Structure conservation index 0.74
SVM decision value 0.47
SVM RNA-class probability 0.749554
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12824907 120 + 23771897
UACCACCGCGGUGGUCUGGCUGGUGAUGAUCCGCCACCAUAUCAGCCGGCUGGAUCCUGGAAUGAGGCACCACCGCCGGCAUAUCAGCCACCACCUGGCUACUAUGGCUGGCUGCCGCAG
.......((((..(((((((.(((....))).))))(((((..((((((.(((...((((.(((.(((......)))..))).))))...))).))))))..)))))..)))..)))).. ( -53.00)
>DroVir_CAF1 82691 120 + 1
UUCCAUCGCGGCGGACUUGCUGGCGAUGAUCCGCCACCGUACGUGCCAUCUGGUGCCUGGCAUGAGGCUCCUCCACCAGCUUACCAGCCACCACCCGGCUAUUACGGCUGGCUGCCGCAG
.......(((((((.((.(((((((......))))).((((...(((...(((((.((((....(((((........))))).)))).)))))...)))...)))))).))))))))).. ( -52.10)
>DroGri_CAF1 79243 120 + 1
UUCCAUCGUGGCGGUCUAGCUGGCGAUGAUCCGCCACCGUAUGCGCCCGCUGGUGCUUGGCAUGAGGCACCACCACCGGCUUAUCAGCCACCGCCCGGCUACUAUGGCUGGUUGCCACAG
.......(((((((.((((((((((......))))).((((...(((.((((((((((......)))))))).....((((....))))...))..)))...)))))))))))))))).. ( -50.20)
>DroWil_CAF1 95580 120 + 1
UAUCAUCGCGGUGGUCUUGUUGGGGAUGAUCCGCCGCCAUAUCAGCCGGCUGGCUCUUGGAAUGAGGCCCCACCACCGGCCUAUCAGCCGCCGCCGGGCUACUACGGCUGGUUGCCACAA
.......(((((((((...........)).))))))).....((((((((.((((....((...(((((........))))).)))))))))((((........)))).)))))...... ( -45.90)
>DroMoj_CAF1 75645 120 + 1
UUUCAUCGUGGUGGUCUUGCUGGCGAUGAUCCGCCACCAUAUGCGCCAGCCGGUGCCUGGCAUGAGGCUCCACCACCGGCUUACCAGCCACCACCAGGUUAUUAUGGCUGGUUGCCACAA
.......((((((((...(((((((...((........))...))))))).((.((((......)))).))))))))(((..((((((((((....)))......))))))).))))).. ( -52.10)
>DroAna_CAF1 60662 120 + 1
UACCAUCGCGGUGGACUGAUUGGCGAUGAUCCGCCACCGUACCAGCCGGCUGGAGCUUGGAAUGAGGCUCCGCCUCCGGCUUAUCAGCCACCACCCGGCUACUAUGGCUGGCUGCCCCAG
.......(((((((.((((((((((......))))).......((((((.((((((((......))))))))...)))))).))))))))))..((((((.....))))))..))..... ( -54.00)
>consensus
UACCAUCGCGGUGGUCUUGCUGGCGAUGAUCCGCCACCAUAUCAGCCGGCUGGUGCCUGGAAUGAGGCUCCACCACCGGCUUAUCAGCCACCACCCGGCUACUAUGGCUGGCUGCCACAG
.......(((((((((....(((((......)))))(((((...(((.(.(((((.((((....(((((........))))).)))).))))).).)))...)))))..))))))))).. (-38.07 = -38.13 +   0.06)

alignment

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secondary structure

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Window 8

Location 12,824,907 – 12,825,027
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 83.11
Mean single sequence MFE -55.15
Consensus MFE -36.81
Energy contribution -37.57
Covariance contribution 0.75
Combinations/Pair 1.34
Mean z-score -2.24
Structure conservation index 0.67
SVM decision value 0.27
SVM RNA-class probability 0.661645
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12824907 120 - 23771897
CUGCGGCAGCCAGCCAUAGUAGCCAGGUGGUGGCUGAUAUGCCGGCGGUGGUGCCUCAUUCCAGGAUCCAGCCGGCUGAUAUGGUGGCGGAUCAUCACCAGCCAGACCACCGCGGUGGUA
(((((((.((........)).))).(((((((((......)))(((((((((((((......)))((((.((((.(......).))))))))))))))).)))..))))))))))..... ( -54.70)
>DroVir_CAF1 82691 120 - 1
CUGCGGCAGCCAGCCGUAAUAGCCGGGUGGUGGCUGGUAAGCUGGUGGAGGAGCCUCAUGCCAGGCACCAGAUGGCACGUACGGUGGCGGAUCAUCGCCAGCAAGUCCGCCGCGAUGGAA
.((((((.((((.(((((...((((..(((((.((((((.(..(((......))).).)))))).)))))..))))...)))))))))((((...(....)...))))))))))...... ( -60.10)
>DroGri_CAF1 79243 120 - 1
CUGUGGCAACCAGCCAUAGUAGCCGGGCGGUGGCUGAUAAGCCGGUGGUGGUGCCUCAUGCCAAGCACCAGCGGGCGCAUACGGUGGCGGAUCAUCGCCAGCUAGACCGCCACGAUGGAA
(((((((.....)))))))....((((((((((((....))))(.((((((((..((.(((((.((.((....)).))......))))))).)))))))).)...)))))).))...... ( -53.30)
>DroWil_CAF1 95580 120 - 1
UUGUGGCAACCAGCCGUAGUAGCCCGGCGGCGGCUGAUAGGCCGGUGGUGGGGCCUCAUUCCAAGAGCCAGCCGGCUGAUAUGGCGGCGGAUCAUCCCCAACAAGACCACCGCGAUGAUA
((((((......((((((.(((((.((((((((((....))))((.(((((....)))))))....))).)))))))).))))))((.((.....))))..........))))))..... ( -49.60)
>DroMoj_CAF1 75645 120 - 1
UUGUGGCAACCAGCCAUAAUAACCUGGUGGUGGCUGGUAAGCCGGUGGUGGAGCCUCAUGCCAGGCACCGGCUGGCGCAUAUGGUGGCGGAUCAUCGCCAGCAAGACCACCACGAUGAAA
(((((((.(((((((((.((......)).)))))))))..)))((((((((.((((......)))).)).(((((((...(((((.....))))))))))))...))))))))))..... ( -56.00)
>DroAna_CAF1 60662 120 - 1
CUGGGGCAGCCAGCCAUAGUAGCCGGGUGGUGGCUGAUAAGCCGGAGGCGGAGCCUCAUUCCAAGCUCCAGCCGGCUGGUACGGUGGCGGAUCAUCGCCAAUCAGUCCACCGCGAUGGUA
(((.(((.....))).)))..((((.((((((((((((..(((((.((((((((..........))))).)))..)))))....(((((......)))))))))).)))))))..)))). ( -57.20)
>consensus
CUGUGGCAACCAGCCAUAGUAGCCGGGUGGUGGCUGAUAAGCCGGUGGUGGAGCCUCAUGCCAAGCACCAGCCGGCUCAUACGGUGGCGGAUCAUCGCCAGCAAGACCACCGCGAUGGAA
(((((((.....))))))).......(((((((((.....((((((...((.((..........)).)).))))))......(.(((((......))))).).)).)))))))....... (-36.81 = -37.57 +   0.75)

alignment

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secondary structure

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Window 9

Location 12,824,947 – 12,825,067
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 81.78
Mean single sequence MFE -50.77
Consensus MFE -33.26
Energy contribution -33.55
Covariance contribution 0.29
Combinations/Pair 1.45
Mean z-score -1.54
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.02
SVM RNA-class probability 0.544135
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12824947 120 - 23771897
UAUAGACCGUAUUCGGCGCAGGGCCGCUGAAUGCGUCAUGCUGCGGCAGCCAGCCAUAGUAGCCAGGUGGUGGCUGAUAUGCCGGCGGUGGUGCCUCAUUCCAGGAUCCAGCCGGCUGAU
....(((.((((((((((......))))))))))))).........((((((.((((.........))))))))))....((((((..(((..(((......)))..))))))))).... ( -49.60)
>DroVir_CAF1 82731 120 - 1
CAAACACAGUGUUCGGAGCCGGACCACUGAAGGCAUCAUGCUGCGGCAGCCAGCCGUAAUAGCCGGGUGGUGGCUGGUAAGCUGGUGGAGGAGCCUCAUGCCAGGCACCAGAUGGCACGU
......(((((((((....)))).)))))..(((.....)))(((((.....)))))....((((..(((((.((((((.(..(((......))).).)))))).)))))..)))).... ( -51.70)
>DroGri_CAF1 79283 120 - 1
UAAACACAGUGUUCGGAGCCGGGCCACUGAAUGCAUCGUGCUGUGGCAACCAGCCAUAGUAGCCGGGCGGUGGCUGAUAAGCCGGUGGUGGUGCCUCAUGCCAAGCACCAGCGGGCGCAU
......(((((((((....)))).))))).((((....(((((((((.....)))))))))(((.(.((.(((((....))))).)).((((((..........)))))).).))))))) ( -51.80)
>DroWil_CAF1 95620 120 - 1
UGAAUACCGUAUUCGGUGCCGGACCGCUGAAUGCAUCAUGUUGUGGCAACCAGCCGUAGUAGCCCGGCGGCGGCUGAUAGGCCGGUGGUGGGGCCUCAUUCCAAGAGCCAGCCGGCUGAU
.....((((....))))(((((((((((....(((......)))(((...(((((((.((......)).)))))))....)))))))))..(((.((.......)))))..))))).... ( -47.10)
>DroMoj_CAF1 75685 120 - 1
UAAAAACAGUGUUGGGUGCCGGUCCACUGAAGGCAUCAUGUUGUGGCAACCAGCCAUAAUAACCUGGUGGUGGCUGGUAAGCCGGUGGUGGAGCCUCAUGCCAGGCACCGGCUGGCGCAU
........(((((....((((((((((((..(((....(((....)))(((((((((.((......)).)))))))))..)))..)))))))((((......)))).))))).))))).. ( -51.80)
>DroAna_CAF1 60702 120 - 1
UAAAGACAGUAUUCGGUGCUGGGCCGCUAAAGGCGUCAUGCUGGGGCAGCCAGCCAUAGUAGCCGGGUGGUGGCUGAUAAGCCGGAGGCGGAGCCUCAUUCCAAGCUCCAGCCGGCUGGU
......((((.((((((..(.((((((((..(((.....(((((.....))))).......)))...)))))))).)...))))))((((((((..........))))).))).)))).. ( -52.60)
>consensus
UAAACACAGUAUUCGGUGCCGGGCCACUGAAGGCAUCAUGCUGUGGCAACCAGCCAUAGUAGCCGGGUGGUGGCUGAUAAGCCGGUGGUGGAGCCUCAUGCCAAGCACCAGCCGGCUCAU
.................(((((((((((..........(((((((((.....)))))))))(((....)))((((....))))))))))((.((..........)).))..))))).... (-33.26 = -33.55 +   0.29)

alignment

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secondary structure

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