Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,801,076 – 12,801,196 |
Length | 120 |
Max. P | 0.500000 |
Location | 12,801,076 – 12,801,196 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 81.50 |
Mean single sequence MFE | -42.56 |
Consensus MFE | -27.60 |
Energy contribution | -27.02 |
Covariance contribution | -0.58 |
Combinations/Pair | 1.50 |
Mean z-score | -1.45 |
Structure conservation index | 0.65 |
SVM decision value | -0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 12801076 120 - 23771897 CUCAUCUGGGCGGUCAAUGUCAGUAUGCUGUAUGCCUCGCGCUUCAUCCUCGGUAUCGCCGGUGGAGCUUUCUGUGUGACCGCUCCCAUGUACACGGGUGAGAUUGCUCAGAAGGAGAUU (((.(((((((((((.(((.(((....))))))...(((((((((((...(((.....))))))))))...(((((((............))))))))))))))))))))))..)))... ( -43.60) >DroVir_CAF1 59073 120 - 1 CUGAUCUGGGCACAGAAUGUGGUCAUGAUGUUUGUGGCACGCUUCAUUCUGGGUAUCGCUGGCGGUGCCUUCUGCGUGACCGCGCCCAUGUACACUGGCGAAAUUGCCCAAAAGGAUAUC ...(((((((((((..(((....)))..)))..(((((((((........((((((((....))))))))...))))).)))))))).........((((....)))).....))))... ( -42.80) >DroGri_CAF1 56048 120 - 1 CUCAUUUGGGCACAGAAUGUGGGCAUGAUGUAUGCCGCACGUUUCAUUCUGGGUAUCGCUGGCGGUGCCUUCUGUGUGACAGCGCCUAUGUACACGGGCGAGAUUGCCCAAAAGGAUAUU .((.((((((((......(((((((((...)))))).)))(((.(((...((((((((....))))))))...))).)))..(((((........)))))....)))))))).))..... ( -46.30) >DroWil_CAF1 60724 120 - 1 CUCAUUUGGGCCAAGAAUCUGGCCAUGAUGUAUUCGUCACGUUUUAUUCUGGGUAUCGCUGGCGGUGCCUUCUGUGUGACAGCUCCCAUGUAUACGGGUGAGAUAGCCCAAAAGGAAAUC .((.(((((((.....((((.(((.(((((....))))).(((.(((...((((((((....))))))))...))).)))................))).)))).))))))).))..... ( -37.60) >DroMoj_CAF1 53209 120 - 1 CUGAUCUGGGCACAGAACGUGAUCAUGAUGUACAUUGCACGUUUCAUCCUGGGUAUCGCUGGCGGUGCCUUCUGCGUAACUGCGCCCAUGUACACUGGUGAAAUUGCCCAGAAGGAUAUU ((..((((((((((.....)).((((.((((((((((((.(((.......((((((((....)))))))).......)))))))...))))))).).))))...)))))))).))..... ( -40.74) >DroAna_CAF1 37541 120 - 1 CUCAUCUGGGCGCCCAAUGUGGGCUUGAUGUACGCCUCUCGCUACAUCCUCGGUAUUGCUGGCGGUGCUUUCUGUGUGACUGCUCCCAUGUACACGGGUGAAAUUGCCCAGAAGGACAUU .((.(((((((((((.....))))..((((((.((.....))))))))((((((((((..((((((((.......)).))))))..)).)))).)))).......))))))).))..... ( -44.30) >consensus CUCAUCUGGGCACAGAAUGUGGGCAUGAUGUAUGCCGCACGCUUCAUCCUGGGUAUCGCUGGCGGUGCCUUCUGUGUGACAGCGCCCAUGUACACGGGUGAAAUUGCCCAAAAGGAUAUU ....((((((((.....((((..((((..(..((...(((((........((((((((....))))))))...)))))..))..).))))..))))........))))))))........ (-27.60 = -27.02 + -0.58)
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