| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 12,748,395 – 12,748,515 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.927553 |
| Location | 12,748,395 – 12,748,515 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 78.22 |
| Mean single sequence MFE | -41.23 |
| Consensus MFE | -28.05 |
| Energy contribution | -28.00 |
| Covariance contribution | -0.05 |
| Combinations/Pair | 1.47 |
| Mean z-score | -1.91 |
| Structure conservation index | 0.68 |
| SVM decision value | 1.18 |
| SVM RNA-class probability | 0.927553 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 12748395 120 + 23771897 CGGCUGGUGCUGAAGCUGGUGACUUAGUGGGCAUCCACUGAUCCCGCGGAUCUAUAAGGUACCCUUCAUCGAAAGGAGUGACAUUUUGUGGAGCACUCACAGAGAUCUGCGGUUGUAGCA ((((....))))..((((..((.(((((((....)))))))))((((((((((....(.(((((((......)))).))).)...((((((.....))))))))))))))))...)))). ( -42.80) >DroSec_CAF1 5339 120 + 1 UGGCUGGUGCUGAAGCUGGUAACUUAGUGGUCAUCCACUGAUCCCGCGGAUCUAUAAGGAAUCCCUCAUCGAAGGGAGUGAUAUUUUGUGGAGCACUCACAGAGAUCUGCGGUUGUAGCA .(((....)))...((((.....(((((((....)))))))..((((((((((........(((((......)))))........((((((.....))))))))))))))))...)))). ( -42.60) >DroSim_CAF1 5533 120 + 1 UGGCUGGUGCUGAAGCUGGUGACUUAGUGGUCAUCCACUGAUCCCGCGGAUCUAUAAGGAAUCCCUCAUCGAAGGGAGUGAUAUUUUGUGGAGCACUCACAGAGAUCUGCGGUUGUAGCA .......(((((.((((((.((.(((((((....)))))))))))((((((((........(((((......)))))........((((((.....)))))))))))))))))).))))) ( -43.10) >DroEre_CAF1 5435 120 + 1 UUGCUGGUGCGGAAGCAGGUGAUUUAUUGGUCAUCCACUGAUCCCGUGGAUCUAUAAGGUAUCCUUCAUCGAAAGGAGUGAUAUUUUGUGGUGCACUCGCAGAGAUCUGUGGCUGUAGCA .(((((.(((....)))((.((((...(((....)))..))))))(((.(.((((((((((((((((.......)))).))))))))))))).)))((((((....))))))...))))) ( -41.90) >DroYak_CAF1 5597 120 + 1 CGGCUGGUGCGGAAGCUGGUGAUUUAGUGGUCAUCCACUGAUCCCGGGGAUCUAUAAGGUAUCCUUCAUCGAAAGGAGUGACAUUUUGUGGUGCACUCAUAGAGAUCUGCGGUUCUAGCA ..(((((((((((..((((.((((.(((((....)))))))))))))((((((....)).))))(((..(....)(((((.((((....)))))))))...))).))))))...))))). ( -42.90) >DroAna_CAF1 6391 108 + 1 UAAUUGGCGCCGAAGCUGGA---------GCCGGCAAAUGAUCUCGAGGAUCAAUCAGAUAAUUUCCAUCAUUAGGUGGUCUUCUUCGAGGAUCAAAUUGGGGAAUCGGUGGU---CUCA .......((((((.((((..---------..))))...((((((((((((((.....))......(((((....)))))...))))))).)))))..........))))))..---.... ( -34.10) >consensus UGGCUGGUGCUGAAGCUGGUGACUUAGUGGUCAUCCACUGAUCCCGCGGAUCUAUAAGGUAUCCUUCAUCGAAAGGAGUGAUAUUUUGUGGAGCACUCACAGAGAUCUGCGGUUGUAGCA ..((..((......))..))...(((((((....)))))))..(((((((((.........(((((......))))).......(((((((.....))))))))))))))))........ (-28.05 = -28.00 + -0.05)
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