Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,695,489 – 12,695,590 |
Length | 101 |
Max. P | 0.999219 |
Location | 12,695,489 – 12,695,590 |
---|---|
Length | 101 |
Sequences | 6 |
Columns | 101 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 95.05 |
Mean single sequence MFE | -22.07 |
Consensus MFE | -20.60 |
Energy contribution | -20.93 |
Covariance contribution | 0.33 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -2.30 |
Structure conservation index | 0.93 |
SVM decision value | 3.44 |
SVM RNA-class probability | 0.999219 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 12695489 101 - 23771897 AAUGUACUAAUUAGCUAGGAAAACGUAUUUUCCAGCAUAAACAUACAAUUUGCAAAAACAGCAACCGGCUGAAGGGCAUGGCUUGCAUAAUAAGCUACACA ..((((((.(((((((.((((((....)))))))))........................((((((((((....))).))).)))).)))).)).)))).. ( -22.50) >DroSec_CAF1 59236 100 - 1 AAUGUACUAAUUAGCUACGAAAACGUAUUUUCCAGCAUAAACAUACAAUUUGCAAAAACAGCAACCGGCUGA-GGGCAUGGCUUGCAUAAUAAGCUACACA .............((((((....))))....((.(((.............))).....((((.....)))).-)))).(((((((.....))))))).... ( -17.52) >DroSim_CAF1 57953 101 - 1 AAUGUACUAAUUAGCUAGGAAAACGUAUUUUCCAGCAUAAACAUACAAUUUGCAAAAACAGCAACCGGCUGAAGGGCAUGGCUUGCAUAAUAAGCUACACA ..((((((.(((((((.((((((....)))))))))........................((((((((((....))).))).)))).)))).)).)))).. ( -22.50) >DroEre_CAF1 61525 101 - 1 AAUGUACUAAUUAGCUAGGAAAACGUAUUUUCCAGCAUAAACAUACAAUUUGCAAAAACAGCAACCGGCUGAAGGGCAUGGCUUGCAUAAUAAGCUACAUA .(((((((.(((((((.((((((....)))))))))........................((((((((((....))).))).)))).)))).)).))))). ( -23.80) >DroYak_CAF1 61637 96 - 1 AAUGUACUAAUUAGCUAGGAAAACGUAUUUUCCAGCGCAAACAUACA-----CGAAAACAGCAACCGGCUGAAGGGCAUGGCUUGCAUAAUAAGCUACACA ..((((((.(((((((.((((((....)))))))))...........-----........((((((((((....))).))).)))).)))).)).)))).. ( -22.50) >DroAna_CAF1 59719 101 - 1 AAUGUACUAAUUAGCAAGGAAAACGUAUUUUCCAGCGUAAACAUACAAUUUACAAAAACAGCAACCGGCUGAAGGGCAUGGUUUGCAUAAUAAGCUACAUA .(((((((.((((((((((((((....)))))).(((((((.......))))).....((((.....))))....)).....)))).)))).)).))))). ( -23.60) >consensus AAUGUACUAAUUAGCUAGGAAAACGUAUUUUCCAGCAUAAACAUACAAUUUGCAAAAACAGCAACCGGCUGAAGGGCAUGGCUUGCAUAAUAAGCUACACA ..((((((.(((((((.((((((....)))))))))........................((((((((((....))).))).)))).)))).)).)))).. (-20.60 = -20.93 + 0.33)
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