Locus 4313

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>3L_DroMel_CAF1 12684945 94 + 23771897
AACUUAUGAAUGGAGUUA---ACAAAAGGCGGGGUAUAU--------UGCCAGAG--------UGACUGGAGUGAGCCGGGGGUUAAUAAACCCUACACAAGUUUUUUAUGGU
(((((.......))))).---..(((((((..(((.(((--------(.((((..--------...)))))))).))).((((((....))))))......)))))))..... ( -23.20)
>DroPse_CAF1 41490 83 + 1
AAAUUAUGAAUGGCACUAGUGGCAAAAGGUGGU--------------------AA--------CUUCUCUGGGGAGCCAGAGGUUAAUAAACCUUU--UAAGUUAUUAAUGCU
...........((((.((((((((((((((..(--------------------((--------(..((((((....))))))))))....))))))--)..))))))).)))) ( -28.60)
>DroSec_CAF1 48735 99 + 1
AACUUAUGAAUGGAGUUA---ACAAAAGGUGGGUUAUAUG-GUAUAUGGCCAGAG--------GGACUGGAGUGAGCCGGGGGUUAAUAAACCCUA--CGAGUUAUUUAUGGU
...((((((((((.((..---.................((-((.(((..((((..--------...)))).))).))))((((((....)))))))--)...)))))))))). ( -22.40)
>DroSim_CAF1 47524 86 + 1
AACUUAUGAAUGGAGUUA---ACAAAAGGCGGGUUAUAUG-GU---------------------GACUGGAGUGAGCCGGGGGUUAAUAAACCCUA--CAAGUUAUUUAUGGU
...((((((((((.....---........(((.((((..(-..---------------------..)....)))).)))((((((....)))))).--....)))))))))). ( -20.50)
>DroEre_CAF1 49348 80 + 1
AACUUAUGAAUGGAGGUA---ACAAAAGG--------------------CCAGAA--------UGACUGGAGUGAGCCGGGGGUUAAUAAACCCCA--CAGGUUAUUUAUGGU
...((((((((.......---.((.....--------------------((((..--------...))))..))((((.((((((....)))))).--..)))))))))))). ( -21.80)
>DroYak_CAF1 50508 108 + 1
AACUUAUGAAUGGAGUUA---ACAAAAGGCGGUAUACACAUACAUAUGGCCAGAGUGGAAACUUGACUGUAGUGAGCCGGGGGUUAAUAAACCCCA--CCAGUUAUUUAUGGU
..(((((...((.((((.---......(((.((((........)))).))).((((....)))))))).)))))))...((((((....))))))(--(((........)))) ( -29.30)
>consensus
AACUUAUGAAUGGAGUUA___ACAAAAGGCGGG_UAUAU__________CCAGAG________UGACUGGAGUGAGCCGGGGGUUAAUAAACCCUA__CAAGUUAUUUAUGGU
....(((((((((..............(((.............................................))).((((((....)))))).......))))))))).. (-12.23 = -12.06 +  -0.17) 

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Window 2

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>3L_DroMel_CAF1 12684945 94 - 23771897
ACCAUAAAAAACUUGUGUAGGGUUUAUUAACCCCCGGCUCACUCCAGUCA--------CUCUGGCA--------AUAUACCCCGCCUUUUGU---UAACUCCAUUCAUAAGUU
.........((((((((..(((((....)))))..(((.....((((...--------..))))..--------.........)))......---..........)))))))) ( -17.99)
>DroPse_CAF1 41490 83 - 1
AGCAUUAAUAACUUA--AAAGGUUUAUUAACCUCUGGCUCCCCAGAGAAG--------UU--------------------ACCACCUUUUGCCACUAGUGCCAUUCAUAAUUU
.((((((......((--((((((....((((((((((....))))))..)--------))--------------------)..))))))))....))))))............ ( -20.50)
>DroSec_CAF1 48735 99 - 1
ACCAUAAAUAACUCG--UAGGGUUUAUUAACCCCCGGCUCACUCCAGUCC--------CUCUGGCCAUAUAC-CAUAUAACCCACCUUUUGU---UAACUCCAUUCAUAAGUU
........((((...--..(((((....)))))..((......((((...--------..)))).......)-)................))---))................ ( -12.92)
>DroSim_CAF1 47524 86 - 1
ACCAUAAAUAACUUG--UAGGGUUUAUUAACCCCCGGCUCACUCCAGUC---------------------AC-CAUAUAACCCGCCUUUUGU---UAACUCCAUUCAUAAGUU
.........((((((--(.(((((....)))))..((((......))))---------------------..-...................---...........))))))) ( -12.80)
>DroEre_CAF1 49348 80 - 1
ACCAUAAAUAACCUG--UGGGGUUUAUUAACCCCCGGCUCACUCCAGUCA--------UUCUGG--------------------CCUUUUGU---UACCUCCAUUCAUAAGUU
........(((((((--.((((((....)))))))))......((((...--------..))))--------------------......))---))................ ( -16.70)
>DroYak_CAF1 50508 108 - 1
ACCAUAAAUAACUGG--UGGGGUUUAUUAACCCCCGGCUCACUACAGUCAAGUUUCCACUCUGGCCAUAUGUAUGUGUAUACCGCCUUUUGU---UAACUCCAUUCAUAAGUU
......(((((..((--(((((((....)))))).((..((((((((((((((....))).))))....)))).)))....)))))..))))---)................. ( -23.60)
>consensus
ACCAUAAAUAACUUG__UAGGGUUUAUUAACCCCCGGCUCACUCCAGUCA________CUCUGG__________AUAUA_CCCGCCUUUUGU___UAACUCCAUUCAUAAGUU
...................(((((....)))))..((((......))))................................................................ ( -6.86 =  -6.92 +   0.06) 

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