Locus 4312

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 12,682,671 – 12,682,770
Length 99
Max. P 0.815858
window6670

overview

Window 0

Location 12,682,671 – 12,682,770
Length 99
Sequences 6
Columns 99
Reading direction forward
Mean pairwise identity 80.01
Mean single sequence MFE -42.65
Consensus MFE -28.18
Energy contribution -28.02
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.24
Mean z-score -1.83
Structure conservation index 0.66
SVM decision value 0.66
SVM RNA-class probability 0.815858
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12682671 99 + 23771897
AUCGAGUGGAGGACAGCAGGUGGCACCGCCGCCAGUUGCCUCGCCCUCCGCCUCCAGUUCGUCCUCGUCGAUGGGCUGCGAUGUGGUGCACAUACCCAC
.....(((((((.((((.((((((...)))))).))))))))((...((((.(((((((((((......))))))))).)).)))).)).......))) ( -43.70)
>DroVir_CAF1 56138 96 + 1
UGCGGGAC---CAGCACAGGUGGCACCGCCGCCGGGUGCAUCGCCGUCAGCGUCCAGCUCGUCGUCGUCGAUGGGCUGUGAUGUGGUGCAUAUACCCAC
...(((..---..((((.((((((...))))))..))))..((((....(((((((((((((((....)))))))))).)))))))))......))).. ( -48.50)
>DroPse_CAF1 38934 99 + 1
CGCUGGUGGACCCCAGCAGCUGGCACCACCGCCUGUGGCAUCGCCGUCGGCCUCCAGCUCGUCCUCAUCGAUGGGCUGUGAUGUUGUUCAUAUUCCAAC
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>DroGri_CAF1 29353 96 + 1
UGCGGGUG---CCGUGCAGGUGGCACCACCACCCGGUGCAUCGCCAUCUGCCUCCAGUUCAUCGUCGUCGAUGGGCUGUGAUGUGGUGCACAUACCCAA
...(((((---..((((((((((((((.......)))))..))))..(..(.((((((((((((....)))))))))).)).)..)))))).))))).. ( -46.40)
>DroMoj_CAF1 56242 96 + 1
UGUGGGCG---CAGCGCAGGUGGCACCGCCGCCAGGUGCGUCGCCCUCCGCCUCCAGCUCGUCCUCGUCUAUGGGCUGCGAUGUGGUGCACAUACCCAC
((((((((---..((((.((((((...))))))..))))..))))).((((.((((((((((........)))))))).)).)))).)))......... ( -43.80)
>DroPer_CAF1 42554 99 + 1
CGCUGGUGGACCCCAGCAGCUGGCACCACCGCCUGUGGCAUCGCCGUCGGCCUCCAGCUCGUCCUCAUCGAUGGGCUGUGAUGUUGUCCAUAUUCCAAC
.((((.(((...))).))))(((((.((..(((..((((...))))..))).(((((((((((......))))))))).)))).)).)))......... ( -37.30)
>consensus
UGCGGGUG___CACAGCAGGUGGCACCACCGCCAGGUGCAUCGCCGUCCGCCUCCAGCUCGUCCUCGUCGAUGGGCUGUGAUGUGGUGCACAUACCCAC
...(((............(((((.....))))).........((...((((.(((((((((((......))))))))).)).)))).)).....))).. (-28.18 = -28.02 +  -0.16)

alignment

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secondary structure

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