Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,621,258 – 12,621,361 |
Length | 103 |
Max. P | 0.992384 |
Location | 12,621,258 – 12,621,361 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 6 |
Columns | 103 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 91.67 |
Mean single sequence MFE | -41.12 |
Consensus MFE | -37.30 |
Energy contribution | -38.63 |
Covariance contribution | 1.33 |
Combinations/Pair | 1.00 |
Mean z-score | -2.20 |
Structure conservation index | 0.91 |
SVM decision value | 2.32 |
SVM RNA-class probability | 0.992384 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 12621258 103 + 23771897 CGAGAGUCGGAGGGGUCAGUUGGCCAGUCGAAUGUAUAACUCAAUUAUAGGCGGCUGUGUGCUCACCUCGCAGCGGGGUGUCGGCGCAUUAGCCACUCCUCCA ........((((((((.....(((((((((..((((.........))))..))))))(((((((((((((...)))))))..))))))...))))))))))). ( -44.30) >DroSec_CAF1 109122 103 + 1 CGAGAGUCGGAGGGGUCAGUUGGCCAGUCGAAUGUAUAACUCAAUUAUAGGCGGCUGUGUGCUCACCUCGCAGCGGGGUGUCGGCGCAUUAGCCACUCCUCCA ........((((((((.....(((((((((..((((.........))))..))))))(((((((((((((...)))))))..))))))...))))))))))). ( -44.30) >DroSim_CAF1 112469 103 + 1 CGAGAGUCGGAGGGGUCAGUUGGCCAGUCGAAUGUAUAACUCAAUUAUAGGCGGCUGUGUGCUCACCUCGCAGCGGGGUGUCGGCGCAUUAGCCACUCCUCCA ........((((((((.....(((((((((..((((.........))))..))))))(((((((((((((...)))))))..))))))...))))))))))). ( -44.30) >DroEre_CAF1 112175 95 + 1 --------GGAGGGGUCAGUUGGCCAGUCGAAUGUAUAACUCAAUUAUAGGCGGCUGUGUGCUCACCUCGCAGCGGGGUGUCGGCGCAUUAGCCACUCCUCCA --------((((((((.....(((((((((..((((.........))))..))))))(((((((((((((...)))))))..))))))...))))))))))). ( -44.00) >DroYak_CAF1 114305 103 + 1 CGGGAUUUGGAGGGGUCAGUUGGCCAGUCGAAUGUAUAACUCAAUUAUAGGCGGCUGUGUGCUCACCUCGCAGCGGGGUGUCGGCGCAUUAGCCACUCCUCCA .......(((((((((.....(((((((((..((((.........))))..))))))(((((((((((((...)))))))..))))))...)))))))))))) ( -44.10) >DroAna_CAF1 105601 93 + 1 ----------CGGGACCAGUUGACCAGUCGAAUGUAUAACUCAAUUAAAGGCGGCUGUGUGCUCACCUAACAGCGGGGUGUCGUCGCAUUAGCCACUCCUCCC ----------.((((..(((......(((.(((..........)))...)))((((((((((.(((((.......)))))..).)))).))))))))..)))) ( -25.70) >consensus CGAGAGUCGGAGGGGUCAGUUGGCCAGUCGAAUGUAUAACUCAAUUAUAGGCGGCUGUGUGCUCACCUCGCAGCGGGGUGUCGGCGCAUUAGCCACUCCUCCA ........(((((((.....((((((((((..((((.........))))..))))))((((((((((((.....))))))..))))))...))))))))))). (-37.30 = -38.63 + 1.33)
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