Locus 4270

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 12,509,120 – 12,509,234
Length 114
Max. P 0.627016
window6599

overview

Window 9

Location 12,509,120 – 12,509,234
Length 114
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 77.18
Mean single sequence MFE -32.43
Consensus MFE -17.46
Energy contribution -17.30
Covariance contribution -0.16
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.75
Structure conservation index 0.54
SVM decision value 0.19
SVM RNA-class probability 0.627016
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12509120 114 + 23771897
GUGGAUCUCACGUACUCGAUUGGUGGUCAGAUCAGCUUCGAUGUCUUCCCGCAUGGUUGGGACAAGACCUACUGCCUGCGACACAUCGAAGCGCACUACA------AGUUCAAGGAAAUC
((((((((.((.((((.....)))))).))))).((((((((((.....((((.(((((((......))))..)))))))..)))))))))).)))....------.............. ( -37.40)
>DroVir_CAF1 4397 114 + 1
AUCGAUCUUACCUAUAGUAUUGGUGGUCAGAUAAGCUUCGAUGUGUUCCCGCACGGCUGGGACAAAACCUUCUGUCUGCGUCAUAUCGAAGCCCACCAUA------AAUUCAAAGAGAUC
...((((((...........((((((........(((((((((((....((((.(((.(((......)))...))))))).)))))))))))))))))..------........)))))) ( -39.30)
>DroGri_CAF1 4289 114 + 1
AUCGAUCUCACUUAUAGUAUUGGUGGACAAAUUAGCUUUGAUGUCUUCCCGCACGGUUGGGACAAAACCUUCUGUCUGCGUUACAUCGAAGCCCAUUACA------AGUAUAAAGAGAUU
...((((((..(((((.(..((((((........((((((((((.....(((((((..((.......))..))))..)))..))))))))))))))))..------).))))).)))))) ( -31.50)
>DroWil_CAF1 8175 120 + 1
AUUGAUCUCACAUACAGUAUUGGUGGCCAGAUUAGUUUUGAUGUUUUCCCACAUGGCUGGGACAAAACAUAUUGCCUUAGACACAUUGAGGCUAACUAUAAGAAUAAGUACAAGGAAAUU
((((((((..(((.........)))...))))))))(((((((((((((((......)))))..))))))...(((((((.....)))))))..................))))...... ( -23.40)
>DroMoj_CAF1 4485 114 + 1
AUCGAUCUUACUUACAGCAUUGGCGGCCAGAUAAGCUUCGAUGUGUUCCCUCAUGGUUGGGAUAAGACCUUCUGUCUGCGCCACAUCGAGGCGUAUCACA------AUUUCAAAGAAAUU
.....((((.......((....)).....((((.(((((((((((.((((........))))..((((.....))))....))))))))))).))))...------......)))).... ( -33.80)
>DroAna_CAF1 4484 114 + 1
GUGGAUCUUACCUACUCCAUCGGAGGUCAGAUCAGUUUCGAUGUCUUCCCCCAUGGCUGGGACAAAACCUACAGCCUGCGUCACAUUGAAGCCAAUUUCA------AGUUCAAGGAAAUC
...(((((.((((.((.....)))))).))))).((((((((((.......((.(((((((......))..)))))))....))))))))))...((((.------.......))))... ( -29.20)
>consensus
AUCGAUCUCACCUACAGUAUUGGUGGUCAGAUAAGCUUCGAUGUCUUCCCGCAUGGCUGGGACAAAACCUACUGCCUGCGUCACAUCGAAGCCCACUACA______AGUUCAAAGAAAUC
...(((((((((.........))))...))))).((((((((((..((((........))))...........(....)...))))))))))............................ (-17.46 = -17.30 +  -0.16)

alignment

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secondary structure

Postscript

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