Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,236,521 – 1,236,613 |
Length | 92 |
Max. P | 0.581838 |
Location | 1,236,521 – 1,236,613 |
---|---|
Length | 92 |
Sequences | 6 |
Columns | 95 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 84.59 |
Mean single sequence MFE | -41.83 |
Consensus MFE | -32.81 |
Energy contribution | -34.58 |
Covariance contribution | 1.78 |
Combinations/Pair | 1.10 |
Mean z-score | -1.75 |
Structure conservation index | 0.78 |
SVM decision value | 0.10 |
SVM RNA-class probability | 0.581838 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 1236521 92 - 23771897 CUUGCAGCCCUUCUU---AUCCAUGGGCCCGCCGGUGGCAGUUCCGCCGCCACAGCAGGGACUGCAGGGAUCGCACGGAUCGCAGGGGUCGCAGG (((((.((((((.(.---((((.(((((((...((((((......))))))...((((...)))).))).)).)).)))).).)))))).))))) ( -42.70) >DroSec_CAF1 15412 92 - 1 CUUGCAGCCCUUCUU---AUCCAUGGGUCCGCCGGUGGCAGUCCCGCCGCCACAGCAGGGACUGCAGGGAUCGCACGGAUCGCAGGGGUCGCAGG (((((.((((((.(.---((((.(((((((...((((((......))))))...((((...))))..))))).)).)))).).)))))).))))) ( -44.30) >DroSim_CAF1 15376 92 - 1 CUUGCAGCCCUUCUU---AUCCAUGGGUCCGCCGGUUGCAGUUCCGCCGCCACAGCAGGGACUGCAAGGAUCGCACGGAUCGCAGGGGUCGCAGG (((((.((((((.(.---((((.(((((((.....((((((((((...((....)).))))))))))))))).)).)))).).)))))).))))) ( -43.00) >DroEre_CAF1 15626 92 - 1 CUUGCAGCCCUUCUU---GUCCAUGGGUCCCCCGGUGGCAGUUCCGCCACCACAGCAGGGACUGCAGGGAUCGCACGGAUCGCAGGGGUCACAGG ((((..((((((.(.---((((.((((((((..((((((......))))))...((((...)))).)))))).)).)))).).))))))..)))) ( -43.90) >DroYak_CAF1 15651 92 - 1 CUUGCAGCCCUUCUU---GUCCAUGGGUCCCCCGGUGGCAGUUCCGCCACCACAGCAUGGACUGCAAGGAUCGCACUGAUCGCAGGGGUCGCAGG (((((.(((((....---(((((((((....))((((((......))))))....)))))))(((...((((.....)))))))))))).))))) ( -41.80) >DroAna_CAF1 13224 83 - 1 CUUGCAGCACUUGGUUGGGUUCAUGGGUCCACCGGUGGCGGUGCCGCCACCUUGGCCGCAA---CAGGGAUCA---------CAAGGAUCGCAGG (((((....((((.(((((((...((.....))(((((((....)))))))..)))).)))---))))((((.---------....))))))))) ( -35.30) >consensus CUUGCAGCCCUUCUU___AUCCAUGGGUCCGCCGGUGGCAGUUCCGCCACCACAGCAGGGACUGCAGGGAUCGCACGGAUCGCAGGGGUCGCAGG (((((.((((((......((((.(((((((...((((((......))))))...(((.....)))..))))).)).))))...)))))).))))) (-32.81 = -34.58 + 1.78)
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