Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,374,027 – 12,374,144 |
Length | 117 |
Max. P | 0.587002 |
Location | 12,374,027 – 12,374,144 |
---|---|
Length | 117 |
Sequences | 6 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 74.00 |
Mean single sequence MFE | -36.96 |
Consensus MFE | -17.34 |
Energy contribution | -17.78 |
Covariance contribution | 0.45 |
Combinations/Pair | 1.42 |
Mean z-score | -1.76 |
Structure conservation index | 0.47 |
SVM decision value | 0.11 |
SVM RNA-class probability | 0.587002 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 12374027 117 - 23771897 --UU-AAGCACCGCUUGUCAUUUUGUUGGCAAGAAGCUGGUCCUCACAGCCACCAGGCCGCAUCGUGCCAAUGAAUUGGUGGCCGUGAACUACGGACCCAUUUUCAUCAAAAACAACUUG --..-.(((....(((((((......)))))))..)))(((((((((.((((((((((((...)).))).......))))))).)))).....)))))...................... ( -39.01) >DroPse_CAF1 480 119 - 1 CCCU-CAGCGUCGCCAGCUAUUUUGUGGGCAAGAAGCUGGUGCUGGCGGCCACCAAGCCGCAUCGUCCGAACGAAGUGGUCGCCGUCAACUAUGGCCCCAUCUUCACGUACACCAAUCUC ....-((((...(((((((.(((((....))))))))))))))))(((((......)))))...((.((...(((((((..(((((.....))))).))).)))).)).))......... ( -43.20) >DroWil_CAF1 522 117 - 1 --UU-CAGCGUAGCCAGUUAUUUUGUAGGCAAAAAGCUGGUUCUAAGGACUACAAAGCCACAUCGUCCCAAUGAAGUGGUCGCUGUCAAUUAUGGACCCAUAUUCACCACCAUGCAUCUC --..-(((((.((((((((.(((((....)))))))))))))..............(((((.((((....)))).)))))))))).....((((....)))).................. ( -29.60) >DroMoj_CAF1 475 113 - 1 -------GCGUUGCGGGCUAUUUCGUGGGCAAAAAAUUGGUCAUGUCCGCCACCAAGCCACAUCGGCCUAACGAAAUAGUUGCCGUAAAUUAUGGACCCAUAUUCACCAAGAUGAAUUUG -------...((((((((((((((((((((......(((((..........))))).........)))).))))))))))..))))))..((((....))))((((......)))).... ( -30.86) >DroAna_CAF1 477 118 - 1 A-UU-CAGUGUCGCUGGCCAUUUUGUGGGCAAAAAGCUGGUGUUAACUGCCACCAAACCUCAUCGUCCGAACGAGGUGGUGGCUGUUAAUUAUGGACCGUUAUUUAUAAAAAUGAAUCUU (-((-((....(((..((..(((((....))))).))..)))(((((.((((((..(((((.((....))..))))))))))).)))))(((((((......)))))))...)))))... ( -35.80) >DroPer_CAF1 480 120 - 1 CCCUGCAGCGUCGCCAGCUAUUUUGUGGGCAAGAAGCUGGUGCUGGCGGCCACCAAGCCGCAUCGUCCGAACGAAGUGGUCGCCGUCAACUAUGGCCCCAUCUUCACGUACACCAAUCUC .....((((...(((((((.(((((....))))))))))))))))(((((......)))))...((.((...(((((((..(((((.....))))).))).)))).)).))......... ( -43.30) >consensus __UU_CAGCGUCGCCAGCUAUUUUGUGGGCAAAAAGCUGGUGCUGACGGCCACCAAGCCGCAUCGUCCGAACGAAGUGGUCGCCGUCAACUAUGGACCCAUAUUCACCAACAUCAAUCUC .......((..((((((((.(((((....)))))))))))))..............(((((.((((....)))).))))).))..................................... (-17.34 = -17.78 + 0.45)
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