Locus 4215

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	12,341,527 – 12,341,677
Length	150
Max. P	0.806509

overview

Window 1

Location	12,341,527 – 12,341,637
Length	110
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	86.76
Mean single sequence MFE	-26.07
Consensus MFE	-22.56
Energy contribution	-22.62
Covariance contribution	0.06
Combinations/Pair	1.22
Mean z-score	-1.85
Structure conservation index	0.87
SVM decision value	0.63
SVM RNA-class probability	0.806509
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12341527 110 - 23771897
CUUCGUUUAUUGUUUGGUUCAUGGCCUG---GCCAUUAAACUAUAAUGAGUGUUUUCAUUAAAGCCAAAUAUGAAGACUACUUCCAUUAUUAAUGAUGGCUC----UC-CUAGUGGAU--
((((((.....((((((((.(((((...---))))).......(((((((....))))))).)))))))))))))).(((((.((((((....))))))...----..-..)))))..-- ( -27.10)
>DroSec_CAF1 26747 110 - 1
CUUCGUUUAUUGUUUGGUUCAUGGCCUG---GCCAUUAAACUAUAAUGAGUGUUUUCAUUAAAGCCAAAUAUGAAGACCAUUUCCAUUAUUAAUGAUGGCUC----UC-CUAGUGGAC--
((((((.....((((((((.(((((...---))))).......(((((((....))))))).)))))))))))))).(((((.((((((....))))))...----..-..)))))..-- ( -27.10)
>DroSim_CAF1 27396 110 - 1
CUUCGUUUAUUGUUUGGUUCAUGGCCUG---GCCAUUAAACUAUAAUGAGUGUUUUCAUUAAAGCCAAAUAUGAAGACCAUUUCCAUUAUUAAUGAUGGCUC----UC-CUAGUGGAC--
((((((.....((((((((.(((((...---))))).......(((((((....))))))).)))))))))))))).(((((.((((((....))))))...----..-..)))))..-- ( -27.10)
>DroEre_CAF1 26582 110 - 1
AUUCAUUUAUUGUUUGGUUCAGGGCCUU---GCCAUUAAACUAUAAUGAGUGUUUUCAUUAAAGCCAAAUAUGAAGACCAUUCCCAUUAUUAAUGAUGGCUA----CC-CUAGUGGAC--
................((((((((....---(((((((....(((((((((((((((((...........))))))).)))))..)))))...)))))))..----))-)...)))))-- ( -25.10)
>DroYak_CAF1 26760 111 - 1
CUUCAUUUAUUGUUUGGCUCAUGGCCGU---GCCAUUAAACUAUAAUGAGUGUUUUCAUUAAAGCCAAAUAUGAAGACCAUUUCCAUUAUUAAUGAUGGCUC----CUUCAAGUGGAC--
((((((.....((((((((.(((((...---))))).......(((((((....))))))).)))))))))))))).((((((((((((....))))))...----....))))))..-- ( -31.01)
>DroAna_CAF1 25389 119 - 1
CUUUAUUUAUUGUUCGCCUCUUGGCCCGGUCGCUACUAAACUAUAAUGAGUCCUUUCUAUAAAGCCGAAUAUGACGACCAUUUCCAUUAUUAAUGAUUGCCCGCCUUC-CUGGUGACUAG
.............(((((....(((.((((((.((.(((.....((((.(((..(((.........)))...)))...))))....))).)).))))))...)))...-..))))).... ( -19.00)
>consensus
CUUCAUUUAUUGUUUGGUUCAUGGCCUG___GCCAUUAAACUAUAAUGAGUGUUUUCAUUAAAGCCAAAUAUGAAGACCAUUUCCAUUAUUAAUGAUGGCUC____UC_CUAGUGGAC__
((((((.....((((((((.(((((......))))).......(((((((....))))))).)))))))))))))).(((((.((((((....))))))............))))).... (-22.56 = -22.62 +   0.06)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	12,341,560 – 12,341,677
Length	117
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	81.09
Mean single sequence MFE	-25.65
Consensus MFE	-19.24
Energy contribution	-19.47
Covariance contribution	0.22
Combinations/Pair	1.15
Mean z-score	-1.38
Structure conservation index	0.75
SVM decision value	0.25
SVM RNA-class probability	0.653609
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12341560 117 - 23771897
UCAAGUUGUUUCAUACGAGGAUACGCGUAAUAACGCAUAGCUUCGUUUAUUGUUUGGUUCAUGGCCUG---GCCAUUAAACUAUAAUGAGUGUUUUCAUUAAAGCCAAAUAUGAAGACUA
...((((..(((((((((((.((.((((....)))).)).)))))).....((((((((.(((((...---))))).......(((((((....))))))).))))))))))))))))). ( -32.10)
>DroSec_CAF1 26780 116 - 1
CCAAGUUGU-UCAUACGAGGAUACGCGUAAUAACACAUAGCUUCGUUUAUUGUUUGGUUCAUGGCCUG---GCCAUUAAACUAUAAUGAGUGUUUUCAUUAAAGCCAAAUAUGAAGACCA
....(((((-...((((.(....).)))))))))......((((((.....((((((((.(((((...---))))).......(((((((....))))))).)))))))))))))).... ( -26.10)
>DroSim_CAF1 27429 116 - 1
CCAAGUUGU-UCAUACGAGGAUACGCGUAAUAACACAUAGCUUCGUUUAUUGUUUGGUUCAUGGCCUG---GCCAUUAAACUAUAAUGAGUGUUUUCAUUAAAGCCAAAUAUGAAGACCA
....(((((-...((((.(....).)))))))))......((((((.....((((((((.(((((...---))))).......(((((((....))))))).)))))))))))))).... ( -26.10)
>DroEre_CAF1 26615 101 - 1
CCAUGUUGU-UCAUAUGAGGAUACG---------------AUUCAUUUAUUGUUUGGUUCAGGGCCUU---GCCAUUAAACUAUAAUGAGUGUUUUCAUUAAAGCCAAAUAUGAAGACCA
.((((((((-(...((((((((((.---------------..(((((....(((((((....(((...---))))))))))...)))))))))))))))...)))..))))))....... ( -22.20)
>DroYak_CAF1 26794 101 - 1
CCAAGUGGU-UCAUAUGAGGGAACG---------------CUUCAUUUAUUGUUUGGCUCAUGGCCGU---GCCAUUAAACUAUAAUGAGUGUUUUCAUUAAAGCCAAAUAUGAAGACCA
.....((((-(....(((((.....---------------)))))(((((.((((((((.(((((...---))))).......(((((((....))))))).)))))))))))))))))) ( -27.40)
>DroAna_CAF1 25428 116 - 1
ACAAGUU-U-UCAUAUGUGC--UCGCGUAAUAACAUGGAACUUUAUUUAUUGUUCGCCUCUUGGCCCGGUCGCUACUAAACUAUAAUGAGUCCUUUCUAUAAAGCCGAAUAUGACGACCA
....(((-.-((((((..((--(...((....))((((((....(((((((((..(((....)))..(((....))).....)))))))))...))))))..)))...)))))).))).. ( -20.00)
>consensus
CCAAGUUGU_UCAUACGAGGAUACGCGUAAUAACACAUAGCUUCAUUUAUUGUUUGGUUCAUGGCCUG___GCCAUUAAACUAUAAUGAGUGUUUUCAUUAAAGCCAAAUAUGAAGACCA
....(((...((((((((((....................)))))).....((((((((.(((((......))))).......(((((((....))))))).)))))))))))).))).. (-19.24 = -19.47 +   0.22)

alignment

secondary structure

dotplot

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