| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 12,253,498 – 12,253,612 |
| Length | 114 |
| Max. P | 0.816615 |
| Location | 12,253,498 – 12,253,612 |
|---|---|
| Length | 114 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 117 |
| Reading direction | reverse |
| Mean pairwise identity | 77.80 |
| Mean single sequence MFE | -49.03 |
| Consensus MFE | -27.95 |
| Energy contribution | -29.40 |
| Covariance contribution | 1.45 |
| Combinations/Pair | 1.19 |
| Mean z-score | -1.90 |
| Structure conservation index | 0.57 |
| SVM decision value | 0.67 |
| SVM RNA-class probability | 0.816615 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 12253498 114 - 23771897 GUCUUUGGAGUGUCAUGUUCUCGUGCGACAUAAACCUCACGCCUGGCUGCUCCUCUAUGU---GUUCUAUUCCAUCUGGCUGAGUGGCUAUAUUCGGCGAGGACAUGUGCUGUGGUG ....(((.((((.((((((((((((.(........).)))(((((((..(((..(((.((---(........))).)))..)))..)))).....)))))))))))))))).))).. ( -37.00) >DroVir_CAF1 6517 117 - 1 GGCGAUUCAAUGACAUGUUCUCAUGCGACAUGAACCGCACACCAGGCGCCUCCUGUAUAACCGCAUCAAGCGAGUCCGGCUGCGUGGCAAUGUUGGGCGACGACAUGUGCUGUGGUG .(((.((((.((.((((....))))))...)))).))).(((((((((((.((.((...(((((.....))).))...)).).).))).((((((.....))))))..))).))))) ( -36.60) >DroPse_CAF1 7898 117 - 1 GUCUCUGCAGCGUCAUGUUUUCGUGCGACAUGAAGCGGACGCCAGGCUGUUCCUGCAUAGCCGCCUCAAACCCAUCCGGCUGGCUGGCUAUGUUGGGCGAGGACAUGUGCUGCGGCG ....((((((((.(((((((((((.((((((..(((.(..((((((((((......))))))(((............)))))))).))))))))).))))))))))))))))))).. ( -56.10) >DroMoj_CAF1 6773 117 - 1 GGCGCCGCAGCGUCAUGUUCUCGUGCGACAUGAAACGCAUACCAGGCAUCUCCUGGAUGCCCACAUCGAGCGUAUCCGGCUGUGUGGCAAUGUUCGGCGAGGACAUGUGCUGCGGCG ..((((((((((.(((((((((((.((((((.....((((.(((((.....)))))))))((((((..(((.......)))))))))..))).)))))))))))))))))))))))) ( -63.70) >DroAna_CAF1 6332 114 - 1 GGCGCUGCAGGGUCAUGUUUUCGUGGGACAUGUAGCGUACUCCGAGCUGUUCCUGCAUCG---GAUCCAUUCCAUCCGGCUGGGUGGCAAUGUUGGGCGACGACAUGUGCUGGGGCG ..((((.(((.(.((((((.((((..(((((...((....(((((((.......)).)))---)).......(((((....))))))).)))))..)))).))))))).))).)))) ( -44.70) >DroPer_CAF1 8126 117 - 1 GUCUCUGCAGCGUCAUGUUUUCGUGCGACAUGAAGCGGACGCCAGGCUGUUCCUGCAUAGCCGCCUCAAACCCAUCCGGCUGGCUGGCUAUGUUGGGCGAGGACAUGUGCUGCGGCG ....((((((((.(((((((((((.((((((..(((.(..((((((((((......))))))(((............)))))))).))))))))).))))))))))))))))))).. ( -56.10) >consensus GGCGCUGCAGCGUCAUGUUCUCGUGCGACAUGAAGCGCACGCCAGGCUGCUCCUGCAUAGCCGCAUCAAACCCAUCCGGCUGGGUGGCAAUGUUGGGCGAGGACAUGUGCUGCGGCG ....((((((((.(((((((((((..(((((...........((((.....)))).......................(((....))).)))))..))))))))))))))))))).. (-27.95 = -29.40 + 1.45)
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