Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,247,540 – 12,247,634 |
Length | 94 |
Max. P | 0.872832 |
Location | 12,247,540 – 12,247,634 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 6 |
Columns | 99 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 79.85 |
Mean single sequence MFE | -29.22 |
Consensus MFE | -15.64 |
Energy contribution | -17.45 |
Covariance contribution | 1.81 |
Combinations/Pair | 1.22 |
Mean z-score | -2.50 |
Structure conservation index | 0.54 |
SVM decision value | 0.88 |
SVM RNA-class probability | 0.872832 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 12247540 94 + 23771897 CGAUGUCGUACUCGAUGAUGCGCUCAUCUGCGGAAGAUGUGCCAUGGAUUAGUG-AUGCCUUA-UUAGUGACCGUAUUAAGUGCGAUAUUGA---UUAU ((((((((((((..((((((.((.(((((.....))))).)))))((.(((.((-(((...))-))).))))).)))..)))))))))))).---.... ( -33.20) >DroSec_CAF1 1135 94 + 1 CGAUGUCGUACUCGAUGAUGCGCUCAUCUGUGGAAGAUUUGCCAUGGAUUAGUG-AUGCCUUA-UUAGUGGACGCAUUAAGAGCGAUAUUGA---UUGU ((((((((..(((..(((((((..(((((((((........)))))))((((((-(....)))-))))))..))))))).))))))))))).---.... ( -31.00) >DroSim_CAF1 1132 94 + 1 CGAUGUCGUACUCGAUGAUGCGCUCAUCUGCGGAAGAUGUGCCAUGGAUUAGUG-AUGCCUUA-UAUGUGACCGUAUUAAGUGCGAUAUUGA---UUAU ((((((((((((..((((((.((.(((((.....))))).)))))((.((((((-(....)))-)...))))).)))..)))))))))))).---.... ( -28.80) >DroEre_CAF1 1174 87 + 1 CGAUGUCGUACUCGAUGAUGCGCUCAUCUGCGGAAGA-GUGCCAUGGAUUAGUG-AUGCCUC----AGUGGUCGUAUUAAAUGCGAUAU------UGAU ((((((((((.((.(((..((((((.((....)).))-))))))).))((((((-..(((..----...)))..)))))).))))))))------)).. ( -30.40) >DroYak_CAF1 1205 93 + 1 CGAUGUCGUAUUCGAUGAUGCGCUCAUCUGCGGAAGA-GUGGCAUGGAUUAGUG-AUGCCUC----AGUGGCCGUAUUGAAUGCGAUAUUGUUAUUGAU (((((((((((((((((((((((((.((....)).))-)).))))((.(((.((-(....))----).))))).)))))))))))))))))........ ( -34.30) >DroPer_CAF1 768 89 + 1 CGAUAUCGUACUCAAUGAUGCGCUCAUCUGCGAAAGAUUAACCAU-UAUUAGAAUGUGCUUCAACAUGUGUACAUAUCU-AUGCGA-----A---UAGG .(((((.((((.((.(((.((((...(((((....).........-...))))..)))).)))...)).))))))))).-......-----.---.... ( -17.60) >consensus CGAUGUCGUACUCGAUGAUGCGCUCAUCUGCGGAAGAUGUGCCAUGGAUUAGUG_AUGCCUCA_U_AGUGGCCGUAUUAAAUGCGAUAUUGA___UUAU ((((((((((((...(((((((.((((...(....)......(((......))).............)))).)))))))))))))))))))........ (-15.64 = -17.45 + 1.81)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:16:24 2006