Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,202,602 – 12,202,692 |
Length | 90 |
Max. P | 0.630351 |
Location | 12,202,602 – 12,202,692 |
---|---|
Length | 90 |
Sequences | 6 |
Columns | 95 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 96.73 |
Mean single sequence MFE | -32.05 |
Consensus MFE | -28.00 |
Energy contribution | -28.03 |
Covariance contribution | 0.03 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -1.39 |
Structure conservation index | 0.87 |
SVM decision value | 0.20 |
SVM RNA-class probability | 0.630351 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 12202602 90 + 23771897 GGCGUGGCGGC-----GUGUGACGUAAACAGACAAAAAGGGCAACUCUUUGAAGGGAGCUCCAUUUGUUAUGAUGCCACUGUUGCUGGCGCGGCU (.((((.((((-----(.(((.(((.....((((((..((((..((((....)))).))))..))))))...))).)))...))))).)))).). ( -31.50) >DroSec_CAF1 16950 90 + 1 GGCGUGGCGGC-----GUGUGACGUAAACAGACAAAAAGGGCAACUCUUUGAAGGGAGCUCCAUUUGUUAUGAUGCCACUGUUGCUGGCGCGGCU (.((((.((((-----(.(((.(((.....((((((..((((..((((....)))).))))..))))))...))).)))...))))).)))).). ( -31.50) >DroSim_CAF1 17336 90 + 1 GGCGUGGCGGC-----GUGUGACGUAAACAGACAAAAAGGGCAACUCUUUGAAGGGAGCUCCAUUUGUUAUGAUGCCACUGUUGCUGGCGCGGCU (.((((.((((-----(.(((.(((.....((((((..((((..((((....)))).))))..))))))...))).)))...))))).)))).). ( -31.50) >DroEre_CAF1 17480 90 + 1 GGCGUGGCGGC-----GUGUGACGUAAACAGACAAAAAGGGCAACUCUUUGAAGGGAGCUCCAUUUGUUAUGAUGCCACUGUUGCUGGCGCGGCU (.((((.((((-----(.(((.(((.....((((((..((((..((((....)))).))))..))))))...))).)))...))))).)))).). ( -31.50) >DroYak_CAF1 17335 90 + 1 GGCGUGGCGGC-----GUGUGACGUAAACAGACAAAAAGGGCAACUCUUUGAAGGGAGCUCCAUUUGUUAUGAUGCCACUGUUGCUGGCGCGGCU (.((((.((((-----(.(((.(((.....((((((..((((..((((....)))).))))..))))))...))).)))...))))).)))).). ( -31.50) >DroAna_CAF1 14495 95 + 1 GGCGUGGCAGCGAGGGGUGUGACGUGAGCAGACAAAAAGGGCAACUCUUUGAAGCGAGCUCCAUUUGUUAUGAUGCCACUGUUGCUGGCGCGGCU (.((((.(((((((((((((((((.((((.(....(((((....).))))....)..))))....))))))...))).)).)))))).)))).). ( -34.80) >consensus GGCGUGGCGGC_____GUGUGACGUAAACAGACAAAAAGGGCAACUCUUUGAAGGGAGCUCCAUUUGUUAUGAUGCCACUGUUGCUGGCGCGGCU (.((((.((((.....(((.(.(((.....((((((..((((..((((....)))).))))..))))))...)))))))....)))).)))).). (-28.00 = -28.03 + 0.03)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:16:11 2006