Locus 4174

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	12,186,236 – 12,186,333
Length	97
Max. P	0.999480

overview

Window 6

Location	12,186,236 – 12,186,333
Length	97
Sequences	5
Columns	103
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.28
Mean single sequence MFE	-55.16
Consensus MFE	-40.12
Energy contribution	-43.00
Covariance contribution	2.88
Combinations/Pair	1.18
Mean z-score	-3.94
Structure conservation index	0.73
SVM decision value	3.62
SVM RNA-class probability	0.999456
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12186236 97 + 23771897
CGGAUGCCACCGCCGCU------GCUGCUGCUGCCACCGUGCCAAUGGCUGUGGUCUGCUGGGCAUGAACGUGGUGAUGCAGCAGCGGGAGCGGCGAGUGGCG
.....((((((((((((------.(((((((((((((((((((...(((........))).)))))......))))..)))))))))).))))))).))))). ( -62.00)
>DroGri_CAF1 1451 90 + 1
-------------UGCUCCACCACCCGUUGCUGAGACGCUGCCAAUGGCAGUGGUUUGCUGUGCAUGCACAUGAUGAUGGAGUAGGGGCAGCGGUGAGUUCCU
-------------.(((((.(((((((((((.....(((((((...)))))))....))((((....))))....))))).)).)))).)))((......)). ( -32.00)
>DroSec_CAF1 660 97 + 1
CGGAUGCCACCGCCGCU------GCUGCUGCUGCCACUGUGCCAAUGGCUGUGGUCUGCUGGGCAUGAACGUGGUGAUGCAGCAGCGGGAGCGGCGAGUGGCG
.....((((((((((((------.(((((((((((((((((((...(((........))).)))))......))))..)))))))))).))))))).))))). ( -60.30)
>DroSim_CAF1 645 97 + 1
CGGAUGCCACCGCCGCU------GCUGCUGCUGCCACUGUGCCAAUGGCUGUGGUCUGCUGGGCAUGAACGUGGUGAUGCAGCAGCGGGAGCGGCGAGUGGCG
.....((((((((((((------.(((((((((((((((((((...(((........))).)))))......))))..)))))))))).))))))).))))). ( -60.30)
>DroAna_CAF1 656 97 + 1
CGGAAGCCACGGCCGCU------GCGGCUGCUGCCACGCUGCCAAUGGCGGUGGUCUGCUGGGCGUGCACGUGGUGGUGCAGUAGCGGCAGCGGCGAGUGGCG
.....(((((.((((((------((.((((((((..(((((((...)))))))..(..((..(((....)))))..).)))))))).))))))))..))))). ( -61.20)
>consensus
CGGAUGCCACCGCCGCU______GCUGCUGCUGCCACGGUGCCAAUGGCUGUGGUCUGCUGGGCAUGAACGUGGUGAUGCAGCAGCGGGAGCGGCGAGUGGCG
.....((((((((((((......((((((((.(((((((((((...(((........))).))))))...)))))...))))))))...))))))).))))). (-40.12 = -43.00 +   2.88)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	12,186,236 – 12,186,333
Length	97
Sequences	5
Columns	103
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.28
Mean single sequence MFE	-47.00
Consensus MFE	-33.18
Energy contribution	-36.38
Covariance contribution	3.20
Combinations/Pair	1.10
Mean z-score	-4.04
Structure conservation index	0.71
SVM decision value	3.64
SVM RNA-class probability	0.999480
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12186236 97 - 23771897
CGCCACUCGCCGCUCCCGCUGCUGCAUCACCACGUUCAUGCCCAGCAGACCACAGCCAUUGGCACGGUGGCAGCAGCAGC------AGCGGCGGUGGCAUCCG
.(((((.(((((((.(.((((((((..((((..(.((.(((...))))).)...(((...)))..)))))))))))).).------))))))))))))..... ( -53.10)
>DroGri_CAF1 1451 90 - 1
AGGAACUCACCGCUGCCCCUACUCCAUCAUCAUGUGCAUGCACAGCAAACCACUGCCAUUGGCAGCGUCUCAGCAACGGGUGGUGGAGCA-------------
(((..(........)..))).((((((((((...(((.(((...)))...(.(((((...))))).).....)))...))))))))))..------------- ( -29.00)
>DroSec_CAF1 660 97 - 1
CGCCACUCGCCGCUCCCGCUGCUGCAUCACCACGUUCAUGCCCAGCAGACCACAGCCAUUGGCACAGUGGCAGCAGCAGC------AGCGGCGGUGGCAUCCG
.(((((.(((((((...((((((((........(.((.(((...))))).)...(((((((...))))))).))))))))------))))))))))))..... ( -52.20)
>DroSim_CAF1 645 97 - 1
CGCCACUCGCCGCUCCCGCUGCUGCAUCACCACGUUCAUGCCCAGCAGACCACAGCCAUUGGCACAGUGGCAGCAGCAGC------AGCGGCGGUGGCAUCCG
.(((((.(((((((...((((((((........(.((.(((...))))).)...(((((((...))))))).))))))))------))))))))))))..... ( -52.20)
>DroAna_CAF1 656 97 - 1
CGCCACUCGCCGCUGCCGCUACUGCACCACCACGUGCACGCCCAGCAGACCACCGCCAUUGGCAGCGUGGCAGCAGCCGC------AGCGGCCGUGGCUUCCG
.(((((..((((((((.(((.((((..(((...)))((((((((((........))...)))..))))))))).))).))------)))))).)))))..... ( -48.50)
>consensus
CGCCACUCGCCGCUCCCGCUGCUGCAUCACCACGUUCAUGCCCAGCAGACCACAGCCAUUGGCACAGUGGCAGCAGCAGC______AGCGGCGGUGGCAUCCG
.(((((.(((((((...((((((((....((((.....((((..((........))....))))..))))..))))))))......))))))))))))..... (-33.18 = -36.38 +   3.20)

alignment

secondary structure

dotplot

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