Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 12,118,581 – 12,118,684 |
Length | 103 |
Max. P | 0.642135 |
Location | 12,118,581 – 12,118,684 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 6 |
Columns | 114 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 77.27 |
Mean single sequence MFE | -30.57 |
Consensus MFE | -20.06 |
Energy contribution | -19.45 |
Covariance contribution | -0.61 |
Combinations/Pair | 1.29 |
Mean z-score | -1.13 |
Structure conservation index | 0.66 |
SVM decision value | -0.06 |
SVM RNA-class probability | 0.500000 |
Prediction | OTHER |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 12118581 103 + 23771897 GGAUGCAGAGAAUGCUCCACUCGUUGCUGUGGUUCACGCACAGCUGCUGGAUCUCAUCCUGCGAUUUCUCCGUAAGGCGGGCGCUGCAAAAAUG------GAAGGUUA-----A (((((.(((......((((...((.(((((((....).)))))).))))))))))))))...(((((.(((((...((((...))))....)))------))))))).-----. ( -29.80) >DroPse_CAF1 1089 106 + 1 AAAUGCACAGAAUGCUCCAUACAUUGCUGUGGUUCACGCACAGCUGCUGAAUCUCCUCCUGCGAUUUGUCCGUAAGCCGGGCACUGCAAUUUA--------UAGAUUCAUAUUA ....(((...((((.......))))(((((((....).)))))))))(((((((.....((((...((((((.....)))))).)))).....--------.)))))))..... ( -27.70) >DroEre_CAF1 1083 109 + 1 GGAUGCAGAGAAUGCUCCACUCGUUGCUGUGGUUCACGCACAGCUGCUGGAUCUCAUCCUGCGACUUGUCCGUAAGGCGGGCGCUGCAAAAACAAAAACGGAAGGUUA-----A (((.(((.....))))))..((((((((((((....).))))))(((.((((...)))).(((.((((.((....))))))))).)))........))))).......-----. ( -35.30) >DroMoj_CAF1 1085 96 + 1 GAAUACACAAAAUGCUCCACACGUUGCUAUGAUUCACGCACAGCUGCUGAAUCUCAUCCUGCGACUUGUCCGUCAAACGUGCGCUGUGGA-------------GAACA-----A ..............(((((((((((((...((((((.(((....))))))))).......)))))..(..((.....))..)).))))))-------------)....-----. ( -27.60) >DroAna_CAF1 1084 101 + 1 AAAUGCACAGGAUGCUCCACACGUUGCUGUGGUUCACGCACAACUGCUGGAUCUCAUCCUGGGACUUGUCGGUCAGACGGGCCCUGCAGAAUUC--------AGGGAA-----A ...(((((((((((.((((((.((((.((((.....)))))))))).))))...)))))))((.((((((.....)))))).))))))......--------......-----. ( -37.50) >DroPer_CAF1 1089 106 + 1 AAAUGCACAGAAUGCUCCAGACAUUGCUGUGGUUCACGCACAGCUGCUGAAUCUCCUCCUGCGAUUUGUCCGUAAGCCGGGCACUGCAAUUUA--------UAGAUUGAUAUUA ....(((.....)))..(((.((..(((((((....).)))))))))))(((((.....((((...((((((.....)))))).)))).....--------.)))))....... ( -25.50) >consensus AAAUGCACAGAAUGCUCCACACGUUGCUGUGGUUCACGCACAGCUGCUGAAUCUCAUCCUGCGACUUGUCCGUAAGACGGGCGCUGCAAAAUA_________AGAUUA_____A ...((((...............(((((...((((((.(((....))))))))).......))))).((((((.....)))))).)))).......................... (-20.06 = -19.45 + -0.61)
Location | 12,118,581 – 12,118,684 |
---|---|
Length | 103 |
Sequences | 6 |
Columns | 114 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 77.27 |
Mean single sequence MFE | -31.20 |
Consensus MFE | -22.44 |
Energy contribution | -21.62 |
Covariance contribution | -0.83 |
Combinations/Pair | 1.33 |
Mean z-score | -1.05 |
Structure conservation index | 0.72 |
SVM decision value | 0.23 |
SVM RNA-class probability | 0.642135 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 12118581 103 - 23771897 U-----UAACCUUC------CAUUUUUGCAGCGCCCGCCUUACGGAGAAAUCGCAGGAUGAGAUCCAGCAGCUGUGCGUGAACCACAGCAACGAGUGGAGCAUUCUCUGCAUCC .-----......((------(((((.(((.(((((((.....))).)....))).((((...)))).)))((((((.(....)))))))...)))))))(((.....))).... ( -30.70) >DroPse_CAF1 1089 106 - 1 UAAUAUGAAUCUA--------UAAAUUGCAGUGCCCGGCUUACGGACAAAUCGCAGGAGGAGAUUCAGCAGCUGUGCGUGAACCACAGCAAUGUAUGGAGCAUUCUGUGCAUUU .....(((((((.--------....((((..((.(((.....))).))....))))....)))))))...((((((.(....)))))))(((((((((......))))))))). ( -35.70) >DroEre_CAF1 1083 109 - 1 U-----UAACCUUCCGUUUUUGUUUUUGCAGCGCCCGCCUUACGGACAAGUCGCAGGAUGAGAUCCAGCAGCUGUGCGUGAACCACAGCAACGAGUGGAGCAUUCUCUGCAUCC .-----........((((........(((.(((((((.....)))....).))).((((...)))).)))((((((.(....))))))))))).(..(((....)))..).... ( -29.70) >DroMoj_CAF1 1085 96 - 1 U-----UGUUC-------------UCCACAGCGCACGUUUGACGGACAAGUCGCAGGAUGAGAUUCAGCAGCUGUGCGUGAAUCAUAGCAACGUGUGGAGCAUUUUGUGUAUUC .-----(((((-------------..(((...((.((((((((......))))...)))).(((((((((....))).))))))...))...)))..)))))............ ( -26.00) >DroAna_CAF1 1084 101 - 1 U-----UUCCCU--------GAAUUCUGCAGGGCCCGUCUGACCGACAAGUCCCAGGAUGAGAUCCAGCAGUUGUGCGUGAACCACAGCAACGUGUGGAGCAUCCUGUGCAUUU .-----......--------......((((((((..(((.....)))..))))(((((((...((((.(((((((..(((...))).))))).)))))).)))))))))))... ( -35.20) >DroPer_CAF1 1089 106 - 1 UAAUAUCAAUCUA--------UAAAUUGCAGUGCCCGGCUUACGGACAAAUCGCAGGAGGAGAUUCAGCAGCUGUGCGUGAACCACAGCAAUGUCUGGAGCAUUCUGUGCAUUU .............--------.....(((..((.(((.....))).))....((((((.(...(((((((((((((.(....)))))))..)).))))).).)))))))))... ( -29.90) >consensus U_____UAACCU_________AAUUUUGCAGCGCCCGCCUUACGGACAAAUCGCAGGAUGAGAUCCAGCAGCUGUGCGUGAACCACAGCAACGUGUGGAGCAUUCUGUGCAUUC ..........................(((((((.(((.....)))......)))((((((...((((...((((((.(....)))))))......)))).)))))).))))... (-22.44 = -21.62 + -0.83)
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