Locus 4145

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 12,104,307 – 12,104,507
Length 200
Max. P 0.999844
window6437 window6438 window6439 window6440

overview

Window 7

Location 12,104,307 – 12,104,427
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 96.50
Mean single sequence MFE -41.38
Consensus MFE -39.64
Energy contribution -39.76
Covariance contribution 0.12
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.46
Structure conservation index 0.96
SVM decision value 4.23
SVM RNA-class probability 0.999844
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12104307 120 + 23771897
CACGAGCACAACUACGAGCACAUCGAGCAUGUGGAGAUGUACACGCAGCGUGUCAUGGACUGGAUCCACAAGAACGAGAAGUUCGAUGUGGAGACCAUCAAUGUGCUGGGCAACAUCAUC
..(.((((((.(((((.((.......)).)))))..(((.(((((...)))))))).((.(((.((((((.((((.....))))..))))))..)))))..)))))).)........... ( -39.50)
>DroSec_CAF1 5430 120 + 1
CACGAGCACAACUACGAGCAUAUCGAGCACGUGGAGAUUUACACGCAGCGCGUGAUGGACUGGAUCCACAAGAACGAGAAGUUCGAUGUGGAGACCAUCAAUGUGCUGGGCAACAUCAUC
.....((....(((((.((.......)).)))))...........(((((((((((((......((((((.((((.....))))..))))))..))))).)))))))).))......... ( -41.80)
>DroSim_CAF1 4810 120 + 1
CACGAGCACAACUACGAGCACAUCGAGCACGUGGAGAUGUACACGCAGCGCGUGAUGGACUGGAUCCACAAGAACGAGAAGUUCGAUGUGGAGACCAUUAAUGUGCUGGGCAACAUCAUC
...........(((((.((.......)).))))).(((((...(.(((((((((((((......((((((.((((.....))))..))))))..))))).)))))))).)..)))))... ( -44.10)
>DroEre_CAF1 4947 120 + 1
CACGAGCACAACUACGAGCACAUCGAGCACGUGGAGAUGUACACGCAGCGCGUGAUGGACUGGAUCCACAAGAACGAGAAGUUCGAUGUUGAGAGCAUCAACGUGCUGGGCAACAUCAUC
...........(((((.((.......)).))))).(((((...(.((((((((..((((.....))))...((((.....))))(((((.....))))).)))))))).)..)))))... ( -39.60)
>DroYak_CAF1 4948 120 + 1
CACGAGCACAACUACGAGCACAUCGAGCACGUGGAGAUGUACACGCAGCGUGUGAUGGACUGGAUCCACAAGAACCAGAAGUUCGAUGUGGAGACCAUCAAUGUGCUGGGCAACAUCAUC
...........(((((.((.......)).))))).(((((...(.(((((..((((((......((((((.((((.....))))..))))))..))))).)..))))).)..)))))... ( -41.90)
>consensus
CACGAGCACAACUACGAGCACAUCGAGCACGUGGAGAUGUACACGCAGCGCGUGAUGGACUGGAUCCACAAGAACGAGAAGUUCGAUGUGGAGACCAUCAAUGUGCUGGGCAACAUCAUC
...........(((((.((.......)).))))).(((((...(.(((((((((((((......((((((.((((.....))))..))))))..))))).)))))))).)..)))))... (-39.64 = -39.76 +   0.12)

alignment

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secondary structure

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dotplot

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Window 8

Location 12,104,307 – 12,104,427
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 96.50
Mean single sequence MFE -40.52
Consensus MFE -37.34
Energy contribution -38.18
Covariance contribution 0.84
Combinations/Pair 1.03
Mean z-score -1.97
Structure conservation index 0.92
SVM decision value 2.66
SVM RNA-class probability 0.996193
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12104307 120 - 23771897
GAUGAUGUUGCCCAGCACAUUGAUGGUCUCCACAUCGAACUUCUCGUUCUUGUGGAUCCAGUCCAUGACACGCUGCGUGUACAUCUCCACAUGCUCGAUGUGCUCGUAGUUGUGCUCGUG
((((.((((....))))))))..(((..((((((..((((.....)))).)))))).)))...((((((((((((((.(((((((...........))))))).))))).)))).))))) ( -43.10)
>DroSec_CAF1 5430 120 - 1
GAUGAUGUUGCCCAGCACAUUGAUGGUCUCCACAUCGAACUUCUCGUUCUUGUGGAUCCAGUCCAUCACGCGCUGCGUGUAAAUCUCCACGUGCUCGAUAUGCUCGUAGUUGUGCUCGUG
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>DroSim_CAF1 4810 120 - 1
GAUGAUGUUGCCCAGCACAUUAAUGGUCUCCACAUCGAACUUCUCGUUCUUGUGGAUCCAGUCCAUCACGCGCUGCGUGUACAUCUCCACGUGCUCGAUGUGCUCGUAGUUGUGCUCGUG
((((((((.((...))))))...(((..((((((..((((.....)))).)))))).)))...)))).(((((((((.(((((((...........))))))).))))).))))...... ( -39.20)
>DroEre_CAF1 4947 120 - 1
GAUGAUGUUGCCCAGCACGUUGAUGCUCUCAACAUCGAACUUCUCGUUCUUGUGGAUCCAGUCCAUCACGCGCUGCGUGUACAUCUCCACGUGCUCGAUGUGCUCGUAGUUGUGCUCGUG
...(((((((...((((......))))..)))))))((((.....))))..((((((...))))))((((.((((((.(((((((...........))))))).))))))))))...... ( -38.60)
>DroYak_CAF1 4948 120 - 1
GAUGAUGUUGCCCAGCACAUUGAUGGUCUCCACAUCGAACUUCUGGUUCUUGUGGAUCCAGUCCAUCACACGCUGCGUGUACAUCUCCACGUGCUCGAUGUGCUCGUAGUUGUGCUCGUG
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>consensus
GAUGAUGUUGCCCAGCACAUUGAUGGUCUCCACAUCGAACUUCUCGUUCUUGUGGAUCCAGUCCAUCACGCGCUGCGUGUACAUCUCCACGUGCUCGAUGUGCUCGUAGUUGUGCUCGUG
.............((((((.((((((.(((((((..((((.....)))).))))))....).))))))...((((((.(((((((...........))))))).)))))))))))).... (-37.34 = -38.18 +   0.84)

alignment

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secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 9

Location 12,104,347 – 12,104,467
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.50
Mean single sequence MFE -41.96
Consensus MFE -37.70
Energy contribution -38.14
Covariance contribution 0.44
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.21
Structure conservation index 0.90
SVM decision value 2.58
SVM RNA-class probability 0.995496
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12104347 120 + 23771897
ACACGCAGCGUGUCAUGGACUGGAUCCACAAGAACGAGAAGUUCGAUGUGGAGACCAUCAAUGUGCUGGGCAACAUCAUCCAGGGCAAUGCGGACAGCGUGGACAAGAAGUUCUACGGCA
....((.((.((((...((.(((.((((((.((((.....))))..))))))..)))))..(((.(((((........))))).))).....))))))(((((........))))).)). ( -41.30)
>DroSec_CAF1 5470 120 + 1
ACACGCAGCGCGUGAUGGACUGGAUCCACAAGAACGAGAAGUUCGAUGUGGAGACCAUCAAUGUGCUGGGCAACAUCAUCCAGGGCAAUGCGGACAGCGUGGACAAGAAGUUCUACGGCA
....((..((((((((((......((((((.((((.....))))..))))))..)))))..(((.(((((........))))).)))))))).....((((((........)))))))). ( -43.50)
>DroSim_CAF1 4850 120 + 1
ACACGCAGCGCGUGAUGGACUGGAUCCACAAGAACGAGAAGUUCGAUGUGGAGACCAUUAAUGUGCUGGGCAACAUCAUCCAGGGCAAUGCGGACAGCGUGGACAAGAAGUUCUACGGCA
....((..((((((((((......((((((.((((.....))))..))))))..)))))..(((.(((((........))))).)))))))).....((((((........)))))))). ( -41.10)
>DroEre_CAF1 4987 120 + 1
ACACGCAGCGCGUGAUGGACUGGAUCCACAAGAACGAGAAGUUCGAUGUUGAGAGCAUCAACGUGCUGGGCAACAUCAUCCAGGGCAAUGCGGACAGCGUGGACAAGAAGUUCUACGGCA
....((..(((((..((..((((((......((((.....))))(((((((..(((((....)))))...)))))))))))))..))))))).....((((((........)))))))). ( -42.70)
>DroYak_CAF1 4988 120 + 1
ACACGCAGCGUGUGAUGGACUGGAUCCACAAGAACCAGAAGUUCGAUGUGGAGACCAUCAAUGUGCUGGGCAACAUCAUCCAGGGCAAUGCGGACAGCGUGGACAAGAAGUUCUACGGCA
....((.((((.((((((......((((((.((((.....))))..))))))..)))))).(((.(((((........))))).)))))))......((((((........)))))))). ( -41.20)
>consensus
ACACGCAGCGCGUGAUGGACUGGAUCCACAAGAACGAGAAGUUCGAUGUGGAGACCAUCAAUGUGCUGGGCAACAUCAUCCAGGGCAAUGCGGACAGCGUGGACAAGAAGUUCUACGGCA
....((..((((((((((......((((((.((((.....))))..))))))..)))))..(((.(((((........))))).)))))))).....((((((........)))))))). (-37.70 = -38.14 +   0.44)

alignment

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secondary structure

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dotplot

Postscript

Window 0

Location 12,104,387 – 12,104,507
Length 120
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 97.17
Mean single sequence MFE -42.14
Consensus MFE -38.54
Energy contribution -38.76
Covariance contribution 0.22
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -1.48
Structure conservation index 0.91
SVM decision value 0.98
SVM RNA-class probability 0.893645
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12104387 120 + 23771897
GUUCGAUGUGGAGACCAUCAAUGUGCUGGGCAACAUCAUCCAGGGCAAUGCGGACAGCGUGGACAAGAAGUUCUACGGCAGUCUUGACAAGCUGUACCGCUUCAUUGUGAACGAGGGCCA
((((((((.(....)))))..(((.(((((........))))).)))..(((((((((.((..(((((....(....)...))))).)).))))).))))........))))........ ( -43.10)
>DroSec_CAF1 5510 120 + 1
GUUCGAUGUGGAGACCAUCAAUGUGCUGGGCAACAUCAUCCAGGGCAAUGCGGACAGCGUGGACAAGAAGUUCUACGGCAGUCUGGACAAGCUGUACCGCUUCAUUGUGAACGAGGGCCA
((((((((.(....)))))..(((.(((((........))))).)))..(((((((((.((..((.((....(....)...))))..)).))))).))))........))))........ ( -42.00)
>DroSim_CAF1 4890 120 + 1
GUUCGAUGUGGAGACCAUUAAUGUGCUGGGCAACAUCAUCCAGGGCAAUGCGGACAGCGUGGACAAGAAGUUCUACGGCAGUCUGGACAAGCUGUACCGCUUCAUUGUGAACGAGGGCCA
(((((..(((((.........(((.(((((........))))).)))..(((((((((.((..((.((....(....)...))))..)).))))).)))))))))..)))))........ ( -39.40)
>DroEre_CAF1 5027 120 + 1
GUUCGAUGUUGAGAGCAUCAACGUGCUGGGCAACAUCAUCCAGGGCAAUGCGGACAGCGUGGACAAGAAGUUCUACGGCAGUCUGGACAAGCUGUACCGCUUCAUCGUGAACGAGGGUAA
....(((((((..(((((....)))))...)))))))((((........(((((((((.((..((.((....(....)...))))..)).))))).))))....(((....))))))).. ( -43.10)
>DroYak_CAF1 5028 120 + 1
GUUCGAUGUGGAGACCAUCAAUGUGCUGGGCAACAUCAUCCAGGGCAAUGCGGACAGCGUGGACAAGAAGUUCUACGGCAGUCUGGACAAGCUGUACCGCUUCAUCGUGAACGAGGGCCA
((((((((.(....)))))..(((.(((((........))))).)))..(((((((((.((..((.((....(....)...))))..)).))))).))))....(((....))))))).. ( -43.10)
>consensus
GUUCGAUGUGGAGACCAUCAAUGUGCUGGGCAACAUCAUCCAGGGCAAUGCGGACAGCGUGGACAAGAAGUUCUACGGCAGUCUGGACAAGCUGUACCGCUUCAUUGUGAACGAGGGCCA
((((((((.(....)))))..(((.(((((........))))).)))..((((((((((((((........)))))....((....))..))))).))))........))))........ (-38.54 = -38.76 +   0.22)

alignment

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