Locus 4141

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 12,103,194 – 12,103,308
Length 114
Max. P 0.999563
window6432

overview

Window 2

Location 12,103,194 – 12,103,308
Length 114
Sequences 5
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 91.57
Mean single sequence MFE -49.34
Consensus MFE -45.80
Energy contribution -46.12
Covariance contribution 0.32
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.28
Structure conservation index 0.93
SVM decision value 3.73
SVM RNA-class probability 0.999563
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 12103194 114 + 23771897
GAU------UGAGAGCUUCGCGGGUCGUUCAGAUCCGGCGAUGGCGCGGAUCAAGGCUACGGAUGCGACCGGUCAUUGGCCGGAUUGCAAUCUGCGUAUCGCCGAUCCGGGGGUAUAAAU
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>DroSec_CAF1 4317 114 + 1
GAU------UGAGAGCUUCGCGGGUCGUUCAGAUCCGGCGAUGGCGCGGAUCAAGGCUACGGAUGCGACCGGUCAUUGGCCGGAUUGCAAUCUGCGUAUCGCCGAUCCGGGGGUAUAAAU
...------.....(((((.((((((.....((((((((....)).))))))..(((((((((((((((((((.....))))).)))).)))..))))..))))))))))))))...... ( -49.70)
>DroSim_CAF1 3697 114 + 1
GAU------UGAGAGCUCCGCGGGUCGUUCAGAUCCGGCGAUGGCGCGGAUCAAGGCUACGGAUGCGACCGGUCAUUGGCCGGAUUGCAAUCUGCGUAUCGCCGAUCCGGGGGUAUAAAU
...------.....(((((.((((((.....((((((((....)).))))))..(((((((((((((((((((.....))))).)))).)))..))))..))))))))))))))...... ( -52.50)
>DroEre_CAF1 3836 112 + 1
GAU------UCCGAGCGCCACGGGUCGAUCAGAUCCGGCGAUGU--CGGAUCAAGGCUACGGAUGCGACCGGUCAUUGGCCGGAUUGCAAUCUGCGUAUCGCCGAUCCGGGGGUAUAAAU
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>DroYak_CAF1 3830 118 + 1
GAUUCAGAUUCUGAGCACCACGGGUCGAUCAGGUCUGGUGGCGG--CGGAUCAAGGCUACGGAUGCGACCGGUCAUUGGCCGGAUUGCAAUCUGCGUAUCGCCGAUCCGGGGGUAUAAAU
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>consensus
GAU______UGAGAGCUCCGCGGGUCGUUCAGAUCCGGCGAUGGCGCGGAUCAAGGCUACGGAUGCGACCGGUCAUUGGCCGGAUUGCAAUCUGCGUAUCGCCGAUCCGGGGGUAUAAAU
..............(((((.((((((.....((((((((....)).))))))..(((((((((((((((((((.....))))).)))).)))..))))..))))))))))))))...... (-45.80 = -46.12 +   0.32)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

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