Locus 4105

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 11,985,824 – 11,985,934
Length 110
Max. P 0.533522
window6386

overview

Window 6

Location 11,985,824 – 11,985,934
Length 110
Sequences 6
Columns 119
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 73.35
Mean single sequence MFE -45.55
Consensus MFE -22.58
Energy contribution -21.78
Covariance contribution -0.80
Combinations/Pair 1.58
Mean z-score -1.62
Structure conservation index 0.50
SVM decision value -0.00
SVM RNA-class probability 0.533522
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 11985824 110 - 23771897
GGCCAGCGGAGC------CGGAAUGCUCAGUGGCAGUCAGCUGUCGGUGGCCACCAGUCAUGGGGUCAAGGAGGAUGCACUGAGUCUGUGCGGCAAGUUC---AAGGCUGGCUGCUCCA
(((((((.((((------((.(..((((((((...(((..((.....(((((.(((....)))))))).))..))).))))))))...).))))....))---...)))))))...... ( -47.20)
>DroVir_CAF1 4471 98 - 1
GGCCAGCGUC---------GG---GCUGAGCGGCAGUCAGCUGUCGGUGGCCACCUCCCA------CAAAGACGACGCGCUGAGCCUGUGCGGCAAAUUC---AAGAUGGGCUGCGCCC
((((((((.(---------((---(((((.(....)))))))(((.((((.......)))------)...)))..))))))).))).(((((((..(((.---..)))..))))))).. ( -43.70)
>DroPse_CAF1 6718 116 - 1
GGCCAGUGGCGGCUGCUCAGGGCUGCUCAGCGGCAGCCAGCUGUCGGUGGCCACCAGCCACCUGGCCAAGGACGACACCCUGAGCCUGUCCAGCAAGUUC---AAGGUCGGAUGCUCCA
(((((((((((((.(((...(((((((....)))))))))).)))(((....))).)))).))))))..(((((.((((.(((((.((.....)).))))---).))).)..)).))). ( -55.30)
>DroWil_CAF1 4614 104 - 1
GGCCAGCGGC---------GGCUUACUCAGUGGCAGUCAAUUGUCGGUGGCCACCACCCAU---GCCAAGGAUGAUGUCCUGAGUUUAUCCAGUAAAUUC---AAAAUGGGUUGCGCCA
(((((((((.---------(((.....((.((((((....)))))).))))).))..((((---....(((((...)))))((((((((...))))))))---...)))))))).))). ( -35.80)
>DroMoj_CAF1 4621 101 - 1
GGCCAGCGCC---------GG---CCUCAGCGGCAGUCAGCUGUCGGUGGCCACGUCGCA------CAAGGACGACACGCUGAGCCUGUGCAGCAAGUUCAGCAAGAUGGGCUGCACCA
((((((((..---------((---((..(.((((((....)))))).)))))..((((..------......)))).))))).))).(((((((..(((......)))..))))))).. ( -48.70)
>DroAna_CAF1 4208 107 - 1
GACCAUCGGCGG------AGGGCUGUUCAGUGGCAGUCAACUGUCGGUGGCCACCAGCCAU---GUAAAGGAGGACGCAUUGAGUUUGUGCGGCAAGUUC---AAGGCAGGCUGCUCCA
(.((((((((((------..((((((......))))))..)))))))))).)..(((((.(---((...(((.(.(((((.......))))).)...)))---...))))))))..... ( -42.60)
>consensus
GGCCAGCGGC_________GG__UGCUCAGCGGCAGUCAGCUGUCGGUGGCCACCACCCAU___G_CAAGGACGACGCACUGAGCCUGUGCAGCAAGUUC___AAGAUGGGCUGCUCCA
...................(((..((((((((((((....)))))(((....))).......................)))))))....(((((..(((......)))..)))))))). (-22.58 = -21.78 +  -0.80)

alignment

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