Locus 4091

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>3L_DroMel_CAF1 11920048 103 + 23771897
CAAAAGCACUGAUUUCGAAUGGUGCUAGAGUUAA-AUUGA-GUGGGUUCUC--CUGAUAUCUAUGCACCAAUCGAUCUCAGUUCUUCGAUUCGAAGUGGC-AGGGCAA
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>DroVir_CAF1 23888 104 + 1
AAAAAGCACUGAUUUCGAAUGGUGCUAGAAUUGA-AAUGA-AUUACUUUUUGGGCGAUAUCUAUGCACCAAUCGAUCUCAGUUCUUCAAUUUGAACUGGC-UGG-UGC
.....(((((....((((.((((((((((((((.-..(((-(......))))..)))).)))).)))))).))))..(((((((........))))))).-.))-))) ( -34.20)
>DroPse_CAF1 2703 104 + 1
CAAAAGCACUGAUUUCGAAUGGUGCUAGAGUUGAAAAUUA-GCGAGUCCUC--UUGAUAUCUAUGCACCAAUCGAUCUCAGUUCUUCGAUUCGAACUGUA-AUUGUAA
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>DroGri_CAF1 12732 104 + 1
ACAAAGCACUGAUUUCGAAUGGUGCUAGAAUUGA-AAUUAAAUU-AUUCUUGGACGAUAUCUAUGCACCAAUCGAUCUCAGUUCUUCAAUUUGAACUGGC-UGC-UAC
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>DroMoj_CAF1 14665 106 + 1
AAAAAGCACUGAUUUCGAAUGGUGCUAGAAUUGA-AAUAAAAUGACUUUUUGGGCGUUAUCUAUGCACCAAUCGAUCUCAGUUCUUCAAUUUGAACUGGUGUGG-UGU
.....(((((....((((.((((((((((..((.-..(((((.....)))))..))...)))).)))))).))))..(((((((........)))))))...))-))) ( -32.10)
>DroAna_CAF1 2225 103 + 1
CAAAAGCACUGAUUUCGAAUGGUGCUAGAAUUGA-AAUGA-UCGGAUCUCC--UUGAUAUCUAUGCACCAAUCGAUCUCAGUUCUUUGAUUCGAAUUAUC-CUGGCUA
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>consensus
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...(((.(((((..((((.((((((((((((((.....................)))).)))).)))))).))))..))))).)))...................... (-25.71 = -25.27 +  -0.44) 

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>3L_DroMel_CAF1 11920048 103 - 23771897
UUGCCCU-GCCACUUCGAAUCGAAGAACUGAGAUCGAUUGGUGCAUAGAUAUCAG--GAGAACCCAC-UCAAU-UUAACUCUAGCACCAUUCGAAAUCAGUGCUUUUG
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>DroVir_CAF1 23888 104 - 1
GCA-CCA-GCCAGUUCAAAUUGAAGAACUGAGAUCGAUUGGUGCAUAGAUAUCGCCCAAAAAGUAAU-UCAUU-UCAAUUCUAGCACCAUUCGAAAUCAGUGCUUUUU
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>DroPse_CAF1 2703 104 - 1
UUACAAU-UACAGUUCGAAUCGAAGAACUGAGAUCGAUUGGUGCAUAGAUAUCAA--GAGGACUCGC-UAAUUUUCAACUCUAGCACCAUUCGAAAUCAGUGCUUUUG
.......-.............((((.(((((..((((.((((((.((((......--(((((.....-...)))))...)))))))))).))))..))))).)))).. ( -28.30)
>DroGri_CAF1 12732 104 - 1
GUA-GCA-GCCAGUUCAAAUUGAAGAACUGAGAUCGAUUGGUGCAUAGAUAUCGUCCAAGAAU-AAUUUAAUU-UCAAUUCUAGCACCAUUCGAAAUCAGUGCUUUGU
..(-(((-..((((((........))))))...((((.((((((.((((..............-.........-.....)))))))))).))))......)))).... ( -27.59)
>DroMoj_CAF1 14665 106 - 1
ACA-CCACACCAGUUCAAAUUGAAGAACUGAGAUCGAUUGGUGCAUAGAUAACGCCCAAAAAGUCAUUUUAUU-UCAAUUCUAGCACCAUUCGAAAUCAGUGCUUUUU
...-.................((((.(((((..((((.((((((.((((.........((((....))))...-.....)))))))))).))))..))))).)))).. ( -27.43)
>DroAna_CAF1 2225 103 - 1
UAGCCAG-GAUAAUUCGAAUCAAAGAACUGAGAUCGAUUGGUGCAUAGAUAUCAA--GGAGAUCCGA-UCAUU-UCAAUUCUAGCACCAUUCGAAAUCAGUGCUUUUG
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>consensus
UUA_CCA_GCCAGUUCAAAUCGAAGAACUGAGAUCGAUUGGUGCAUAGAUAUCAA__AAAAACUCAU_UCAUU_UCAAUUCUAGCACCAUUCGAAAUCAGUGCUUUUG
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