Locus 4085

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	11,895,192 – 11,895,301
Length	109
Max. P	0.999773

overview

Window 6

Location	11,895,192 – 11,895,301
Length	109
Sequences	5
Columns	119
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	92.48
Mean single sequence MFE	-34.36
Consensus MFE	-27.38
Energy contribution	-28.42
Covariance contribution	1.04
Combinations/Pair	1.03
Mean z-score	-1.72
Structure conservation index	0.80
SVM decision value	0.64
SVM RNA-class probability	0.808230
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 11895192 109 + 23771897
GGGUAAUUAUUUACACUCAGCCAUCGGCAACAGUCGCUCG----------AGAACAGAAUCGGCAAUCGAGAUGGACUGUUACCGAUAGCCAUCUCAUGCUAAUGACCUGUUAGUGUUC
............((((((((.(((..(((......((.((----------(........)))))....(((((((.(((((...)))))))))))).)))..)))..)))..))))).. ( -32.70)
>DroSec_CAF1 71064 109 + 1
UGGUAAUUAUUUACACUCAGCCAUCGGCAACAGUCGCUCG----------AGAACAGCAUCGGCAAUCGAGAUGGACUGUUACCGUUAGCCAUCUCAUGCUAAUGACCUGUUAGUGGUC
..((((....)))).....(((((..(((((((((.((((----------(.....((....))..)))))...)))))))..(((((((........)))))))....))..))))). ( -34.00)
>DroSim_CAF1 71649 109 + 1
UGGUAAUUAUUUACACUCAGCCAUCGGCAACAGUCGCUCG----------AGAACAGCAUCGGCAAUCGAGAUGGACUGUUACCGAUAGCCAUCUCAUGCUAAUGACCUGUUAGUGGUC
..((((....)))).((((((.((.(....).)).))).)----------))((((((((..(((...(((((((.(((((...)))))))))))).)))..)))..)))))....... ( -34.10)
>DroEre_CAF1 72434 109 + 1
GGGUAAUUAUUUACACUCAGCCAUCGGCAACAGUCGCUCG----------AGAACAGGAUCGGCAAUCGAGAUGGACUGUUACCGAUAGCCAUCUCCUGCUAAUGACCUGUUAGUGGUC
..((((....)))).((((((.((.(....).)).))).)----------))((((((.((((((...(((((((.(((((...)))))))))))).))))...))))))))....... ( -35.10)
>DroYak_CAF1 74021 119 + 1
GGGUAAUUAUUUACACUCAGCCAUCGGCAACAGUCGCUCGACUGCUCGAGAGAACAGCAUCAGCCAUGGAGAUGGACUGUUAGCGAUAGCCAUCGCAUGCUAAUGACCUGUUAGUGGUC
..((((....)))).....(((((..(((...(((((((((....))))).....((((((((((((....)))).)))...(((((....))))))))))..)))).)))..))))). ( -35.90)
>consensus
GGGUAAUUAUUUACACUCAGCCAUCGGCAACAGUCGCUCG__________AGAACAGCAUCGGCAAUCGAGAUGGACUGUUACCGAUAGCCAUCUCAUGCUAAUGACCUGUUAGUGGUC
..((((....)))).....(((((((((....))))................((((((((.((((...(((((((.(((((...)))))))))))).)))).)))..))))).))))). (-27.38 = -28.42 +   1.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 7

Location	11,895,192 – 11,895,301
Length	109
Sequences	5
Columns	119
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	92.48
Mean single sequence MFE	-41.78
Consensus MFE	-35.54
Energy contribution	-36.54
Covariance contribution	1.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-3.64
Structure conservation index	0.85
SVM decision value	4.05
SVM RNA-class probability	0.999773
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 11895192 109 - 23771897
GAACACUAACAGGUCAUUAGCAUGAGAUGGCUAUCGGUAACAGUCCAUCUCGAUUGCCGAUUCUGUUCU----------CGAGCGACUGUUGCCGAUGGCUGAGUGUAAAUAAUUACCC
..(((((..((..((((....))))..))((((((((((((((((...(((((..((.......))..)----------)))).))))))))))))))))..)))))............ ( -43.00)
>DroSec_CAF1 71064 109 - 1
GACCACUAACAGGUCAUUAGCAUGAGAUGGCUAACGGUAACAGUCCAUCUCGAUUGCCGAUGCUGUUCU----------CGAGCGACUGUUGCCGAUGGCUGAGUGUAAAUAAUUACCA
((((.......))))(((.((((....((((((.(((((((((((...(((((..((.......))..)----------)))).))))))))))).)))))).)))).)))........ ( -39.10)
>DroSim_CAF1 71649 109 - 1
GACCACUAACAGGUCAUUAGCAUGAGAUGGCUAUCGGUAACAGUCCAUCUCGAUUGCCGAUGCUGUUCU----------CGAGCGACUGUUGCCGAUGGCUGAGUGUAAAUAAUUACCA
((((.......))))(((.((((....((((((((((((((((((...(((((..((.......))..)----------)))).)))))))))))))))))).)))).)))........ ( -43.70)
>DroEre_CAF1 72434 109 - 1
GACCACUAACAGGUCAUUAGCAGGAGAUGGCUAUCGGUAACAGUCCAUCUCGAUUGCCGAUCCUGUUCU----------CGAGCGACUGUUGCCGAUGGCUGAGUGUAAAUAAUUACCC
((((.......)))).......((....(((((((((((((((((...(((((..((.......))..)----------)))).)))))))))))))))))....((((....)))))) ( -41.40)
>DroYak_CAF1 74021 119 - 1
GACCACUAACAGGUCAUUAGCAUGCGAUGGCUAUCGCUAACAGUCCAUCUCCAUGGCUGAUGCUGUUCUCUCGAGCAGUCGAGCGACUGUUGCCGAUGGCUGAGUGUAAAUAAUUACCC
((((.......)))).......((((..((((((((.(((((((((((....)))(((...(((((((....)))))))..))))))))))).))))))))...))))........... ( -41.70)
>consensus
GACCACUAACAGGUCAUUAGCAUGAGAUGGCUAUCGGUAACAGUCCAUCUCGAUUGCCGAUGCUGUUCU__________CGAGCGACUGUUGCCGAUGGCUGAGUGUAAAUAAUUACCC
((((.......))))(((.((((....((((((((((((((((((....(((.....)))....((((............)))))))))))))))))))))).)))).)))........ (-35.54 = -36.54 +   1.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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