Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,778,927 – 11,779,047 |
Length | 120 |
Max. P | 0.783425 |
Location | 11,778,927 – 11,779,047 |
---|---|
Length | 120 |
Sequences | 5 |
Columns | 120 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 94.08 |
Mean single sequence MFE | -45.80 |
Consensus MFE | -38.18 |
Energy contribution | -39.54 |
Covariance contribution | 1.36 |
Combinations/Pair | 1.03 |
Mean z-score | -1.52 |
Structure conservation index | 0.83 |
SVM decision value | 0.56 |
SVM RNA-class probability | 0.783425 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 11778927 120 - 23771897 GGACGCUGAGCAACAGCAACGGCUAUGUGCUGGAGGGCAAUGUAACGCUAACGGAUCGUUGCGAUCGGGAGUACAUUGUGAUCUUUAGCGGACAGUCGGAAGUGGGUCGCAUAUGCCGGG ....((((.....))))..((((((((((((((((((((((((...(((..((.((((...))))))..))))))))))..)))))))).(((...(....)...)))))))).)))).. ( -46.10) >DroSec_CAF1 14631 120 - 1 GGACGCUGAGCAACAGCAACGGCUAUGUGCUGGAGGGCAAUGUAACACUAACGGAUCGGUGCGAUCGGGAGUACAUUGUGAUCUUUAACGGACAGUCGGAAGUGGGUCGCAUAUGCCGGG ....((((.....))))..((((.((((((.(((..((((((((.......(.(((((...))))).)...))))))))..)))......(((...(....)...))))))))))))).. ( -42.50) >DroSim_CAF1 13831 120 - 1 GGACGCUGAGCAACAGCAACGGCUAUAUGCUGGAGGGCAAUGUUACACUAACGGAUCGGUGCGAUCGGGAGUACAUUGUGAUCUUUAGCGGACAGUCGGAAGUGGGUCGCAUAUGCCGGG ....((((.....))))..((((.((((((.(((..(((((((...(((..((.((((...))))))..))))))))))..)))......(((...(....)...))))))))))))).. ( -42.40) >DroEre_CAF1 15152 120 - 1 GGACGCUGAGCAACAGCGCCGGCUAUGUGCUGGAGGGCAAUGUAUCCCUAACGGACCGGUGCGAUCGGGAGUACAUUGUGAUCUUCAGCGGUCAGUCGGAAGUGGGUCGCCUAUGCCGGG ...(((((.....)))))(((((((.((((((((((((((((((((((...((.(....).))...)))).))))))))..))))))))(..(...(....)..)..))).)).))))). ( -50.10) >DroYak_CAF1 14609 120 - 1 GGACGCUGAGCGACAGCAUCGGCUAUGUGCUGGAGGGCAAUGUAACCCUAACGGACCGUUGCGAUCGGGAGUACAUUGUGAUCUUCAGCGGACAGUCGGAGGUGGGUCGCCUAUGCCGGG ((.((..(.(((((.((.((((((.(.(((((((((((((((((..((....)).(((.......)))...))))))))..))))))))).).))))))..))..))))))..))))... ( -47.90) >consensus GGACGCUGAGCAACAGCAACGGCUAUGUGCUGGAGGGCAAUGUAACACUAACGGAUCGGUGCGAUCGGGAGUACAUUGUGAUCUUUAGCGGACAGUCGGAAGUGGGUCGCAUAUGCCGGG ....((((.....))))..(((((((((((((((((((((((((.......(.(((((...))))).)...))))))))..)))))))).(((...(....)...)))))))).)))).. (-38.18 = -39.54 + 1.36)
Generated by rnazCluster.pl (part of RNAz 1.0) on Mon Dec 4 11:13:00 2006