Locus 4019

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	11,725,099 – 11,725,193
Length	94
Max. P	0.794355

overview

Window 1

Location	11,725,099 – 11,725,193
Length	94
Sequences	5
Columns	96
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.23
Mean single sequence MFE	-19.08
Consensus MFE	-6.00
Energy contribution	-7.04
Covariance contribution	1.04
Combinations/Pair	1.12
Mean z-score	-2.26
Structure conservation index	0.31
SVM decision value	0.36
SVM RNA-class probability	0.705719
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 11725099 94 + 23771897
UCAUACU--AUUAAUAGUAUCAUAUUAUUACGCCUAUUUGCUGUUUAUGACAGCUAAUUAAAGGUACUAAUACAGUAAGCCUGCUACUCAGUUAAU
..(((((--(....)))))).....(((((.(((((((.((((((...)))))).)))...))))..))))).((((....))))........... ( -14.20)
>DroSec_CAF1 37982 90 + 1
-AA---U--AUUAAUAGCAUCAUAUUAUUACGUCUAUUUGCUGUUAAUGACAGCUAAUUAAAUGUACUAAUAGAGUAAGCCUGCUACUCAGUUAAU
-..---.--.....((((....(((((.(((((..(((.((((((...)))))).)))...))))).)))))(((((.(....)))))).)))).. ( -19.90)
>DroSim_CAF1 32690 93 + 1
-CAUACU--AUCAAUAGCAUCAUAUUAUUACGUCUAUUUGCUGUUUAUGACAGCUAAUUAAAGGUAGUAAUAGAGCAAGCCUGCUACUCAGUUAAU
-......--.....((((....(((((((((.(..(((.((((((...)))))).)))...).))))))))).((((....)))).....)))).. ( -19.90)
>DroEre_CAF1 34433 92 + 1
UCUUUCC--UUUAAUAGCAUCGUAUUAUUACGUCCAUUAUUUGGAUGUGACAGCUAAUAAAAGAUACUAAUAGAGCAAGC--GCUACUAAGUUUAU
......(--((((.(((.(((.((((((((((((((.....)))))))))....)))))...))).))).))))).((((--........)))).. ( -20.60)
>DroYak_CAF1 35009 95 + 1
UCAUACAUUUUUAAUAGCAACGUAUUAUUACAUUCAUUCUCUGUUUAUGACAGUUAAUGAAUGCUACUAAUAGCGUAAGC-UGCCACUAAGUUAAU
..........(((.((((...(((....)))(((((((..(((((...)))))..))))))))))).)))((((....))-))............. ( -20.80)
>consensus
UCAUACU__AUUAAUAGCAUCAUAUUAUUACGUCUAUUUGCUGUUUAUGACAGCUAAUUAAAGGUACUAAUAGAGUAAGCCUGCUACUCAGUUAAU
..............((((....(((((.(((....(((.(((((.....))))).))).....))).))))).((((....)))).....)))).. ( -6.00 =  -7.04 +   1.04)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 2

Location	11,725,099 – 11,725,193
Length	94
Sequences	5
Columns	96
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.23
Mean single sequence MFE	-20.30
Consensus MFE	-9.63
Energy contribution	-10.31
Covariance contribution	0.68
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-2.26
Structure conservation index	0.47
SVM decision value	0.60
SVM RNA-class probability	0.794355
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 11725099 94 - 23771897
AUUAACUGAGUAGCAGGCUUACUGUAUUAGUACCUUUAAUUAGCUGUCAUAAACAGCAAAUAGGCGUAAUAAUAUGAUACUAUUAAU--AGUAUGA
....(((((...((((.....)))).))))).(((...(((.(((((.....))))).))))))((((....))))((((((....)--))))).. ( -18.40)
>DroSec_CAF1 37982 90 - 1
AUUAACUGAGUAGCAGGCUUACUCUAUUAGUACAUUUAAUUAGCUGUCAUUAACAGCAAAUAGACGUAAUAAUAUGAUGCUAUUAAU--A---UU-
........(((((((.......(((((((.(((.((((.((.(((((.....))))))).)))).))).))))).)))))))))...--.---..- ( -17.01)
>DroSim_CAF1 32690 93 - 1
AUUAACUGAGUAGCAGGCUUGCUCUAUUACUACCUUUAAUUAGCUGUCAUAAACAGCAAAUAGACGUAAUAAUAUGAUGCUAUUGAU--AGUAUG-
....(((((((((((.......(((((((.(((.((((.((.(((((.....))))))).)))).))).))))).)))))))))..)--)))...- ( -18.41)
>DroEre_CAF1 34433 92 - 1
AUAAACUUAGUAGC--GCUUGCUCUAUUAGUAUCUUUUAUUAGCUGUCACAUCCAAAUAAUGGACGUAAUAAUACGAUGCUAUUAAA--GGAAAGA
....(((.(((((.--(....).)))))))).(((((((.((((.(((...((((.....)))).(((....)))))))))).))))--))).... ( -20.70)
>DroYak_CAF1 35009 95 - 1
AUUAACUUAGUGGCA-GCUUACGCUAUUAGUAGCAUUCAUUAACUGUCAUAAACAGAGAAUGAAUGUAAUAAUACGUUGCUAUUAAAAAUGUAUGA
......(((((((((-((.(((.......)))(((((((((..((((.....))))..)))))))))........))))))))))).......... ( -27.00)
>consensus
AUUAACUGAGUAGCAGGCUUACUCUAUUAGUACCUUUAAUUAGCUGUCAUAAACAGCAAAUAGACGUAAUAAUAUGAUGCUAUUAAU__AGUAUGA
........(((((((.......(((((((.(((.(((.(((.(((((.....))))).)))))).))).))))).)))))))))............ ( -9.63 = -10.31 +   0.68)

alignment

secondary structure

dotplot

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