Locus 3992

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	11,630,864 – 11,630,959
Length	95
Max. P	0.985657

overview

Window 2

Location	11,630,864 – 11,630,959
Length	95
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	76.95
Mean single sequence MFE	-34.68
Consensus MFE	-26.25
Energy contribution	-26.28
Covariance contribution	0.03
Combinations/Pair	1.07
Mean z-score	-3.61
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	1.95
SVM RNA-class probability	0.983656
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 11630864 95 + 23771897
UCCUG----UGUUGCAGUUUCGUUUUGUGACCGACACUAACGGGUAAUUGUUUGGCCG--C--------------CAGG---AUU--ACUCGUUUUUGCGAUCACAAAUUAUGAAAUUGC
.....----....(((((((((((((((((.((.((..(((((((((((..((((...--)--------------))))---)))--)))))))..)))).)))))))..)))))))))) ( -35.10)
>DroVir_CAF1 4365 104 + 1
UCCUGU--UUGUUGCAGUUUCGGUUUGUGACCGACACUAACGGGUAGUUGG---GGCAC-CUCGAAUAC-----GCUGU---UUU--ACUCGUUUUUGCGAUCACAAAUUCUGAAAUUGC
......--.....(((((((((((((((((.((.((..(((((((((..(.---(((..-.........-----))).)---.))--)))))))..)))).)))))))..)))))))))) ( -35.20)
>DroGri_CAF1 4550 110 + 1
UCCUGUGCGUGUUGCAGUUUCGGUUUGUGACCGACACUAACGGGUAGUUAAAG-GGCAUCCUCGCAUUC----UGCUGG---CUU--ACUCGUUUUUGCGAUCACAAAUUCUGAAAUUGC
.............(((((((((((((((((.((.((..((((((((((((.((-.((......))...)----)..)))---).)--)))))))..)))).)))))))..)))))))))) ( -36.70)
>DroWil_CAF1 10693 110 + 1
UAUCC----UGUUGCAGUUUCAUUUUGUGACCGACACUAACGGGUAGUAA-CGGGUUAA-C--AAAGUCGUUUUUCUGGCCUUUU--ACUCGUUUUUGCGAUCACAAAUUCUGAAAUUGC
.....----....(((((((((.(((((((.((.((..(((((((((...-((((..((-(--......)))..)))).....))--)))))))..)))).)))))))...))))))))) ( -36.80)
>DroMoj_CAF1 5413 104 + 1
UCCUG----UGUUGCAGUUUCGGUUUGUGACCGACACUAACGGGUAGUUGA---GGCAU-CUCGUAUUC-----GCUGU---UUUAUACUCGUUUUUGCGAUCACAAAUUCUGAAAUUGC
.....----....(((((((((((((((((.((.((..((((((((..(((---((((.-..((....)-----).)))---))))))))))))..)))).)))))))..)))))))))) ( -35.60)
>DroAna_CAF1 4148 93 + 1
---AA----UGUUGCAGUUUCGUUUUGUGACCGACACUAACGGGUAUUUUACAGGACAU-A--------------CAGG---AUU--ACUCGUUUUUGCGAUCACAAAUCCUGAAAUUGC
---..----....(((((((((.(((((((.((.((..((((((((.(((.........-.--------------..))---).)--)))))))..)))).)))))))...))))))))) ( -28.70)
>consensus
UCCUG____UGUUGCAGUUUCGGUUUGUGACCGACACUAACGGGUAGUUGA___GGCAU_C__G_AUUC_____GCUGG___UUU__ACUCGUUUUUGCGAUCACAAAUUCUGAAAUUGC
.............(((((((((((((((((.((.((..(((((((..........................................)))))))..)))).)))))))..)))))))))) (-26.25 = -26.28 +   0.03)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 3

Location	11,630,864 – 11,630,959
Length	95
Sequences	6
Columns	120
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	76.95
Mean single sequence MFE	-28.27
Consensus MFE	-21.53
Energy contribution	-21.53
Covariance contribution	0.00
Combinations/Pair	1.00
Mean z-score	-2.80
Structure conservation index	0.76
SVM decision value	2.01
SVM RNA-class probability	0.985657
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 11630864 95 - 23771897
GCAAUUUCAUAAUUUGUGAUCGCAAAAACGAGU--AAU---CCUG--------------G--CGGCCAAACAAUUACCCGUUAGUGUCGGUCACAAAACGAAACUGCAACA----CAGGA
(((.((((....((((((((((((..((((.((--(((---..((--------------(--...)))....))))).))))..)).))))))))))..)))).)))....----..... ( -28.10)
>DroVir_CAF1 4365 104 - 1
GCAAUUUCAGAAUUUGUGAUCGCAAAAACGAGU--AAA---ACAGC-----GUAUUCGAG-GUGCC---CCAACUACCCGUUAGUGUCGGUCACAAACCGAAACUGCAACAA--ACAGGA
(((.((((.(..((((((((((((..(((((((--(..---.....-----.)))))(.(-(((..---.....))))))))..)).))))))))))).)))).))).....--...... ( -27.30)
>DroGri_CAF1 4550 110 - 1
GCAAUUUCAGAAUUUGUGAUCGCAAAAACGAGU--AAG---CCAGCA----GAAUGCGAGGAUGCC-CUUUAACUACCCGUUAGUGUCGGUCACAAACCGAAACUGCAACACGCACAGGA
(((.((((.(..((((((((((((..((((.((--(..---...((.----....))((((....)-)))....))).))))..)).))))))))))).)))).)))............. ( -30.60)
>DroWil_CAF1 10693 110 - 1
GCAAUUUCAGAAUUUGUGAUCGCAAAAACGAGU--AAAAGGCCAGAAAAACGACUUU--G-UUAACCCG-UUACUACCCGUUAGUGUCGGUCACAAAAUGAAACUGCAACA----GGAUA
(((.(((((...((((((((((((..(((((((--((..((.((((........)))--)-....))..-)))))...))))..)).)))))))))).))))).)))....----..... ( -31.40)
>DroMoj_CAF1 5413 104 - 1
GCAAUUUCAGAAUUUGUGAUCGCAAAAACGAGUAUAAA---ACAGC-----GAAUACGAG-AUGCC---UCAACUACCCGUUAGUGUCGGUCACAAACCGAAACUGCAACA----CAGGA
(((.((((.(..((((((((((((..((((.((((...---.....-----..))))(((-....)---)).......))))..)).))))))))))).)))).)))....----..... ( -27.30)
>DroAna_CAF1 4148 93 - 1
GCAAUUUCAGGAUUUGUGAUCGCAAAAACGAGU--AAU---CCUG--------------U-AUGUCCUGUAAAAUACCCGUUAGUGUCGGUCACAAAACGAAACUGCAACA----UU---
(((.((((.(..((((((((((((..((((.((--(..---....--------------(-((.....)))...))).))))..)).)))))))))).))))).)))....----..--- ( -24.90)
>consensus
GCAAUUUCAGAAUUUGUGAUCGCAAAAACGAGU__AAA___CCAGC_____GAAU_C__G_AUGCC___UCAACUACCCGUUAGUGUCGGUCACAAAACGAAACUGCAACA____CAGGA
(((.((((....((((((((((((..((((.((..........................................)).))))..)).))))))))))..)))).)))............. (-21.53 = -21.53 +   0.00)

alignment

secondary structure

dotplot

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