Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 1,158,232 – 1,158,345 |
Length | 113 |
Max. P | 0.655292 |
Location | 1,158,232 – 1,158,345 |
---|---|
Length | 113 |
Sequences | 5 |
Columns | 114 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 88.32 |
Mean single sequence MFE | -26.14 |
Consensus MFE | -18.46 |
Energy contribution | -21.26 |
Covariance contribution | 2.80 |
Combinations/Pair | 1.11 |
Mean z-score | -1.97 |
Structure conservation index | 0.71 |
SVM decision value | 0.25 |
SVM RNA-class probability | 0.655292 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 1158232 113 - 23771897 -AUUCGAUUGGCAGGGGGAAUAAUGUGGCAGACAAGAUAAAGCCAUAUUAUAGCCAGCAUUCUCUUUGAUUGGCAGUUAAAUAUCUUAUUCCGAGUUAAUUGAAACAAAUUAAA -.((((((((((.((((..((((((((((............)))))))))).(((((((.......)).)))))..............))))..)))))))))).......... ( -31.10) >DroSec_CAF1 42143 112 - 1 -AUUCGAUUGGCAGGGGAAAUAAUGUGGCAGACAAGAUAAAGCCAUAUUAUAGC-AGCAUUCUCUUUGAUUGGCAGUAAAAUAUCUUAUUCCGAGUUAAUUGAAACAAAUGAAA -.(((((((((((((((((((((((((((............))))))))))...-....)))))))...((((.(((((......))))))))))))))))))).......... ( -28.71) >DroSim_CAF1 40020 112 - 1 -AUUCGAUUGGUAGGGGGAAUAAUGUGGCAGACAAGAUAAAGCCAUAUUAUAGC-AGCAUUCUCUUUGAUUGGCAGUAAAAUAUCUUAUUCCGAGUUAAUUGAAACAAAUUAAA -.(((((((((((((((((((((((((((............))))))))))...-.....)))))))).((((.(((((......))))))))).))))))))).......... ( -25.70) >DroEre_CAF1 40069 104 - 1 UAUA---------GACAGAAUAAUGUGGCAGGCGAGUUAAAGCCAUAUUAUAGC-AGCAUUCUCUUUGAUUGGCAGUAAAAUGUCUUAUUCCGAGCCGAUUGAAACAUAUUAAA ....---------......((((((((((............))))))))))...-.........((..(((((((((((......)))))....))))))..)).......... ( -20.80) >DroYak_CAF1 43518 112 - 1 UAUUCGAUUGGU-GGGGGAAUAAUGUGGCAGACGAGAUAAAGCCUUAUUAUAGC-AGCAUUCUCUUUGAUUGGCACUAAAAUAUCUUAUGCCGAGUCAAUUGAAACGAAUUAAA ..(((((((((.-((((((((..((((((............)))........))-)..))))))))...((((((.(((......))))))))).))))))))).......... ( -24.40) >consensus _AUUCGAUUGGCAGGGGGAAUAAUGUGGCAGACAAGAUAAAGCCAUAUUAUAGC_AGCAUUCUCUUUGAUUGGCAGUAAAAUAUCUUAUUCCGAGUUAAUUGAAACAAAUUAAA ..(((((((((((((((((((((((((((............)))))))))).(....)..)))))))).((((.(((((......))))))))).))))))))).......... (-18.46 = -21.26 + 2.80)
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