Locus 3946

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 11,449,054 – 11,449,186
Length 132
Max. P 0.970432
window6142 window6143 window6144

overview

Window 2

Location 11,449,054 – 11,449,174
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 76.33
Mean single sequence MFE -47.95
Consensus MFE -23.93
Energy contribution -24.35
Covariance contribution 0.42
Combinations/Pair 1.11
Mean z-score -2.50
Structure conservation index 0.50
SVM decision value 1.66
SVM RNA-class probability 0.970432
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 11449054 120 + 23771897
AGUUUCCGGUGUCGGAAUCGCCAAGAUGGCGGUCAAUCGACCGGAUAUGAUCAUGAAGGCCAUCAUUCCGGUCGUAAUGGCGGGAAUUAUUGCGAUCUACGGAUUGGUGGUAUCCGUCCU
.......((...((((((((((((((((((((((....)))).(((...)))......))))))..((((((((((((((......))))))))))...)))))))))))).)))).)). ( -46.50)
>DroGri_CAF1 276957 120 + 1
AAUGUCUGGCAUUGGCAUUGCCACAAUGGCUGUUGCCAGGCCGGAACUAAUUAUGAAGGCCAUCAUACCGGUGGUGAUGGCCGGCAUUAUAGCCAUCUAUGGCCUGGUUGUGGCUGUGCU
((((.....))))(((((.(((((((((((....)))((((((..............(((((((((.......)))))))))(((......))).....)))))).)))))))).))))) ( -55.20)
>DroEre_CAF1 179623 120 + 1
GUUAUCCGGGGUUGGGAUCGCCACGAUGGCGGUGAACCGGCCGGAUAUGAUCAUGAAGGCCAUCAUUCCGGUCGUCAUGGCGGGGAUUAUCGCGAUCUAUGGCCUGGUGGUCUCGGUUCU
.......((..((((((((((((..(((((((....))(((((((.(((((..........)))))))))))))))))(((..(((((.....)))))...)))))))))))))))..)) ( -51.30)
>DroYak_CAF1 167317 120 + 1
GUUAUCCGGACUUGGCAUCGCCACCAUGGCCGUGAACCGACCGGACAUGAUCAUGAAGUCCAUCAUUCCGGUCGUCAUGGCGGGCAUCAUCGCGAUCUACGGCCUGGUGGUCUCGGUUCU
.......(((((.((....(((((((.(((((((...((((((((.(((((..........)))))))))))))..((.((((......)))).)).)))))))))))))))).))))). ( -51.60)
>DroMoj_CAF1 300199 120 + 1
UAUGUCAGGUAGAGGCAUUGCCGAAAUGGCCCUGAUCAAGCCGGAGCUUAUUAUGAAGGCCAUCAUACCGGUGGUCAUGGCUGGCAUUAUAGCCAUCUAUGGCUUGGUUGUGGCUGUCCU
......(((....(((...)))...((((((.(((((((((((.((...........(((((((.....)))))))(((((((......))))))))).))))))))))).))))))))) ( -44.80)
>DroAna_CAF1 163809 120 + 1
GGCCUCCGGAAUCGGAAUUUCCGUAAUGGCGAUCAGCAGACCGGAUCUGAUCAUGAAGUCCAUCAUUCCUGUGGUUAUGGCGGGAAUUAUCGCCAUUUACGGCCUGGUGGUAGCUGUACU
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>consensus
GAUAUCCGGAAUUGGCAUCGCCACAAUGGCGGUGAACAGACCGGAUAUGAUCAUGAAGGCCAUCAUUCCGGUCGUCAUGGCGGGCAUUAUCGCCAUCUACGGCCUGGUGGUAGCUGUCCU
....(((((..........(((.....)))..........))))).............(((((((..((((((((.((((......)))).))))))...))..)))))))......... (-23.93 = -24.35 +   0.42)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 3

Location 11,449,054 – 11,449,174
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 76.33
Mean single sequence MFE -40.70
Consensus MFE -14.65
Energy contribution -14.84
Covariance contribution 0.20
Combinations/Pair 1.26
Mean z-score -2.41
Structure conservation index 0.36
SVM decision value 0.45
SVM RNA-class probability 0.739370
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 11449054 120 - 23771897
AGGACGGAUACCACCAAUCCGUAGAUCGCAAUAAUUCCCGCCAUUACGACCGGAAUGAUGGCCUUCAUGAUCAUAUCCGGUCGAUUGACCGCCAUCUUGGCGAUUCCGACACCGGAAACU
.((((((((.......)))))).((((((..........))......((((((((((((.(......).))))).)))))))))))..))(((.....)))..(((((....)))))... ( -38.30)
>DroGri_CAF1 276957 120 - 1
AGCACAGCCACAACCAGGCCAUAGAUGGCUAUAAUGCCGGCCAUCACCACCGGUAUGAUGGCCUUCAUAAUUAGUUCCGGCCUGGCAACAGCCAUUGUGGCAAUGCCAAUGCCAGACAUU
.(((..(((((((..(((((......(((......)))((((((((((...)))..)))))))...............)))))(((....))).)))))))..))).............. ( -47.30)
>DroEre_CAF1 179623 120 - 1
AGAACCGAGACCACCAGGCCAUAGAUCGCGAUAAUCCCCGCCAUGACGACCGGAAUGAUGGCCUUCAUGAUCAUAUCCGGCCGGUUCACCGCCAUCGUGGCGAUCCCAACCCCGGAUAAC
........((.((..(((((((.....(((........)))(((..(....)..))))))))))...)).)).(((((((..((((...((((.....)))).....))))))))))).. ( -36.90)
>DroYak_CAF1 167317 120 - 1
AGAACCGAGACCACCAGGCCGUAGAUCGCGAUGAUGCCCGCCAUGACGACCGGAAUGAUGGACUUCAUGAUCAUGUCCGGUCGGUUCACGGCCAUGGUGGCGAUGCCAAGUCCGGAUAAC
....(((.(.((((((((((((..((((((........)))......((((((((((((.(......).))))).))))))))))..)))))).)))))))(((.....))))))..... ( -51.30)
>DroMoj_CAF1 300199 120 - 1
AGGACAGCCACAACCAAGCCAUAGAUGGCUAUAAUGCCAGCCAUGACCACCGGUAUGAUGGCCUUCAUAAUAAGCUCCGGCUUGAUCAGGGCCAUUUCGGCAAUGCCUCUACCUGACAUA
(((...(((.....((((((.....((((......))))(((((.(((...)))...)))))................)))))).....)))......(((...)))....)))...... ( -34.30)
>DroAna_CAF1 163809 120 - 1
AGUACAGCUACCACCAGGCCGUAAAUGGCGAUAAUUCCCGCCAUAACCACAGGAAUGAUGGACUUCAUGAUCAGAUCCGGUCUGCUGAUCGCCAUUACGGAAAUUCCGAUUCCGGAGGCC
................((((....((((((........)))))).......((((((((((...(((.((((......))))...)))...))))).(((.....))))))))...)))) ( -36.10)
>consensus
AGAACAGACACCACCAGGCCAUAGAUCGCGAUAAUGCCCGCCAUGACCACCGGAAUGAUGGCCUUCAUGAUCAGAUCCGGCCGGUUCACCGCCAUUGUGGCAAUGCCAAUACCGGACAAC
..........((....((((.......(((........)))..........(((((((......)))).......)))))))........(((.....)))............))..... (-14.65 = -14.84 +   0.20)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 4

Location 11,449,094 – 11,449,186
Length 92
Sequences 6
Columns 92
Reading direction forward
Mean pairwise identity 81.45
Mean single sequence MFE -32.67
Consensus MFE -18.29
Energy contribution -18.68
Covariance contribution 0.39
Combinations/Pair 1.14
Mean z-score -1.99
Structure conservation index 0.56
SVM decision value -0.04
SVM RNA-class probability 0.513764
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 11449094 92 + 23771897
CCGGAUAUGAUCAUGAAGGCCAUCAUUCCGGUCGUAAUGGCGGGAAUUAUUGCGAUCUACGGAUUGGUGGUAUCCGUCCUGAUAGCCGGAUC
((((.....((((.((..(((((((.((((((((((((((......))))))))))...)))).))))))).....)).))))..))))... ( -35.90)
>DroEre_CAF1 179663 92 + 1
CCGGAUAUGAUCAUGAAGGCCAUCAUUCCGGUCGUCAUGGCGGGGAUUAUCGCGAUCUAUGGCCUGGUGGUCUCGGUUCUCAUAGCCGGAUC
((((.(((((..((..(((((((((....((((((.((.((((......)))).))..)))))))))))))))..))..))))).))))... ( -36.80)
>DroWil_CAF1 195460 92 + 1
CCGGAUUUGAUUAUGAAAUCCAUAAUACCCGUUGUAAUGGCUGGCAUUAUAGCCAUAUAUGGUCUGGUUGUCUCCGUUCUCAUUGCUGGCUC
(((((....((((((.....))))))..((((....(((((((......)))))))..)))))))))..(((..((.......))..))).. ( -21.80)
>DroYak_CAF1 167357 92 + 1
CCGGACAUGAUCAUGAAGUCCAUCAUUCCGGUCGUCAUGGCGGGCAUCAUCGCGAUCUACGGCCUGGUGGUCUCGGUUCUGAUAGCCGGAUC
((((.....((((.((((.((((((....((((((.((.((((......)))).))..)))))))))))).))....))))))..))))... ( -31.80)
>DroMoj_CAF1 300239 92 + 1
CCGGAGCUUAUUAUGAAGGCCAUCAUACCGGUGGUCAUGGCUGGCAUUAUAGCCAUCUAUGGCUUGGUUGUGGCUGUCCUCAUAGCCGGUUC
...(((((..((((((.((((((...((((..((((((((.((((......)))).)))))))))))).))))))....))))))..))))) ( -37.20)
>DroAna_CAF1 163849 92 + 1
CCGGAUCUGAUCAUGAAGUCCAUCAUUCCUGUGGUUAUGGCGGGAAUUAUCGCCAUUUACGGCCUGGUGGUAGCUGUACUGAUUGCCGGAGC
((((....(((((...(((((((((...((((((..(((((((......)))))))))))))..))))))..)))....))))).))))... ( -32.50)
>consensus
CCGGAUAUGAUCAUGAAGGCCAUCAUUCCGGUCGUCAUGGCGGGCAUUAUCGCCAUCUACGGCCUGGUGGUCUCCGUUCUCAUAGCCGGAUC
((((...............((((((..((((((((.((((......)))).))))))...))..))))))...............))))... (-18.29 = -18.68 +   0.39)

alignment

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