| Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
|---|---|
| Location | 11,433,132 – 11,433,252 |
| Length | 120 |
| Max. P | 0.540428 |
| Location | 11,433,132 – 11,433,252 |
|---|---|
| Length | 120 |
| Sequences | 6 |
| Columns | 120 |
| Reading direction | forward |
| Mean pairwise identity | 81.00 |
| Mean single sequence MFE | -50.03 |
| Consensus MFE | -33.91 |
| Energy contribution | -34.45 |
| Covariance contribution | 0.54 |
| Combinations/Pair | 1.41 |
| Mean z-score | -1.33 |
| Structure conservation index | 0.68 |
| SVM decision value | 0.01 |
| SVM RNA-class probability | 0.540428 |
| Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 11433132 120 + 23771897 GGUUUCUCUGGAGGAUGCCUGCAUGCAGCUGGACGAGCGAUUGCGAAUGCGUUGGGGCCUUAAUCUCAAGCGACCAUAUGUGGUCGUCCUUUGGGGCGAUCAGGGUGCCGGCAUCUUGGA ...........((((((((.((((.(..((.((((..((....))....)))).))(((((((......(((((((....)))))))...))))))).....).)))).))))))))... ( -45.80) >DroSec_CAF1 152658 120 + 1 GGUUUCUCUAGAGGAUGCCUGCAUGCAAUUGGACGAGCGAUUGCGUAUGCGUUGGGGCCUUAAUCUCAAGCGACCAUAUGUGGUUGUUCUUUGGGGUGAUCAGGGUGCCGGCAUCUUGGA ......((((..(((((((.(((((((((((......)))))))..))))...((.(((((.((((((((((((((....)))))))...)))))))....))))).))))))))))))) ( -47.80) >DroSim_CAF1 164264 120 + 1 GGUUUCUCUAGAGGAUGCCUGCAUGCAGCUGGACGAGCGAUUGCGAAUGCGUUGGGGCCUCAAUCUCAAGCGACCGUAUGUGGUCGUCCUUUGGGGUGAUCAGGGUGCCGGCAUCUUGGA ((((.((((((((((((.(..(((((.(((.....))).........(((.((((((......)))))))))...)))))..).)))))))))))).))))((((((....))))))... ( -46.10) >DroEre_CAF1 160387 120 + 1 GGCUUCCAUGGAGGAUGCCUGCCUGCAGCUGGACGAGCGAUUGCGCAUGCGUUGGGGCCUCAACCUGAAGCGACCAUAUGUGGUCGUCCUUUGGGGCGACCAGGGUGCCGGGAUCAUGGA ....((((((((((....(((....)))((.((((.(((....)))...)))).)).))))..((((..((.(((.....(((((((((....))))))))).)))))))))..)))))) ( -50.30) >DroYak_CAF1 151301 120 + 1 GACUUCCAUGGAGGACGCCUGCCUGCAGCUGGACGAGCGAUUGCGUAUGCGUUGGGGUCUCAACCUGAAGCGACCAUAUGUGGUCGUUUUGUGGGGCGAUCAAGGUGCCGGAUUCAUGGA ....((((((((((.(((((.......(((..(((((((((..((((((((((.((((....))))..))))..))))))..)))).)))))..))).....)))))))...)))))))) ( -48.00) >DroPer_CAF1 216023 120 + 1 GCCCACGCCCGAGAUCGCCUGCUCCAGAAUCGACGAGAGGCUGCGCUCGCGCUGGGGCUUCAACCUGAAGCGCCCCACCGUGGUCUUCCGGUGGGGCGACCUGGGCGCCGGCGUGCUGGA .((((((((.(((...((((.(((..........)))))))....)))(((((.(((((((.....)))))(((((((((........)))))))))...)).))))).))))))..)). ( -62.20) >consensus GGCUUCUCUGGAGGAUGCCUGCAUGCAGCUGGACGAGCGAUUGCGAAUGCGUUGGGGCCUCAACCUCAAGCGACCAUAUGUGGUCGUCCUUUGGGGCGAUCAGGGUGCCGGCAUCUUGGA ...........((((((((.((.(((((.((......)).)))))...((.((((.(((((((......(((((((....)))))))...)))))))..)))).)))).))))))))... (-33.91 = -34.45 + 0.54)
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