Sequence ID | 3L_DroMel_CAF1 |
---|---|
Location | 11,092,582 – 11,092,709 |
Length | 127 |
Max. P | 0.996082 |
Location | 11,092,582 – 11,092,676 |
---|---|
Length | 94 |
Sequences | 6 |
Columns | 108 |
Reading direction | reverse |
Mean pairwise identity | 80.83 |
Mean single sequence MFE | -30.72 |
Consensus MFE | -14.43 |
Energy contribution | -16.18 |
Covariance contribution | 1.76 |
Combinations/Pair | 1.30 |
Mean z-score | -2.86 |
Structure conservation index | 0.47 |
SVM decision value | 0.60 |
SVM RNA-class probability | 0.795448 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 11092582 94 - 23771897 UGCCGACCGAGGUAUGUACAUAUGCAUGUACAUACAU------AAAUACAGCGGUGC----A---AAGGUGUGAUUGUGUAUG-UGCGGCUGCGGUAGCAAAACAGAG (((..((((.((((((((....)))))((((((((((------((.((((.(.....----.---..).)))).)))))))))-))).))).)))).)))........ ( -33.10) >DroPse_CAF1 7475 104 - 1 UGCCGAGCAAAA----CACAUAUGUAGAUACAUACAUGCACACAUAUGUAUGGGUGACUACGAUUAUUGUAUGAGUGCUUGUGCGGCGGCUGCGGUAGCAAAACAGAG .((((.((((.(----(.(((((((((.(((...((((((......)))))).))).)))).......))))).))..)))).))))...(((....)))........ ( -28.91) >DroSec_CAF1 3688 94 - 1 UGCCGACCGAGGUAUGUACAUAUACAUGUACAUACAU------AAAUACAGCGGUGC----G---AAGGUGUGAUUGUGUAUG-UGCGGCUGCGGUAGCAAAACAGAG (((..((((.((((((((....)))))((((((((((------((.((((.(.....----.---..).)))).)))))))))-))).))).)))).)))........ ( -33.10) >DroSim_CAF1 4137 94 - 1 UGCCGACCGAGGUAUGUACAUAUACAUGUACAUACAU------AAAUACAGCGGUGC----G---AAGGUGUGAUUGUGUAUG-UGCGGCUGCGGUAGCAAAACAGAG (((..((((.((((((((....)))))((((((((((------((.((((.(.....----.---..).)))).)))))))))-))).))).)))).)))........ ( -33.10) >DroEre_CAF1 3727 90 - 1 UGCGGACCGAGGUAUGUACAUAUACAUAUA----CGU------AUAUACAGCGGUGG----G---AAGGUGUGAUUGUGUAUA-UGCGGCUGCGGUAGCAAAACAGAG (((..(((((((((((((....))))))).----(((------(((((((.((((.(----.---......).))))))))))-)))).)).)))).)))........ ( -27.90) >DroYak_CAF1 3719 90 - 1 UGCCGACCGAGGUAUGUACACAUACAUAUA----CGU------AUAUACAGCGGUGU----G---AAGGUGUGAUUGUGUAUG-UGCGGCUGCGGUAGCAAAACAGAG (((..((((.(((.((((((.(((((((((----(.(------.(((((....))))----)---.).)))))..))))).))-))))))).)))).)))........ ( -28.20) >consensus UGCCGACCGAGGUAUGUACAUAUACAUAUACAUACAU______AAAUACAGCGGUGC____G___AAGGUGUGAUUGUGUAUG_UGCGGCUGCGGUAGCAAAACAGAG (((..((((.(((.((((((((((((....(((((...........(((....)))............)))))..)))))))).))))))).)))).)))........ (-14.43 = -16.18 + 1.76)
Location | 11,092,616 – 11,092,709 |
---|---|
Length | 93 |
Sequences | 5 |
Columns | 93 |
Reading direction | forward |
Mean pairwise identity | 92.55 |
Mean single sequence MFE | -23.88 |
Consensus MFE | -18.76 |
Energy contribution | -20.36 |
Covariance contribution | 1.60 |
Combinations/Pair | 1.09 |
Mean z-score | -3.56 |
Structure conservation index | 0.79 |
SVM decision value | 2.65 |
SVM RNA-class probability | 0.996082 |
Prediction | RNA |
Download alignment: ClustalW | MAF
>3L_DroMel_CAF1 11092616 93 + 23771897 CACACCUUUGCACCGCUGUAUUUAUGUAUGUACAUGCAUAUGUACAUACCUCGGUCGGCAACAAAAACAAGCGCCGAUUGAAGCAACAACAAA .......((((..............((((((((((....)))))))))).(((((((((.............))))))))).))))....... ( -27.22) >DroSec_CAF1 3722 93 + 1 CACACCUUCGCACCGCUGUAUUUAUGUAUGUACAUGUAUAUGUACAUACCUCGGUCGGCAACAAAAACAAGCGCCGAUUGAAGCAACAACAAA ..............(((........((((((((((....)))))))))).(((((((((.............))))))))))))......... ( -26.72) >DroSim_CAF1 4171 93 + 1 CACACCUUCGCACCGCUGUAUUUAUGUAUGUACAUGUAUAUGUACAUACCUCGGUCGGCAACAAAAACAAGCGCCGAUUGAAGCAACAACAAA ..............(((........((((((((((....)))))))))).(((((((((.............))))))))))))......... ( -26.72) >DroEre_CAF1 3761 89 + 1 CACACCUUCCCACCGCUGUAUAUACG----UAUAUGUAUAUGUACAUACCUCGGUCCGCAACAAAAACAAGCGCCGAUUGAAGAAACAACAAA .....((((..((((..((((.((((----(((....))))))).))))..)))).(((...........)))......)))).......... ( -17.50) >DroYak_CAF1 3753 89 + 1 CACACCUUCACACCGCUGUAUAUACG----UAUAUGUAUGUGUACAUACCUCGGUCGGCAACAAAAACAAGCGCCGAUUGAAGCAACAACAAA ..............((((((((((((----((....))))))))..))).(((((((((.............))))))))))))......... ( -21.22) >consensus CACACCUUCGCACCGCUGUAUUUAUGUAUGUACAUGUAUAUGUACAUACCUCGGUCGGCAACAAAAACAAGCGCCGAUUGAAGCAACAACAAA ..............(((........((((((((((....)))))))))).(((((((((.............))))))))))))......... (-18.76 = -20.36 + 1.60)
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