Locus 383

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 1,104,682 – 1,104,782
Length 100
Max. P 0.890851
window563

overview

Window 3

Location 1,104,682 – 1,104,782
Length 100
Sequences 5
Columns 107
Reading direction reverse
Mean pairwise identity 86.39
Mean single sequence MFE -36.78
Consensus MFE -25.25
Energy contribution -28.11
Covariance contribution 2.86
Combinations/Pair 1.06
Mean z-score -2.56
Structure conservation index 0.69
SVM decision value 0.96
SVM RNA-class probability 0.890851
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 1104682 100 - 23771897
AAGUUUACCGCUAG-------ACAUCGUCUGUGGAUCGUCGAUCGCUGAUCGCUGAUCGUCGAUGGUCGAUGGUCGAUGGUCGAUUGCAGAUCGUUGACUCUGAGCA
..(((((((((.((-------((...))))))))((((.(.((((.(((((...))))).)))).).))))(((((((((((.......))))))))))).))))). ( -38.70)
>DroSec_CAF1 21874 100 - 1
AAGUUUACCGCUAG-------ACAUCGUCUGUGGAUCGUCGAUCGCUGAUCGCUGAUCGCUGAUCGUCGAUGGUCGAUGGUCGAUUGCAGAUCGUUGACUCUGAGCA
..(((((((((.((-------((...))))))))((((.((((((.(((((...))))).)))))).))))(((((((((((.......))))))))))).))))). ( -40.90)
>DroSim_CAF1 15253 93 - 1
AAGUUUACCGCUAG-------ACAUCGUCUGUGGAUCGUCGAUCGCUGA-------UCGCUGAUCGUCGAUGGUCGAUGGUCGAUUGCAGAUCGUUGACUCUGAGCA
..(((((((((.((-------((...))))))))((((.(((((((...-------..)).))))).))))(((((((((((.......))))))))))).))))). ( -37.40)
>DroEre_CAF1 15916 100 - 1
AAGUUUACCGCUAGGCAUCAGACAUAGUCUGUGGAUCGUCGAUUGCUGAUCGCUGAU-------CGCUGAUCGUCGAUGGUCGAUUGCAGAUCGUUGACUCUGAGCA
.........((((((((.(((((...)))))))(((((.(((((((.....)).)))-------)).)))))((((((((((.......))))))))))))).))). ( -33.90)
>DroYak_CAF1 17813 93 - 1
AAGUUUACCGCUAG-------ACAUCGUCUGUGGAUCGUCGAUUGCUGAUCGCCGAU-------CGUCGAUGUUCGAUGGUCGAUUGCAGAUCGUUGACUCGGAGCA
..((((.((((.((-------((...))))))))...((((((....((((((((((-------(((((.....)))))))))...)).))))))))))...)))). ( -33.00)
>consensus
AAGUUUACCGCUAG_______ACAUCGUCUGUGGAUCGUCGAUCGCUGAUCGCUGAUCG__GAUCGUCGAUGGUCGAUGGUCGAUUGCAGAUCGUUGACUCUGAGCA
..(((((((((...................))))((((.((((((.(((((...))))).)))))).)))).((((((((((.......))))))))))..))))). (-25.25 = -28.11 +   2.86)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

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