Locus 3827

Sequence ID	3L_DroMel_CAF1
Location	11,041,662 – 11,041,792
Length	130
Max. P	0.862306

overview

Window 9

Location	11,041,662 – 11,041,764
Length	102
Sequences	6
Columns	108
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.26
Mean single sequence MFE	-32.25
Consensus MFE	-20.79
Energy contribution	-21.93
Covariance contribution	1.14
Combinations/Pair	1.20
Mean z-score	-1.33
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	-0.07
SVM RNA-class probability	0.500000
Prediction	OTHER

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 11041662 102 - 23771897
UCUGCGAGUGUUCCGAGGAUAUGCUAAAUAGAUCUGGAGAUUUGUU---GGCAC-UCCUCUUGGCCGGUGGUAGACC--CAAUCCGCCGCCGAAACUUGAAUUGACGG
....(((((.....(((((..((((((.((((((....))))))))---)))).-)))))(((((.(((((......--....)))))))))).)))))......... ( -35.40)
>DroVir_CAF1 2639 96 - 1
GCUGCGAUAAAUCGGAGCAGUUGCUAAAUAUGUCAGGAGAUUUGUU---GACCGAUCCACG---UUGCUGUGCUAGCAACAU------GCCAAAACUGGAGGUGGUGG
(((.(((....))).))).((((...((((.(((....))).))))---...))))(((((---((((((...)))))))..------.(((....)))..))))... ( -25.90)
>DroSec_CAF1 2652 102 - 1
UCUGGGAGUGAUCCGAGGAUAUGCUAAACAGAUCUGGAGAUUUGUU---GGCAC-UCCUCUUGGCCGGUGGUAGACC--CAAUCCCCCGCCAAAACUUGAAUUGACAG
.((((((....)))(((((..((((((.((((((....))))))))---)))).-)))))(((((.((.((......--....)))).)))))............))) ( -35.50)
>DroSim_CAF1 2636 102 - 1
UCUGGGAGUGAUCCGAGGAUAUGCUAAACAGAUCUGGAGAUUUGUU---GGCAC-UCCUCUUGGCCGGUGGUAGACC--CAAUCCUCCGCCAAAACUUGAAUUAACGG
.((((((....)))(((((..((((((.((((((....))))))))---)))).-)))))(((((.((.((......--....)).)))))))............))) ( -34.60)
>DroEre_CAF1 2775 105 - 1
UCUGUGAGAGAUCAGAGGAUAUGCUAAACAGAUCUGGAGAUUUGUUGGUGGCAC-UCCUCUUAGCCUGUGGUAGACC--CAAUCCCCCGCCAAAGCUUGAAUUGACAG
.((((.((.....((((((..(((((((((((((....))))))))..))))).-)))))).(((..((((..((..--...))..))))....)))....)).)))) ( -29.60)
>DroYak_CAF1 2708 102 - 1
UCUGCGAGAGAUCCGAGGAUAUGCUAAACAGAUCUGGAGAUUUGUU---GGCAC-UCCUCUUAGCCGGUGGCAGACC--CAAUCCACCGCCGAAACUUGAAUUGACAG
....((((......(((((..((((((.((((((....))))))))---)))).-))))).....((((((..((..--...))..))))))...))))......... ( -32.50)
>consensus
UCUGCGAGAGAUCCGAGGAUAUGCUAAACAGAUCUGGAGAUUUGUU___GGCAC_UCCUCUUGGCCGGUGGUAGACC__CAAUCCCCCGCCAAAACUUGAAUUGACAG
.((((((....)))(((((..((((.((((((((....))))))))...))))..)))))......(((((..((.......))..)))))..............))) (-20.79 = -21.93 +   1.14)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 0

Location	11,041,691 – 11,041,792
Length	101
Sequences	6
Columns	109
Reading direction	forward
Mean pairwise identity	80.51
Mean single sequence MFE	-29.65
Consensus MFE	-18.99
Energy contribution	-20.66
Covariance contribution	1.67
Combinations/Pair	1.21
Mean z-score	-2.19
Structure conservation index	0.64
SVM decision value	0.83
SVM RNA-class probability	0.862306
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 11041691 101 + 23771897
-GGUCUACCACCGGCCAAGAGGA-GUGCC---AACAAAUCUCCAGAUCUAUUUAGCAUAUCCUCGGAACACUCGCAGAUUCCGCUGGCGCAACCAAGACCCUCA---UC
-(((((..(.(((((...(((((-((((.---.....(((....))).......)))).)))))(((((.......).))))))))).)......)))))....---.. ( -26.92)
>DroVir_CAF1 2663 103 + 1
UGCUAGCACAGCAA---CGUGGAUCGGUC---AACAAAUCUCCUGACAUAUUUAGCAACUGCUCCGAUUUAUCGCAGCUCACGCUGGCACAGCCUGUGCCUUCAGUUUC
(((((((..(((..---((((((((((((---(..........))))......(((....))).))))))).))..)))...)))))))....(((......))).... ( -27.10)
>DroSec_CAF1 2681 101 + 1
-GGUCUACCACCGGCCAAGAGGA-GUGCC---AACAAAUCUCCAGAUCUGUUUAGCAUAUCCUCGGAUCACUCCCAGAUUCCGCUGGCGCAACCGCGACCUUCG---UC
-((((.....(((((...(((((-((((.---((((.(((....))).))))..)))).)))))(((((.......))))).))))).((....))))))....---.. ( -33.50)
>DroSim_CAF1 2665 101 + 1
-GGUCUACCACCGGCCAAGAGGA-GUGCC---AACAAAUCUCCAGAUCUGUUUAGCAUAUCCUCGGAUCACUCCCAGAUUCCGCUGGCGCAACCGCGACCCUCG---UC
-((((.....(((((...(((((-((((.---((((.(((....))).))))..)))).)))))(((((.......))))).))))).((....))))))....---.. ( -33.10)
>DroEre_CAF1 2804 104 + 1
-GGUCUACCACAGGCUAAGAGGA-GUGCCACCAACAAAUCUCCAGAUCUGUUUAGCAUAUCCUCUGAUCUCUCACAGAUUCCUCUGGCGCAGCCACGACCCUCA---UC
-((((.......((((.((((((-((((....((((.(((....))).))))..)))).)))))).........((((....))))....))))..))))....---.. ( -27.50)
>DroYak_CAF1 2737 101 + 1
-GGUCUGCCACCGGCUAAGAGGA-GUGCC---AACAAAUCUCCAGAUCUGUUUAGCAUAUCCUCGGAUCUCUCGCAGAUUCCUCUGGCACAGCCACGACCCUCA---UC
-(((.(((((........(((((-((((.---((((.(((....))).))))..)))).)))))((((((.....))))))...)))))..)))..........---.. ( -29.80)
>consensus
_GGUCUACCACCGGCCAAGAGGA_GUGCC___AACAAAUCUCCAGAUCUGUUUAGCAUAUCCUCGGAUCACUCGCAGAUUCCGCUGGCGCAACCACGACCCUCA___UC
.((((........((((.(((((.((((....((((.(((....))).))))..)))).)))))(((((.......)))))...))))........))))......... (-18.99 = -20.66 +   1.67)

alignment

secondary structure

dotplot

Window 1

Location	11,041,691 – 11,041,792
Length	101
Sequences	6
Columns	109
Reading direction	reverse
Mean pairwise identity	80.51
Mean single sequence MFE	-38.15
Consensus MFE	-25.47
Energy contribution	-26.25
Covariance contribution	0.78
Combinations/Pair	1.26
Mean z-score	-2.04
Structure conservation index	0.67
SVM decision value	0.79
SVM RNA-class probability	0.851061
Prediction	RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 11041691 101 - 23771897
GA---UGAGGGUCUUGGUUGCGCCAGCGGAAUCUGCGAGUGUUCCGAGGAUAUGCUAAAUAGAUCUGGAGAUUUGUU---GGCAC-UCCUCUUGGCCGGUGGUAGACC-
..---....((((((.(..(.(((((.(((((........)))))(((((..((((((.((((((....))))))))---)))).-)))))))))))..).).)))))- ( -35.60)
>DroVir_CAF1 2663 103 - 1
GAAACUGAAGGCACAGGCUGUGCCAGCGUGAGCUGCGAUAAAUCGGAGCAGUUGCUAAAUAUGUCAGGAGAUUUGUU---GACCGAUCCACG---UUGCUGUGCUAGCA
......(..(((((((..(((((((((....)))).)....((((((((....))).((((.(((....))).))))---..))))).))))---...)))))))..). ( -32.00)
>DroSec_CAF1 2681 101 - 1
GA---CGAAGGUCGCGGUUGCGCCAGCGGAAUCUGGGAGUGAUCCGAGGAUAUGCUAAACAGAUCUGGAGAUUUGUU---GGCAC-UCCUCUUGGCCGGUGGUAGACC-
((---(....)))..((((..((((.(((......(((....)))(((((..((((((.((((((....))))))))---)))).-)))))....))).)))).))))- ( -44.70)
>DroSim_CAF1 2665 101 - 1
GA---CGAGGGUCGCGGUUGCGCCAGCGGAAUCUGGGAGUGAUCCGAGGAUAUGCUAAACAGAUCUGGAGAUUUGUU---GGCAC-UCCUCUUGGCCGGUGGUAGACC-
((---(....)))..((((..((((.(((......(((....)))(((((..((((((.((((((....))))))))---)))).-)))))....))).)))).))))- ( -42.20)
>DroEre_CAF1 2804 104 - 1
GA---UGAGGGUCGUGGCUGCGCCAGAGGAAUCUGUGAGAGAUCAGAGGAUAUGCUAAACAGAUCUGGAGAUUUGUUGGUGGCAC-UCCUCUUAGCCUGUGGUAGACC-
..---....((((((....))((((.(((.((((.....)))).((((((..(((((((((((((....))))))))..))))).-))))))...))).)))).))))- ( -36.00)
>DroYak_CAF1 2737 101 - 1
GA---UGAGGGUCGUGGCUGUGCCAGAGGAAUCUGCGAGAGAUCCGAGGAUAUGCUAAACAGAUCUGGAGAUUUGUU---GGCAC-UCCUCUUAGCCGGUGGCAGACC-
..---....((((((.((((.((....(((.(((.....))))))(((((..((((((.((((((....))))))))---)))).-)))))...)))))).)).))))- ( -38.40)
>consensus
GA___UGAGGGUCGUGGCUGCGCCAGCGGAAUCUGCGAGAGAUCCGAGGAUAUGCUAAACAGAUCUGGAGAUUUGUU___GGCAC_UCCUCUUGGCCGGUGGUAGACC_
.........((((........((((.(((......(((....)))(((((..((((.((((((((....))))))))...))))..)))))....))).)))).)))). (-25.47 = -26.25 +   0.78)

alignment

secondary structure

dotplot

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