Locus 3814

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 11,001,096 – 11,001,216
Length 120
Max. P 0.680906
window5942

overview

Window 2

Location 11,001,096 – 11,001,216
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 83.28
Mean single sequence MFE -46.52
Consensus MFE -31.65
Energy contribution -32.30
Covariance contribution 0.65
Combinations/Pair 1.39
Mean z-score -2.29
Structure conservation index 0.68
SVM decision value 0.31
SVM RNA-class probability 0.680906
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 11001096 120 + 23771897
UUGGGUCUGAUUCUGCCGGGAAUUGUGGACAUCUGCCUUCGCUAUGAGGAGGACUACGGUCCUGGCAAGAUCUUUCUCAUCCGAUCCAUGCUAUUUAUAUGUAUGGGCUUAGCUGGCGGA
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>DroSec_CAF1 133056 120 + 1
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>DroSim_CAF1 131770 120 + 1
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>DroEre_CAF1 135129 120 + 1
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>DroYak_CAF1 137540 120 + 1
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>DroAna_CAF1 125773 120 + 1
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>consensus
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alignment

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secondary structure

Postscript

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