Locus 3813

Sequence ID 3L_DroMel_CAF1
Location 11,000,107 – 11,000,296
Length 189
Max. P 0.549262
window5940 window5941

overview

Window 0

Location 11,000,107 – 11,000,216
Length 109
Sequences 6
Columns 115
Reading direction forward
Mean pairwise identity 79.67
Mean single sequence MFE -23.66
Consensus MFE -14.19
Energy contribution -13.75
Covariance contribution -0.44
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.53
Structure conservation index 0.60
SVM decision value -0.02
SVM RNA-class probability 0.523074
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 11000107 109 + 23771897
-CUAUUAUAUA--CUAU---AUGUUUUCUAAACUUUAUCCUUAAGGUAUUUAGUGGAUAUCCUGCUAUGUGCCUAUCAUUUUGGUGUGGAUUGUGUCUAUGUGGUUUUCAUAGCC
-((((.....(--((((---(((...((((.(((.........((((((.(((..(.....)..))).))))))........))).)))).......))))))))....)))).. ( -22.03)
>DroSec_CAF1 132064 110 + 1
-CUAUUA--AA--CUAAACUAAUUAGUCUAAACUUUAUUCUUAAGGUAUUUAGUGGAUGUCCUGCUAUGUGUCUAUCAUUUUGGCGUGGACUGUGUCUAUGUGGUUUUCAUUGCC
-...(((--.(--((((.....))))).)))((((((....)))))).....(((((((((((((((.(((.....)))..))))).))))...))))))..(((.......))) ( -22.00)
>DroSim_CAF1 130778 107 + 1
-CUCCUA--UA--CUAU---AUGUUUUCUAAACUUUAUCCUUAAGGUAUUUAGUGGAUGUCCUGCUAUGUGUCUAUCAUUUUGGCGUGGACUGUGUCUAUGUGGUUUUCAUUGCC
-......--.(--((((---(((((..((((((((((....))))))..))))..)))(((((((((.(((.....)))..))))).)))).......))))))).......... ( -22.50)
>DroEre_CAF1 134133 107 + 1
-UUUUUA--UA--UUAU---AUGUUUUCUAAACUUUAUCCUUAAGGUAUUUAGUGGAUGUAUUGCUAUGUGCCUAUCAUUUCGGCGUGGAUUGUGUCUACGUGGUUUUCAUAGCC
-......--..--..((---(((((..((((((((((....))))))..))))..))))))).((((((.(((..........((((((((...)))))))))))...)))))). ( -26.00)
>DroYak_CAF1 136533 109 + 1
-UUAUUA--CAUUUUAU---AUGUUACCUAAACUAUAUCCCUAAGUUAUUUAGUGGAUGUCCUGCUGUGUGCCUAUCACUUCGGUGUGGACUGCGUCUACGUGGUUUUCAUAGCC
-.....(--(((.....---))))..........(((((((((((...))))).))))))...((((((.(((....((....))((((((...))))))..)))...)))))). ( -26.60)
>DroPer_CAF1 129652 108 + 1
CUCACUA--UAUUCCAU---CUG--UAUUUAACCUGAUUCUUCAGUUACUUCGUGGACAUACUGAUGUGUGCGUAUCAUUUCGGCGUGGACUGUGUCUACAUUGUGUUUAUAGCC
....(((--((..(((.---...--........((((....)))).......(((((((((.....((.(((((.........))))).)))))))))))..)).)..))))).. ( -22.80)
>consensus
_CUAUUA__UA__CUAU___AUGUUUUCUAAACUUUAUCCUUAAGGUAUUUAGUGGAUGUCCUGCUAUGUGCCUAUCAUUUCGGCGUGGACUGUGUCUACGUGGUUUUCAUAGCC
...........................................((((((.((((((.....)))))).))))))........(((((((((...))))))(((.....))).))) (-14.19 = -13.75 +  -0.44)

alignment

Postscript

secondary structure

Postscript

dotplot

Postscript

Window 1

Location 11,000,176 – 11,000,296
Length 120
Sequences 6
Columns 120
Reading direction forward
Mean pairwise identity 82.39
Mean single sequence MFE -36.38
Consensus MFE -26.74
Energy contribution -27.22
Covariance contribution 0.48
Combinations/Pair 1.33
Mean z-score -1.40
Structure conservation index 0.73
SVM decision value 0.03
SVM RNA-class probability 0.549262
Prediction RNA

Download alignment: ClustalW | MAF

>3L_DroMel_CAF1 11000176 120 + 23771897
UCAUUUUGGUGUGGAUUGUGUCUAUGUGGUUUUCAUAGCCAAAAGUUUAAAGCAUCUGGGGGAUAUGUAUUUGUGGGUCUGGGAUGAGAGGCUCUAUAUGGCAUUGAUAGCCUCUCCAUU
......(((.((((((...))))))(.((((.(((..((((..(((((....(((((.(((..(((......)))..))).)))))..))))).....))))..))).)))).).))).. ( -29.80)
>DroPse_CAF1 140588 120 + 1
UCAUUUCGGCGUGGACUGUGUCUACAUUGUGUUUAUAGCCAAGAACCUAAAAUUCUUGGGGGAUCUGUAUCUUUAUCCCAUGGAUCUGCGUCUGUAUAUGGCCCUGCUGAUCCUCCCACU
..........((((((...))))))...(((.......(((((((.......)))))))(((((..........)))))..(((((.(((((.......)))...)).)))))...))). ( -30.60)
>DroSec_CAF1 132134 120 + 1
UCAUUUUGGCGUGGACUGUGUCUAUGUGGUUUUCAUUGCCAAGAGUUUAAAGCAUCUGGGGGAUAUGUAUUUGUGGGUAUGGGAUGAGAGGCUCUACAUGGCAUUGAUAGCCUCUCCACU
........((((((((...))))))))((((.(((.((((((((((((....(((((.(....(((......)))....).)))))..)))))))...))))).))).))))........ ( -37.00)
>DroSim_CAF1 130845 120 + 1
UCAUUUUGGCGUGGACUGUGUCUAUGUGGUUUUCAUUGCCAAGAGUUUAAAGCAUCUGGGGGAUAUGUAUUUGUGGGUCUGGGAUGAGAGGCUCUAUAUGGCAUUGAUAGCCUCUCCACU
........((((((((...))))))))((((.(((.((((((((((((....(((((.(((..(((......)))..))).)))))..)))))))...))))).))).))))........ ( -41.30)
>DroEre_CAF1 134200 120 + 1
UCAUUUCGGCGUGGAUUGUGUCUACGUGGUUUUCAUAGCCAAGAGUUUGAAGCAUCUGGGGGAUAUGUAUUUAUGGGCCUGGGAUGGCAGGCUUUACAUGGCCUUGAUCGCUUCGCCACU
.......(((((((((...))))))(.(((..(((..((((((((((((...(((((.(((..((((....))))..))).))))).))))))))...))))..)))..))).))))... ( -42.80)
>DroYak_CAF1 136602 120 + 1
UCACUUCGGUGUGGACUGCGUCUACGUGGUUUUCAUAGCCAAGAGUUUGAAGCAUCUGGGGGAUAUGUACUUGUGGUUCUGGGAUGAGAGGCUUUACAUGGCCUUGAUAGCUUCGCCGCU
......((((((((((...)))))).(((((.....))))).......(((((((((.((((.(((......))).)))).))))..((((((......))))))....))))))))).. ( -36.80)
>consensus
UCAUUUCGGCGUGGACUGUGUCUACGUGGUUUUCAUAGCCAAGAGUUUAAAGCAUCUGGGGGAUAUGUAUUUGUGGGUCUGGGAUGAGAGGCUCUACAUGGCAUUGAUAGCCUCUCCACU
.......((.((((((...))))))(.((((.(((..(((((((((((....(((((.(((..((((....))))..))).)))))..)))))))...))))..))).)))).).))... (-26.74 = -27.22 +   0.48)

alignment

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